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万見
- PDB-4nfk: Crystal structure of human FPPS in complex with nickel, JDS05120,... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nfk
タイトルCrystal structure of human FPPS in complex with nickel, JDS05120, and sulfate
要素Farnesyl pyrophosphate synthase
キーワードTransferase/Transferase inhibitor / Transferase-Transferase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


geranyl diphosphate biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase / (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase / Cholesterol biosynthesis / farnesyl diphosphate biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase activity / geranyltranstransferase activity / cholesterol biosynthetic process / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / RNA binding ...geranyl diphosphate biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase / (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase / Cholesterol biosynthesis / farnesyl diphosphate biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase activity / geranyltranstransferase activity / cholesterol biosynthetic process / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / RNA binding / nucleoplasm / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Farnesyl pyrophosphate synthase-like / Polyprenyl synthases signature 1. / Polyprenyl synthases signature 2. / Polyprenyl synthetase, conserved site / Polyprenyl synthetase / Polyprenyl synthetase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Isoprenoid synthase domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-JD5 / NICKEL (II) ION / Farnesyl pyrophosphate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Park, J. / De schutter, J.W. / Tsantrizos, Y.S. / Berghuis, A.M.
引用ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2017
タイトル: Crystallographic and thermodynamic characterization of phenylaminopyridine bisphosphonates binding to human farnesyl pyrophosphate synthase.
著者: Park, J. / Rodionov, D. / De Schutter, J.W. / Lin, Y.S. / Tsantrizos, Y.S. / Berghuis, A.M.
履歴
登録2013年10月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
F: Farnesyl pyrophosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,8176
ポリマ－43,1451
非ポリマー6725
水3,963220
1
F: Farnesyl pyrophosphate synthase
ヘテロ分子

F: Farnesyl pyrophosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,63512
ポリマ－86,2902
非ポリマー1,34510
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area5230 Å2
ΔGint-126 kcal/mol
Surface area26570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.940, 110.940, 68.460
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11F-604-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Farnesyl pyrophosphate synthase / FPP synthase / FPS / (2E / 6E)-farnesyl diphosphate synthase / Dimethylallyltranstransferase / ...FPP synthase / FPS / (2E / 6E)-farnesyl diphosphate synthase / Dimethylallyltranstransferase / Farnesyl diphosphate synthase / Geranyltranstransferase


分子量: 43144.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FDPS, FPS, KIAA1293 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P14324, (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase, dimethylallyltranstransferase
#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物 ChemComp-JD5 / [({5-[4-(cyclopropyloxy)phenyl]pyridin-3-yl}amino)methanediyl]bis(phosphonic acid)


分子量: 400.260 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H18N2O7P2
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 220 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.61 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.85M lithium sulfate, 0.01M nickel chloride, 15% glycerol, 0.09M TRIS, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月5日
放射モノクロメーター: ACCEL/BRUKER DCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→51.58 Å / Num. all: 36445 / Num. obs: 36445 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 9.8 % / Biso Wilson estimate: 23.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 25.8
反射 シェル解像度: 1.85→1.9 Å / 冗長度: 9.6 % / Rmerge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / Num. unique all: 2615 / % possible all: 97.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxDCデータ収集
REFMAC5.8.0049精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.8.0049位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 4H5D

4h5d


解像度: 1.85→51.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 5.587 / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.107 / ESU R Free: 0.103 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18195 1795 5 %RANDOM
Rwork0.15184 ---
all0.1534 34008 --
obs0.1534 34008 97.14 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.154 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.95 Å20 Å20 Å2
2---2.95 Å20 Å2
3---5.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→51.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2745 0 34 220 2999
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.022862
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.022690
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8371.9813889
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9393.0016185
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2885347
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.20324.82139
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.80815489
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.711514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1250.2426
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.023256
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02661
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8362.4361382
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.8262.4351381
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.4263.6421731
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.4263.6421732
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.1052.8041480
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.1092.8041477
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.64.0762150
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.62921.4233659
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.62821.4293660
LS精密化 シェル解像度: 1.853→1.901 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.243 127 -
Rwork0.237 2261 -
obs-2388 89.14 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.3654-3.16584.47844.8406-3.14128.8524-0.1209-0.5948-0.02970.12090.38310.4024-0.5591-0.8366-0.26220.12790.05840.05450.2779-0.04230.1762-1.173130.02897.8289
24.3455-3.27074.21654.8526-6.896210.07960.027-0.5643-0.5375-0.01250.36120.39640.246-0.5592-0.38820.3204-0.06950.11980.2436-0.03850.158715.100122.843517.3347
33.16091.49440.64312.04120.01191.38640.1001-0.37460.06870.1642-0.03770.2604-0.0029-0.2867-0.06240.01680.00250.02090.08790.01870.04157.264524.84972.5076
410.48236.9233-4.50698.2716-4.56186.30280.02480.28720.029-0.10070.055-0.1908-0.00740.1612-0.07980.04290.0379-0.01160.0601-0.02020.029420.854324.8102-13.329
511.03215.9331-5.38389.9225-2.46189.1432-0.31940.8655-0.4523-0.69810.1435-0.60490.01350.27580.17590.1434-0.0036-0.01460.1637-0.02570.072818.822630.446-23.1915
62.92871.4644-0.19152.2242-0.63271.1373-0.07670.17480.1122-0.2360.07910.1758-0.0325-0.0681-0.00240.04770.014-0.02630.03490.00320.01948.962931.8777-14.4021
76.3733-0.38741.14582.9610.06582.3869-0.10630.49920.5399-0.43440.1209-0.1997-0.16640.3068-0.01460.1573-0.05790.01520.11360.06420.096123.435647.3386-21.3846
83.61931.5966-0.41194.0582-1.69693.21030.0606-0.0410.24640.10220.02910.2403-0.1218-0.0288-0.08970.05240.0243-0.0440.09560.01520.0986-4.414132.0879-17.3556
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1F8 - 28
2X-RAY DIFFRACTION2F29 - 50
3X-RAY DIFFRACTION3F51 - 161
4X-RAY DIFFRACTION4F162 - 183
5X-RAY DIFFRACTION5F184 - 198
6X-RAY DIFFRACTION6F199 - 280
7X-RAY DIFFRACTION7F281 - 314
8X-RAY DIFFRACTION8F315 - 349

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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