PDB-4n8x: The structure of Nostoc sp. PCC 7120 CcmL

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4n8x

タイトル

The structure of Nostoc sp. PCC 7120 CcmL

要素

Carbon dioxide concentrating mechanism protein

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / CcmL / stranded beta barrel / bacterial microcompartment vertex protein / carboxysome

機能・相同性

機能・相同性情報

structural constituent of carboxysome shell / carboxysome / carbon fixation / photosynthesis
類似検索 - 分子機能

生物種

Nostoc sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.93 Å

データ登録者

Keeling, T.J. / Kimber, M.S.

引用

ジャーナル: Photosynth.Res. / 年: 2014
タイトル: Interactions and structural variability of beta-carboxysomal shell protein CcmL.
著者: Keeling, T.J. / Samborska, B. / Demers, R.W. / Kimber, M.S.

履歴

登録	2013年10月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年3月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年7月16日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4n8x.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4n8x.ent.gz	973.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4n8x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4n8x_validation.pdf.gz	721.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4n8x_full_validation.pdf.gz	799.8 KB	表示
XML形式データ	4n8x_validation.xml.gz	125.2 KB	表示
CIF形式データ	4n8x_validation.cif.gz	177.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n8/4n8x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n8/4n8x	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4n8fSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4jvz-d 1eef-2 2qw7-2 1efi-d 1b44-d 4yhc-1 3q1g-2 3pm5-2 4jw0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (4)

登録構造単位

1: Carbon dioxide concentrating mechanism protein

2: Carbon dioxide concentrating mechanism protein

3: Carbon dioxide concentrating mechanism protein

4: Carbon dioxide concentrating mechanism protein

A: Carbon dioxide concentrating mechanism protein

B: Carbon dioxide concentrating mechanism protein

C: Carbon dioxide concentrating mechanism protein

D: Carbon dioxide concentrating mechanism protein

E: Carbon dioxide concentrating mechanism protein

F: Carbon dioxide concentrating mechanism protein

G: Carbon dioxide concentrating mechanism protein

H: Carbon dioxide concentrating mechanism protein

I: Carbon dioxide concentrating mechanism protein

J: Carbon dioxide concentrating mechanism protein

K: Carbon dioxide concentrating mechanism protein

L: Carbon dioxide concentrating mechanism protein

M: Carbon dioxide concentrating mechanism protein

N: Carbon dioxide concentrating mechanism protein

O: Carbon dioxide concentrating mechanism protein

P: Carbon dioxide concentrating mechanism protein

Q: Carbon dioxide concentrating mechanism protein

R: Carbon dioxide concentrating mechanism protein

S: Carbon dioxide concentrating mechanism protein

T: Carbon dioxide concentrating mechanism protein

U: Carbon dioxide concentrating mechanism protein

V: Carbon dioxide concentrating mechanism protein

W: Carbon dioxide concentrating mechanism protein

X: Carbon dioxide concentrating mechanism protein

Y: Carbon dioxide concentrating mechanism protein

Z: Carbon dioxide concentrating mechanism protein

ヘテロ分子

368 kDa, 30 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

1: Carbon dioxide concentrating mechanism protein

2: Carbon dioxide concentrating mechanism protein

3: Carbon dioxide concentrating mechanism protein

4: Carbon dioxide concentrating mechanism protein

Z: Carbon dioxide concentrating mechanism protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
61.4 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Carbon dioxide concentrating mechanism protein

B: Carbon dioxide concentrating mechanism protein

C: Carbon dioxide concentrating mechanism protein

D: Carbon dioxide concentrating mechanism protein

E: Carbon dioxide concentrating mechanism protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
61.5 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

F: Carbon dioxide concentrating mechanism protein

G: Carbon dioxide concentrating mechanism protein

H: Carbon dioxide concentrating mechanism protein

I: Carbon dioxide concentrating mechanism protein

J: Carbon dioxide concentrating mechanism protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
61.4 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

