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- PDB-4nek: Putative enoyl-CoA hydratase/carnithine racemase from Magnetospir... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nek
タイトルPutative enoyl-CoA hydratase/carnithine racemase from Magnetospirillum magneticum AMB-1
要素Enoyl-CoA hydratase/carnithine racemase
キーワードISOMERASE / NYSGRC / New York Structural Genomics Research Consortium / PSI-Biology
機能・相同性
機能・相同性情報


delta(3)-delta(2)-enoyl-CoA isomerase activity / peroxisome
類似検索 - 分子機能
: / Lyase 2-enoyl-coa Hydratase, Chain A, domain 2 / Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2 / Enoyl-CoA hydratase, C-terminal / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex ...: / Lyase 2-enoyl-coa Hydratase, Chain A, domain 2 / Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2 / Enoyl-CoA hydratase, C-terminal / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Enoyl-CoA hydratase/carnithine racemase
類似検索 - 構成要素
生物種Magnetospirillum magneticum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Tkaczuk, K.L. / Cooper, D.R. / Geffken, K. / Chapman, H.C. / Stead, M. / Hillerich, B. / Ahmed, M. / Bonanno, J.B. / Seidel, R. / Almo, S.C. ...Tkaczuk, K.L. / Cooper, D.R. / Geffken, K. / Chapman, H.C. / Stead, M. / Hillerich, B. / Ahmed, M. / Bonanno, J.B. / Seidel, R. / Almo, S.C. / Minor, W. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Putative enoyl-CoA hydratase/carnithine racemase from Magnetospirillum magneticum AMB-1
著者: Tkaczuk, K.L. / Cooper, D.R. / Geffken, K. / Chapman, H.C. / Stead, M. / Hillerich, B. / Ahmed, M. / Bonanno, J.B. / Seidel, R. / Almo, S.C. / Minor, W. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)
履歴
登録2013年10月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22022年4月13日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月27日Group: Data collection / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Enoyl-CoA hydratase/carnithine racemase
B: Enoyl-CoA hydratase/carnithine racemase
C: Enoyl-CoA hydratase/carnithine racemase
D: Enoyl-CoA hydratase/carnithine racemase
E: Enoyl-CoA hydratase/carnithine racemase
F: Enoyl-CoA hydratase/carnithine racemase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)163,64511
ポリマ－163,1146
非ポリマー5315
水6,954386
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Enoyl-CoA hydratase/carnithine racemase
B: Enoyl-CoA hydratase/carnithine racemase
F: Enoyl-CoA hydratase/carnithine racemase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,8766
ポリマ－81,5573
非ポリマー3183
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11830 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area28470 Å2
手法PISA
3
C: Enoyl-CoA hydratase/carnithine racemase
D: Enoyl-CoA hydratase/carnithine racemase
E: Enoyl-CoA hydratase/carnithine racemase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,7695
ポリマ－81,5573
非ポリマー2122
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11790 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area28080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.285, 156.683, 79.297
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 113.810, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14A
24E
15A
25F
16B
26C
17B
27D
18B
28E
19B
29F
110C
210D
111C
211E
112C
212F
113D
213E
114D
214F
115E
215F

