PDB-4nds: Crystal structure of L. decastes alpha-galactosyl-binding lectin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4nds

タイトル

Crystal structure of L. decastes alpha-galactosyl-binding lectin

要素

Alpha-galactosyl-binding lectin

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / lectin

機能・相同性

: / Alpha-galactosyl binding lectin / galactose binding / Alpha-galactosyl-binding lectin

機能・相同性情報

生物種

Lyophyllum decastes (ハタケシメジ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 0.997 Å

データ登録者

Van Eerde, A. / Grahn, E. / Krengel, U.

引用

ジャーナル: Glycobiology / 年: 2015
タイトル: Atomic-resolution structure of the alpha-galactosyl binding Lyophyllum decastes lectin reveals a new protein family found in both fungi and plants.
著者: van Eerde, A. / Grahn, E.M. / Winter, H.C. / Goldstein, I.J. / Krengel, U.

履歴

登録	2013年10月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年12月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年1月14日	Group: Database references
改定 1.2	2015年4月8日	Group: Database references
改定 1.3	2017年9月20日	Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_diffrn_reflns_shell / Item: _pdbx_diffrn_reflns_shell.percent_possible_obs

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4nds.cif.gz	134 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4nds.ent.gz	113.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4nds.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4nds_validation.pdf.gz	411.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4nds_full_validation.pdf.gz	411.5 KB	表示
XML形式データ	4nds_validation.xml.gz	12.8 KB	表示
CIF形式データ	4nds_validation.cif.gz	19.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nd/4nds ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nd/4nds	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ndtC 4nduC 4ndvC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ndv-d 4ndu-d 1km4-d 4b94-3 3eip-d 1km2-d 1vkf-4 7a8s-d 4n2y-3 4ndt-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Alpha-galactosyl-binding lectin

B: Alpha-galactosyl-binding lectin

ヘテロ分子

20.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	34.840, 56.774, 44.458
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 107.100, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Alpha-galactosyl-binding lectin 分子量: 10291.380 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Lyophyllum decastes (ハタケシメジ) / 器官: fruiting bodies / 参照: UniProt: A7UNK4
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 306 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.76 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 M calcium chloride, 0.1 M HEPES sodium, 28% v/v PEG400, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月17日

放射

モノクロメーター: diamond(001) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.934 Å / 相対比: 1

Reflection

数: 504759 / R_merge(I) obs: 0.045 / D res high: 1.68 Å / Num. obs: 35395 / % possible obs: 95.7

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	Num. obs	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs
1.68	1.73	1795	64.3	1	0.152
1.73	1.77	2271	85.9	1	0.115
1.77	1.82	2487	95	1	0.104
1.82	1.88	2434	99.2	1	0.09
1.88	1.94	2485	100	1	0.074
1.94	2.01	2347	99.9	1	0.063
2.01	2.09	2260	99.8	1	0.057
2.09	2.17	2211	99.5	1	0.051
2.17	2.27	2085	100	1	0.049
2.27	2.38	2021	99.7	1	0.048
2.38	2.51	1895	99.7	1	0.046
2.51	2.66	1809	99.9	1	0.046
2.66	2.84	1674	100	1	0.044
2.84	3.07	1562	99.9	1	0.044
3.07	3.36	1474	99.9	1	0.042
3.36	3.76	1309	99.5	1	0.038
3.76	4.34	1171	99.6	1	0.035
4.34	5.32	963	100	1	0.033
5.32	7.52	752	99.5	1	0.036
7.52	17.288	390	94	1	0.033

反射

解像度: 0.997→20 Å / Num. all: 84161 / Num. obs: 84151 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 14

反射シェル

解像度: 0.997→1.06 Å / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.507 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 92

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
SHELX		位相決定
RESOLVE		位相決定
PHENIX	1.8.2_1309	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
DNA		データ収集
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
SHELXD		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 0.997→17.288 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.08 / SU ML: 0.07 / Isotropic thermal model: ANISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 10.14 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1245	4235	5.03 %	RANDOM
R_work	0.1091	-	-	-
all	0.11	84151	-	-
obs	0.1099	84142	93.46 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 50.45 Å² / B_iso mean: 11.3947 Å² / B_iso min: 3.12 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 0.997→17.288 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1444	0	3	306	1753

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	1684
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.345	2309
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.081	232
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	315
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.503	627

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
0.997-1.0081	0.2157	85	0.1937	1433	1518	51
1.0081-1.0199	0.2246	138	0.2021	2595	2733	92
1.0199-1.0324	0.2105	141	0.1837	2672	2813	93
1.0324-1.0454	0.2121	139	0.1694	2625	2764	93
1.0454-1.0592	0.1583	142	0.159	2685	2827	93
1.0592-1.0737	0.1789	138	0.1454	2631	2769	94
1.0737-1.089	0.1552	148	0.1352	2688	2836	93
1.089-1.1053	0.1386	137	0.125	2652	2789	95
1.1053-1.1226	0.1258	140	0.1168	2695	2835	94
1.1226-1.141	0.1236	144	0.112	2711	2855	96
1.141-1.1606	0.1208	141	0.1013	2688	2829	94
1.1606-1.1817	0.1146	148	0.1	2728	2876	97
1.1817-1.2044	0.1372	145	0.0932	2734	2879	95
1.2044-1.229	0.1135	143	0.0924	2748	2891	97
1.229-1.2557	0.1251	147	0.093	2750	2897	96
1.2557-1.2849	0.1001	146	0.0904	2768	2914	97
1.2849-1.3171	0.0988	146	0.0916	2745	2891	97
1.3171-1.3527	0.1225	147	0.0868	2787	2934	97
1.3527-1.3924	0.1033	146	0.0845	2772	2918	98
1.3924-1.4374	0.1046	145	0.0838	2783	2928	98
1.4374-1.4887	0.0956	150	0.0766	2824	2974	98
1.4887-1.5483	0.0912	137	0.0756	2794	2931	98
1.5483-1.6187	0.0929	143	0.0786	2811	2954	99
1.6187-1.704	0.1068	133	0.0837	2851	2984	99
1.704-1.8106	0.109	141	0.0869	2837	2978	99
1.8106-1.9503	0.1082	162	0.0949	2848	3010	99
1.9503-2.1462	0.0991	157	0.0924	2815	2972	99
2.1462-2.456	0.1193	146	0.1012	2833	2979	98
2.456-3.0914	0.1354	149	0.1297	2686	2835	94
3.0914-17.2902	0.1768	111	0.1912	1718	1829	59

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関連情報:EMDBヘッダ

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