K: Carbon dioxide concentrating mechanism protein

L: Carbon dioxide concentrating mechanism protein

M: Carbon dioxide concentrating mechanism protein

N: Carbon dioxide concentrating mechanism protein

O: Carbon dioxide concentrating mechanism protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
61.4 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

5

P: Carbon dioxide concentrating mechanism protein

Q: Carbon dioxide concentrating mechanism protein

R: Carbon dioxide concentrating mechanism protein

S: Carbon dioxide concentrating mechanism protein

T: Carbon dioxide concentrating mechanism protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
61.4 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

6

U: Carbon dioxide concentrating mechanism protein

V: Carbon dioxide concentrating mechanism protein

W: Carbon dioxide concentrating mechanism protein

X: Carbon dioxide concentrating mechanism protein

Y: Carbon dioxide concentrating mechanism protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
61.4 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	117.880, 128.120, 220.500
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	... Carbon dioxide concentrating mechanism protein 分子量: 12276.924 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nostoc sp. (バクテリア) / 株: PCC 7120 / UTEX 2576 / 遺伝子: ccmL / プラスミド: PET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8YYI2
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1750 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.59 %
結晶化	温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.4 詳細: 0.1 M Na acetate, 20 % (vol/vol) PEG 8000, 0.1 M Li2SO4, 1 % ethylene glycol, pH 4.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 273K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 1.03322 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月12日
放射	モノクロメーター: WHITE BEAM SLITS, CRYO-COOLED FIRST AND SAGITTALLY BENT SECOND CRYSTAL OF DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR (DCM), VERTICALLY FOCUSING MIRROR (VFM) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.03322 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.93→48.292 Å / Num. all: 234801 / Num. obs: 234801 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.8 % / B_iso Wilson estimate: 14.6 Å² / R_sym value: 0.064 / Net I/σ(I): 16.6
反射シェル	解像度: 1.93→1.98 Å / 冗長度: 4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / R_sym value: 0.629 / % possible all: 65.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MxDC		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 4N8F

4n8f

解像度: 1.93→48.292 Å / SU ML: 0.22 / Isotropic thermal model: isotropic + TLS / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 23.54 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2474	11569	5 %
R_work	0.2056	-	-
obs	0.2077	231564	92.7 %
all	-	231566	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.93→48.292 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	22551	0	5	1750	24306

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	22775
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.486	30788
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.991	8572
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.101	3709
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	3970

