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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ncw | ||||||
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タイトル | foldon domain wild type C-conjugate | ||||||
![]() | Fibritin | ||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / trimeric scaffold / chemical ligation / folding / trazido-functionalized trimesic acid scaffold | ||||||
機能・相同性 | Fibritin C-terminal / Fibritin C-terminal region / virion component / N,N',N''-triethylbenzene-1,3,5-tricarboxamide / Fibritin / Fibritin![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Graewert, M.A. / Berthelmann, A. / Lach, J. / Groll, M. / Eichler, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Versatile C(3)-symmetric scaffolds and their use for covalent stabilization of the foldon trimer. 著者: Berthelmann, A. / Lach, J. / Grawert, M.A. / Groll, M. / Eichler, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 49.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 36.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 752.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 753.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 9.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3084.461 Da / 分子数: 3 / 断片: C-terminus fragment (UNP residues 458-484) / 由来タイプ: 合成 詳細: This sequence occurs naturally in bacteriophage T4 fibritin at its C-terminus and harbors an trimesic acid C-conjugate 由来: (合成) ![]() #2: 化合物 | ChemComp-2KN / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | A TRIMESIC ACID DERIVATIVE WAS USED TO CROSSLINK THE THREE FOLDON SUBUNITS AT THEIR C-NERMINI. ONLY ...A TRIMESIC ACID DERIVATIVE | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.94 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.2 M Ammoniumsulfate, 30% PEG 4000, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月8日 |
放射 | モノクロメーター: LN2 cooled fixed-exit. Si(111) monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.3→30 Å / Num. all: 19197 / Num. obs: 17100 / % possible obs: 94.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 9.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.3→1.4 Å / Rmerge(I) obs: 0.289 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 92.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4NCU 解像度: 1.3→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / SU B: 2.063 / SU ML: 0.039 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 2 / ESU R: 0.064 / ESU R Free: 0.058 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.645 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.3→15 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.3→1.334 Å / Total num. of bins used: 20
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