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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ne2 | ||||||
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タイトル | Pantothenamide-bound Pantothenate Kinase from Klebsiella pneumoniae | ||||||
![]() | Pantothenate kinase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Protein-substrate complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() pantothenate kinase / pantothenate kinase activity / coenzyme A biosynthetic process / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hughes, S.J. / Antoshchenko, T. / Kim, K.P. / Smil, D. / Park, H.W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural characterization of a new N-substituted pantothenamide bound to pantothenate kinases from Klebsiella pneumoniae and Staphylococcus aureus. 著者: Hughes, S.J. / Antoshchenko, T. / Kim, K.P. / Smil, D. / Park, H.W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 290.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 233.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 29 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 41.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38460.785 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.67 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / pH: 8.5 詳細: 0.5 uL protein + 0.5 uL buffer (2M sodium formate, 0.1M Tris HCl), pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月28日 |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.03318 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→40 Å / Num. obs: 68657 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.3 % / Rmerge(I) obs: 0.121 / Net I/σ(I): 19.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 8.1 % / Rmerge(I) obs: 0.453 / % possible all: 100 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: pdb entry 4GI7 解像度: 1.9→39.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 6.748 / SU ML: 0.089 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.182 / ESU R Free: 0.121 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 34.32 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→39.63 Å
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拘束条件 |
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