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.93-1.9519	0.3536	249	0.3372	4766	X-RAY DIFFRACTION	61
1.9519-1.9749	0.3153	280	0.2643	5308	X-RAY DIFFRACTION	68
1.9749-1.9989	0.2977	302	0.2351	5750	X-RAY DIFFRACTION	73
1.9989-2.0243	0.2703	325	0.2236	6173	X-RAY DIFFRACTION	79
2.0243-2.0509	0.2759	351	0.2166	6656	X-RAY DIFFRACTION	85
2.0509-2.079	0.2667	384	0.2112	7309	X-RAY DIFFRACTION	93
2.079-2.1087	0.2692	410	0.215	7783	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1087-2.1402	0.2622	410	0.2142	7797	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1402-2.1736	0.2634	411	0.2052	7805	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1736-2.2092	0.2678	409	0.2378	7776	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2092-2.2473	0.431	268	0.3415	5092	X-RAY DIFFRACTION	80
2.2473-2.2882	0.3947	300	0.2976	5713	X-RAY DIFFRACTION	83
2.2882-2.3322	0.2542	410	0.1922	7790	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3322-2.3798	0.2212	414	0.1828	7866	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3798-2.4316	0.2313	410	0.1845	7803	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4316-2.4881	0.2297	414	0.1955	7858	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4881-2.5503	0.2551	414	0.1955	7872	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5503-2.6193	0.2423	414	0.2018	7858	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6193-2.6964	0.2462	414	0.1953	7870	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6964-2.7834	0.2386	415	0.197	7883	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7834-2.8828	0.2338	415	0.1924	7890	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8828-2.9983	0.2403	417	0.1972	7912	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9983-3.1347	0.2578	415	0.2052	7904	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1347-3.2999	0.2286	417	0.2034	7916	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2999-3.5066	0.2206	417	0.1888	7927	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5066-3.7773	0.2758	397	0.247	7706	X-RAY DIFFRACTION	96
3.7773-4.1572	0.2312	415	0.1837	7874	X-RAY DIFFRACTION	99
4.1572-4.7583	0.1991	421	0.1647	8005	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7583-5.9932	0.2245	423	0.1821	8040	X-RAY DIFFRACTION	99
5.9932-48.3073	0.2465	428	0.2241	8093	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.1985	-2.3303	-0.3923	3.7324	0.3965	2.3373	-0.0848	-0.392	0.2558	0.1352	0.1598	-0.348	-0.3195	0.3087	-0.0618	0.1877	-0.0721	0.0303	0.2579	-0.0311	0.1937	19.5787	-37.1195	-7.8058
2	3.2952	0.4365	-0.3954	2.149	0.2809	2.9715	0.0212	0.0793	0.1164	-0.1209	-0.0293	0.0942	-0.2703	-0.1028	-0.0137	0.1877	0.0156	0.0229	0.1201	0.0162	0.0945	2.4079	-34.3076	-18.2364
3	1.7703	-0.614	-1.024	2.8289	0.0347	2.6729	-0.0953	0.1391	-0.2928	-0.0653	-0.0246	0.3584	0.2728	-0.3787	0.0689	0.232	-0.0316	0.0006	0.2716	-0.0506	0.1432	-4.6543	-52.5873	-23.8931
4	3.4736	0.0773	0.5235	2.967	-1.3785	3.8809	-0.0877	-0.1163	-0.6262	0.0187	-0.0488	-0.0482	0.6354	-0.1233	0.0811	0.3297	-0.0088	0.1229	0.2324	-0.0188	0.2943	8.1493	-66.8239	-16.4177