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERPHEPHEAA2 - 2502 - 250
21SERSERPHEPHEBB2 - 2502 - 250
12SERSERSERSERAA2 - 2512 - 251
22SERSERSERSERCC2 - 2512 - 251
13SERSERLYSLYSAA2 - 2522 - 252
23SERSERLYSLYSDD2 - 2522 - 252
14SERSERLYSLYSAA2 - 2522 - 252
24SERSERLYSLYSEE2 - 2522 - 252
15SERSERSERSERAA2 - 2512 - 251
25SERSERSERSERFF2 - 2512 - 251
16MSEMSEPHEPHEBB1 - 2501 - 250
26MSEMSEPHEPHECC1 - 2501 - 250
17SERSERPHEPHEBB2 - 2502 - 250
27SERSERPHEPHEDD2 - 2502 - 250
18SERSERPHEPHEBB2 - 2502 - 250
28SERSERPHEPHEEE2 - 2502 - 250
19MSEMSEPHEPHEBB1 - 2501 - 250
29MSEMSEPHEPHEFF1 - 2501 - 250
110SERSERSERSERCC2 - 2512 - 251
210SERSERSERSERDD2 - 2512 - 251
111SERSERSERSERCC2 - 2512 - 251
211SERSERSERSEREE2 - 2512 - 251
112MSEMSELYSLYSCC1 - 2521 - 252
212MSEMSELYSLYSFF1 - 2521 - 252
113SERSERLYSLYSDD2 - 2522 - 252
213SERSERLYSLYSEE2 - 2522 - 252
114SERSERSERSERDD2 - 2512 - 251
214SERSERSERSERFF2 - 2512 - 251
115SERSERSERSEREE2 - 2512 - 251
215SERSERSERSERFF2 - 2512 - 251

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
詳細biological unit is the same as asym.

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要素

#1: タンパク質
Enoyl-CoA hydratase/carnithine racemase


分子量: 27185.738 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Magnetospirillum magneticum (バクテリア)
株: AMB-1 / 遺伝子: amb4133 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2VZN8
#2: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 386 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG550 30%, 0.05 M Magnesium chloride hexahydrate, HEPES 0.1M pH 7.5, 1.5 M NaCl, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97912 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月20日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: SI-111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97912 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→40 Å / Num. obs: 74539 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.147 / Χ2: 0.803 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.3-2.343.40.86834780.835193.1
2.34-2.383.70.86836320.864197.1
2.38-2.434.10.89337120.852198.9
2.43-2.484.60.84137400.835199.9
2.48-2.5350.80637050.833199.9
2.53-2.595.20.74137140.848199.8
2.59-2.665.30.63138050.856199.9
2.66-2.735.30.52537060.858199.8
2.73-2.815.30.42737480.834199.8
2.81-2.95.30.33237180.833199.8
2.9-35.30.28237510.827199.8
3-3.125.30.2137360.795199.8
3.12-3.265.30.15537380.782199.8
3.26-3.445.40.11437480.768199.8
3.44-3.655.40.08537320.771199.8
3.65-3.935.40.06637460.825199.8
3.93-4.335.50.05537530.859199.8
4.33-4.955.60.05137760.953199.9
4.95-6.245.70.04337700.6351100
6.24-405.80.02638310.512199.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.8.0049精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-3000データ収集
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 7.154 / SU ML: 0.165 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.379 / ESU R Free: 0.221
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2073 3263 5 %RANDOM
Rwork0.1764 ---
obs0.178 64853 86.31 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 117.68 Å2 / Biso mean: 35.8687 Å2 / Biso min: 11.22 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.69 Å20 Å2-0.64 Å2
2--0.87 Å20 Å2
3---0.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11169 0 35 386 11590
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.01911391
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.0211226
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5811.99715415
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.22325812
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.65651502
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.51723.853449
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.401151714
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.8811584
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.21778
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.02112940
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.022396
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.523.2356026
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.5193.2356025
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.8034.8437522
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A142940.07
12B142940.07
21A143280.07
22C143280.07
31A142440.07
32D142440.07
41A144150.07
42E144150.07
51A142960.08
52F142960.08
61B145650.06
62C145650.06
71B142830.07
72D142830.07
81B142930.07
82E142930.07
91B143410.08
92F143410.08
101C142870.07
102D142870.07
111C143560.07
112E143560.07
121C144910.07
122F144910.07
131D142480.07
132E142480.07
141D142370.08
142F142370.08
151E143790.07
152F143790.07
LS精密化 シェル解像度: 2.304→2.363 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.307 106 -
Rwork0.249 2236 -
all-2342 -
obs--42.52 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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