PDB-4na0: Crystal structure of mouse poly(ADP-ribose) glycohydrolase (PARG)...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4na0

タイトル

Crystal structure of mouse poly(ADP-ribose) glycohydrolase (PARG) catalytic domain with ADPRibose

要素

Poly(ADP-ribose) glycohydrolase

キーワード

HYDROLASE / Poly(ADP-ribose) glycohydrolase

機能・相同性

機能・相同性情報

POLB-Dependent Long Patch Base Excision Repair / poly(ADP-ribose) glycohydrolase activity / poly(ADP-ribose) glycohydrolase / ATP generation from poly-ADP-D-ribose / detection of bacterium / regulation of DNA repair / carbohydrate metabolic process / DNA damage response / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / molecular replacement-SAD / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Wang, Z. / Cheng, Z. / Xu, W.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2014
タイトル: Crystallographic and biochemical analysis of the mouse poly(ADP-ribose) glycohydrolase.
著者: Wang, Z. / Gagne, J.P. / Poirier, G.G. / Xu, W.

履歴

登録	2013年10月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年1月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年9月24日	Group: Database references
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4na0.cif.gz	633.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4na0.ent.gz	527.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4na0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4na0_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4na0_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	4na0_validation.xml.gz	63.3 KB	表示
CIF形式データ	4na0_validation.cif.gz	79.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/na/4na0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/na/4na0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4fc2C 4n9yC 4n9zC 4na4C 4na5C 4na6C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4fc2-2 6hh6-d 4na6-1 6oa1-d 4n9z-2 4b1i-d 4fc2-3 4n9z-1 4fc2-4 4fc2-1 4na4-2 4b1g-d 6hmm-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Poly(ADP-ribose) glycohydrolase

B: Poly(ADP-ribose) glycohydrolase

C: Poly(ADP-ribose) glycohydrolase

ヘテロ分子

184 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Poly(ADP-ribose) glycohydrolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
61.4 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Poly(ADP-ribose) glycohydrolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
61.4 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Poly(ADP-ribose) glycohydrolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
61.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	188.300, 55.665, 166.149
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Poly(ADP-ribose) glycohydrolase 分子量: 60569.629 Da / 分子数: 3 / 断片: catalytic domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Parg / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O88622, poly(ADP-ribose) glycohydrolase
#2: 化合物	ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド分子量: 126.904 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 化合物	ChemComp-AR6 / [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL [HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE / Adenosine-5-Diphosphoribose 分子量: 559.316 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₃N₅O₁₄P₂
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.39 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.22M KI 20% PEG3,350, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.9774 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月5日
放射	モノクロメーター: Double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9774 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 68770 / Num. obs: 67670 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / R_merge(I) obs: 0.113
反射シェル	解像度: 2.4→2.47 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0110	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法: molecular replacement-SAD / 解像度: 2.4→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.923 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.901 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 34.856 / SU ML: 0.379 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.673 / ESU R Free: 0.37 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.3419	3412	5.1 %	RANDOM
R_work	0.2977	-	-	-
all	0.2999	69049	-	-
obs	0.2999	67440	97.67 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 290.86 Å² / B_iso mean: 70.4119 Å² / B_iso min: 16.68 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.03 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.41 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.62 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12223	0	114	0	12337

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.022	12641
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	8851
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.346	1.97	17133
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.983	3	21412
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.941	5	1494
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.806	23.069	606
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.959	15	2190
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.618	15	108
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	1847
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	13822
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2702
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.126	4	7503
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.255	4	3012
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.905	6	12131
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.236	6	5138
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.405	10	4993

LS精密化シェル

解像度: 2.404→2.467 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.439	213	-
R_work	0.379	4237	-
all	-	4450	-
obs	-	-	88.96 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.6408	-1.2561	-0.9083	2.9723	-0.1702	1.0743	-0.4084	-0.6069	0.2105	0.4508	0.3836	-0.0929	0.0977	-0.0996	0.0248	0.3599	0.1788	0.0139	0.1641	-0.0276	0.0216	63.8329	34.9524	98.4311
2	12.2053	-0.4768	-1.1908	1.6833	0.3539	1.4726	-0.2568	1.0171	-0.4362	-0.1725	0.111	0.2625	0.115	-0.1322	0.1458	0.3854	0.0925	0.0561	0.175	0.0046	0.0691	30.8216	6.2468	123.0913
3	14.3159	-3.9504	-1.6802	2.7964	0.3869	1.3278	-0.6776	-1.514	-0.3016	0.5474	0.5719	0.0273	0.1443	0.1856	0.1057	0.4022	0.1295	0.07	0.2077	0.0165	0.0345	63.8015	34.9404	153.8672

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	444 - 956
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1001 - 1003
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	444 - 955
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1001 - 1003
5	X-RAY DIFFRACTION	3	C	444 - 956
6	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1001 - 1003

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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