5	2.9336	-0.5339	-0.8862	4.1022	1.5238	3.9896	-0.0876	-0.6512	-0.0463	0.4805	-0.0142	-0.1197	0.1355	0.3544	0.0476	0.1815	0.0358	0.0489	0.3103	0.0124	0.2139	22.6936	-57.2046	-6.7632
6	4.1081	-0.8903	0.8787	2.1199	-0.4901	4.1486	-0.0116	0.6387	-0.0724	-0.6512	-0.0732	-0.2185	0.0822	-0.075	0.0587	0.4362	-0.1153	0.0995	0.2578	-0.0319	0.25	50.2356	-30.5343	-77.7135
7	2.7089	0.1391	-0.395	4.7561	0.5695	3.2738	-0.0866	0.3534	0.4851	-0.2982	0.1069	0.1475	-0.2732	-0.1946	-0.0127	0.1807	-0.0979	-0.0196	0.2966	0.0485	0.2551	36.0203	-17.0769	-73.9308
8	3.9343	1.6029	2.3028	2.4712	0.8071	2.9628	-0.1774	-0.0712	0.3819	0.2066	-0.071	0.3634	-0.2617	-0.3571	0.229	0.1874	0.0073	0.0654	0.2205	-0.0116	0.2321	39.6311	-8.4708	-55.6696
9	3.2857	-0.158	-0.424	3.2834	0.2311	2.8078	-0.0096	-0.2146	-0.0661	0.2849	-0.0544	-0.1668	0.0495	0.1346	0.0477	0.1773	-0.0262	0.0136	0.1088	0.0182	0.1029	56.494	-16.6854	-48.3153
10	2.2906	0.3254	0.9356	2.6082	-0.0803	2.5926	-0.1493	0.336	-0.2672	-0.3151	-0.0273	-0.572	0.2797	0.404	0.1427	0.2921	0.0039	0.102	0.1778	0.0219	0.3068	62.8602	-30.2428	-61.5776
11	4.1122	1.0286	0.392	4.3308	-0.6716	2.6513	-0.211	-0.5573	-0.5137	0.5138	0.206	-0.174	0.3829	0.2907	-0.0012	0.4663	0.121	0.0777	0.3298	0.0133	0.2357	54.395	-67.8054	-16.2306
12	2.5446	0.0197	0.0441	3.0192	0.304	3.1377	-0.1308	0.2888	-0.552	0.1141	-0.038	0.2372	0.4458	-0.138	0.1184	0.2377	-0.0076	0.1439	0.1986	-0.0681	0.3303	38.7045	-73.1181	-27.8376
13	1.7362	0.865	-2.65	1.7809	-0.8117	4.1017	-0.0603	0.5025	-0.0651	-0.2658	0.054	0.183	-0.006	-0.769	0.0218	0.1867	0.0371	-0.0007	0.3053	-0.0352	0.2576	39.1178	-61.3581	-44.8635
14	3.1553	-0.103	0.0519	2.6452	0.499	3.4654	-0.0274	-0.02	0.1228	-0.1571	0.0397	-0.0507	-0.3185	0.156	0.0178	0.2156	0.0041	0.028	0.0767	0.0108	0.1081	55.4488	-49.56	-43.6455
15	1.6479	0.002	-0.2858	2.9855	-0.4837	2.9997	-0.0147	-0.2537	-0.0806	0.4046	0.0755	-0.3389	-0.0175	0.5121	-0.0191	0.2833	0.0197	-0.0417	0.2206	-0.0666	0.2052	64.5583	-53.178	-26.4395
16	4.27	-0.1221	-1.0402	3.0494	0.9937	1.9553	-0.0729	-0.1771	0.5334	-0.0213	-0.045	-0.1168	-0.9647	0.1288	0.0292	0.4951	-0.0254	-0.1111	0.2333	0.0491	0.2709	54.2104	4.1335	-15.0984
17	3.1537	-0.3115	-0.342	3.2588	-0.7603	3.5494	-0.1746	-0.3373	0.1712	0.3427	0.058	0.13	-0.3621	-0.2485	0.0845	0.2149	0.0713	-0.0583	0.2351	-0.0454	0.1839	38.6083	-4.0295	-5.6063
18	2.3215	-1.9886	0.4976	3.6573	-1.1441	1.8941	-0.0307	-0.242	-0.258	-0.1288	0.1765	0.4284	0.2962	-0.3896	-0.1152	0.1611	-0.0702	-0.0195	0.2776	0.0024	0.1842	39.4549	-24.5303	-7.2267
19	3.2147	0.5953	0.1588	2.0165	-0.1377	3.0077	-0.066	0.048	-0.0077	-0.1139	-0.0059	-0.1105	0.2306	0.0555	0.0409	0.1529	0.0055	-0.0176	0.0821	-0.0117	0.1087	56.0542	-28.9482	-17.6955
20	1.5835	-0.6187	0.0505	3.4837	-0.3072	2.7904	-0.0795	0.1087	0.1961	-0.0419	-0.0435	-0.4127	-0.3302	0.5614	0.0512	0.177	-0.0642	-0.0142	0.2701	0.015	0.15	64.9755	-12.633	-23.0421
