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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4n8p
タイトルCrystal structure of a strand swapped CTLA-4 from Duckbill Platypus [PSI-NYSGRC-012711]
要素Uncharacterized protein
キーワードIMMUNE SYSTEM / ortholog / Ig V-type domain / Structural genomics / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium / NYSGRC / Atoms-to-Animals: The Immune Function Network / IFN
機能・相同性
機能・相同性情報


protein complex involved in cell adhesion / negative regulation of regulatory T cell differentiation / clathrin-coated endocytic vesicle / regulation of T cell proliferation / negative regulation of B cell proliferation / B cell receptor signaling pathway / T cell receptor signaling pathway / adaptive immune response / positive regulation of apoptotic process / external side of plasma membrane ...protein complex involved in cell adhesion / negative regulation of regulatory T cell differentiation / clathrin-coated endocytic vesicle / regulation of T cell proliferation / negative regulation of B cell proliferation / B cell receptor signaling pathway / T cell receptor signaling pathway / adaptive immune response / positive regulation of apoptotic process / external side of plasma membrane / DNA damage response / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus
類似検索 - 分子機能
Cytotoxic T-lymphocyte antigen 4 / Cytotoxic T-lymphocyte protein 4/CD28 / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like ...Cytotoxic T-lymphocyte antigen 4 / Cytotoxic T-lymphocyte protein 4/CD28 / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cytotoxic T-lymphocyte protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Ornithorhynchus anatinus (カモノハシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.299 Å
データ登録者Kumar, P.R. / Banu, R. / Bhosle, R. / Calarese, D.A. / Celikgil, A. / Chamala, S. / Chan, M.K. / Chowdhury, S. / Fiser, A. / Garforth, S.J. ...Kumar, P.R. / Banu, R. / Bhosle, R. / Calarese, D.A. / Celikgil, A. / Chamala, S. / Chan, M.K. / Chowdhury, S. / Fiser, A. / Garforth, S.J. / Glenn, A.S. / Hillerich, B. / Khafizov, K. / Attonito, J. / Love, J.D. / Patel, H. / Patel, R. / Seidel, R.D. / Smith, B. / Stead, M. / Toro, R. / Casadevall, A. / Almo, S.C. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC) / Atoms-to-Animals: The Immune Function Network (IFN)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of a strand swapped CTLA-4 from Duckbill Platypus [PSI-NYSGRC-012711]
著者: Kumar, P.R. / Casadevall, A. / Almo, S.C.
履歴
登録2013年10月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,5684
ポリマ－15,0341
非ポリマー5353
水68538
1
A: Uncharacterized protein
ヘテロ分子

A: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,1378
ポリマ－30,0682
非ポリマー1,0696
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_655-x+1,-y+1/2,z1
Buried area5960 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area15450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.272, 107.991, 109.723
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number24
Space group name H-MI212121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-201-

GOL

21A-331-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 15033.938 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 39-158 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ornithorhynchus anatinus (カモノハシ)
遺伝子: CTLA-4, CTLA4 / プラスミド: pIEX / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): Hi5 / 参照: UniProt: F6ZMI5
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.5 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Protein (20 mM Hepes, pH 7.5, 150 mM NaCl, 5% glycerol), Reservoir (1.6M Ammonium sulfate, 0.1M MES, 10% (v/v) Dioxane), Cryoprotection (30% Glycerol), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年9月27日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.299→76.966 Å / Num. obs: 8805 / % possible obs: 85.3 % / 冗長度: 1.4 % / Biso Wilson estimate: 34.52 Å2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA0.1.29データスケーリング
PHENIX1.8.4_1496精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
CBASSデータ収集
MOSFLMデータ削減
PHENIX1.8.4_1496位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4KKN

4kkn


解像度: 2.299→38.483 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 21.91 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2124 412 4.68 %
Rwork0.1733 --
obs0.1752 8801 85.61 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 48.7694 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.299→38.483 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数922 0 34 38 994
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01989
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3181341
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.115362
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042155
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006170
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2991-2.63170.2576900.23671807X-RAY DIFFRACTION56
2.6317-3.31540.26641690.19783197X-RAY DIFFRACTION100
3.3154-38.48850.17561530.15113385X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9427-0.2599-0.2243.71941.52123.91830.058-0.43010.4910.2964-0.18060.2331-0.1949-0.56350.01860.23060.0549-0.0260.357-0.12670.316811.136543.351411.488
22.0548-0.3063-1.52671.10210.98094.04220.1336-0.37510.6129-0.1356-0.1799-0.1316-0.6518-0.069-0.03860.33080.0186-0.08020.3375-0.14070.385315.769648.3139.4573
31.4258-0.76961.37888.5564-5.72226.1497-0.2453-0.6935-0.1760.4677-0.0913-0.26680.09140.11670.08410.22980.09460.0980.37710.14350.210227.59113.05112.5468
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 33 through 91 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 92 through 136 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 137 through 155 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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