21	1.8452	0.3609	1.4412	1.7824	-0.4056	2.9671	0.1419	0.5434	-0.0023	-0.4129	-0.131	-0.2477	0.4795	0.6129	-0.0299	0.303	0.1636	0.0147	0.3304	0.0056	0.2031	18.5411	-4.4055	-46.4909
22	2.7818	-0.7154	-0.4178	2.8093	-0.5464	3.4042	0.159	0.1587	-0.2262	-0.3636	0.0667	0.3228	0.5088	-0.1817	-0.2109	0.3996	0.0451	-0.1349	0.1626	-0.0033	0.2118	1.0009	-13.8522	-43.4247
23	2.234	0.1456	0.5764	2.2605	0.0931	3.3002	-0.0318	-0.2979	0.0829	0.1142	0.2261	0.5324	-0.0054	-0.646	-0.1245	0.2511	0.0448	0.0206	0.3225	0.1261	0.2807	-5.165	-8.7296	-24.8353
24	4.5616	1.7335	-0.5511	4.3646	0.8724	2.5196	-0.0846	-0.3519	0.5627	0.4516	0.1359	0.3173	-0.3421	-0.0465	-0.0348	0.3617	0.1268	-0.0203	0.2945	-0.0034	0.1839	8.4739	4.0328	-16.321
25	2.4213	-0.0653	0.5289	3.4269	-0.7952	5.0038	-0.1446	0.2054	0.3693	-0.2166	0.0802	-0.0754	-0.3513	0.1203	0.0389	0.1966	0.0387	-0.0714	0.2134	0.003	0.2242	22.7776	6.785	-29.9331
26	1.7082	1.1347	-1.8573	3.2066	-0.9423	3.4068	-0.1031	-0.0199	-0.3377	0.1515	-0.0269	-0.4675	0.0648	0.3839	0.1213	0.1691	-0.026	-0.0644	0.2944	-0.0098	0.2596	19.703	-52.4314	-58.7114
27	3.0032	-0.2213	0.8738	3.072	-0.0882	2.9226	-0.1178	-0.0752	0.0731	0.1744	0.0932	0.1173	-0.1282	-0.0247	0.0132	0.187	-0.0412	-0.0116	0.1232	-0.0114	0.0873	2.8197	-46.432	-49.2198
28	1.6454	0.2708	-0.5928	2.7372	-0.25	2.9741	-0.0855	0.2145	0.2654	-0.4007	-0.0443	0.4572	-0.4573	-0.3034	0.0825	0.3256	0.0264	-0.0999	0.1788	-0.0242	0.2979	-6.8025	-33.6329	-61.3002
29	4.516	-0.9365	-0.8077	2.5423	0.6214	4.008	-0.1097	0.669	0.0101	-0.5716	-0.1364	0.2799	-0.4147	-0.1139	0.1882	0.4833	-0.0961	-0.1179	0.2776	0.0421	0.2914	3.3103	-31.6956	-79.012
30	3.1005	0.3957	0.2615	4.5206	-0.0899	2.6966	-0.1226	0.5674	-0.4018	-0.5234	0.2295	-0.2108	0.0069	0.2963	-0.1456	0.2702	-0.154	0.0294	0.3711	-0.0806	0.2661	19.7433	-43.4997	-77.3481

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN D
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN E
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN F
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN G
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN H
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN I
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN J
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN K
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN L
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN M
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN N
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN O
16	X-RAY DIFFRACTION	16	CHAIN P
17	X-RAY DIFFRACTION	17	CHAIN Q
18	X-RAY DIFFRACTION	18	CHAIN R
19	X-RAY DIFFRACTION	19	CHAIN S
20	X-RAY DIFFRACTION	20	CHAIN T
21	X-RAY DIFFRACTION	21	CHAIN U
22	X-RAY DIFFRACTION	22	CHAIN V
23	X-RAY DIFFRACTION	23	CHAIN W
24	X-RAY DIFFRACTION	24	CHAIN X
25	X-RAY DIFFRACTION	25	CHAIN Y
26	X-RAY DIFFRACTION	26	CHAIN Z
27	X-RAY DIFFRACTION	27	CHAIN 1
28	X-RAY DIFFRACTION	28	CHAIN 2
29	X-RAY DIFFRACTION	29	CHAIN 3
30	X-RAY DIFFRACTION	30	CHAIN 4

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)