PDB-4n8l: E249D mutant, RipA structure

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4n8l

タイトル

E249D mutant, RipA structure

要素

Putative 4-hydroxybutyrate coenzyme A transferase

キーワード

TRANSFERASE / Coenzyme A transferase

機能・相同性

機能・相同性情報

acetate CoA-transferase activity / acetate metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Yersinia pestis (ペスト菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.817 Å

データ登録者

Torres, R. / Goulding, C.W.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Structural snapshots along the reaction pathway of Yersinia pestis RipA, a putative butyryl-CoA transferase.
著者: Torres, R. / Lan, B. / Latif, Y. / Chim, N. / Goulding, C.W.

履歴

登録	2013年10月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年4月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年4月16日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4n8l.cif.gz	488 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4n8l.ent.gz	413 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4n8l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4n8l_validation.pdf.gz	439 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4n8l_full_validation.pdf.gz	443.2 KB	表示
XML形式データ	4n8l_validation.xml.gz	29.5 KB	表示
CIF形式データ	4n8l_validation.cif.gz	40.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n8/4n8l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n8/4n8l	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4n8hC 4n8iC 4n8jC 4n8kC 3qlkS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4n8i-1 4n8i-2 4n8h-1 4n8h-2 4n8j-3 4n8k-1 1u74-2 4n8j-4 3r7t-d 4d3m-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative 4-hydroxybutyrate coenzyme A transferase

B: Putative 4-hydroxybutyrate coenzyme A transferase

105 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Putative 4-hydroxybutyrate coenzyme A transferase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
52.3 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Putative 4-hydroxybutyrate coenzyme A transferase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
52.3 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	197.241, 197.241, 59.223
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	Putative 4-hydroxybutyrate coenzyme A transferase / Putative Coenzyme A transferase / Similar to 4-hydroxybutyrate CoA transferase 分子量: 52270.324 Da / 分子数: 2 / 変異: E249D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 遺伝子: aCH1, y2385, YPO1926, YP_1668 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9ZC36
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Putative 4-hydroxybutyrate coenzyme A transferase / Putative Coenzyme A transferase / Similar to 4-hydroxybutyrate CoA transferase

分子量: 52270.324 Da / 分子数: 2 / 変異: E249D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Yersinia pestis (ペスト菌) / 遺伝子: aCH1, y2385, YPO1926, YP_1668 / プラスミド: pET28 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9ZC36

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.33 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.1M Bis Tris, 27% PEG monomethyl ether 2000, and 1mM propionyl-CoA, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL9-2 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月19日

放射

モノクロメーター: Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 11.3 % / 数: 362778 / R_merge(I) obs: 0.147 / Χ²: 1.09 / D res high: 2.8 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 32116 / % possible obs: 100

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
7.59	50	99.7	1	0.075	1.023	10.7
6.03	7.59	100	1	0.103	1.079	11.2
5.27	6.03	100	1	0.119	0.959	11.3
4.79	5.27	100	1	0.128	1.08	11.4
4.44	4.79	100	1	0.136	1.07	11.3
4.18	4.44	100	1	0.145	1.08	11.4
3.97	4.18	100	1	0.15	1.066	11.4
3.8	3.97	100	1	0.163	1.095	11.4
3.65	3.8	100	1	0.18	1.037	11.4
3.53	3.65	100	1	0.205	1.048	11.4
3.42	3.53	100	1	0.222	1.09	11.3
3.32	3.42	100	1	0.26	1.117	11.3
3.23	3.32	100	1	0.296	1.074	11.3
3.15	3.23	100	1	0.337	1.113	11.3
3.08	3.15	100	1	0.382	1.109	11.3
3.02	3.08	100	1	0.443	1.079	11.3
2.96	3.02	100	1	0.51	1.126	11.3
2.9	2.96	100	1	0.583	1.18	11.2
2.85	2.9	100	1	0.675	1.156	11.3
2.8	2.85	100	1	0.802	1.148	11.2

反射

解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 32103 / % possible obs: 99.87 % / 冗長度: 11.3 % / B_iso Wilson estimate: 66.59 Å² / R_merge(I) obs: 0.147 / Net I/σ(I): 18.02

反射シェル

解像度 (Å)	Diffraction-ID	% possible all
2.8-2.85	1	100
2.85-2.9	1	100
2.9-2.96	1	100
2.96-3.02	1	100
3.02-3.08	1	100
3.08-3.15	1	100
3.15-3.23	1	100
3.23-3.32	1	100
3.32-3.42	1	100
3.42-3.53	1	100
3.53-3.65	1	100
3.65-3.8	1	100
3.8-3.97	1	100
3.97-4.18	1	100
4.18-4.44	1	100
4.44-4.79	1	100
4.79-5.27	1	100
5.27-6.03	1	100
6.03-7.59	1	100
7.59-50	1	99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.8.3_1479	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
Blu-Ice		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 3QLK

3qlk

解像度: 2.817→42.704 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8458 / SU ML: 0.3 / 交差検証法: Free R / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.22 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2192	1949	6.19 %	Random
R_work	0.182	-	-	-
obs	0.1843	31507	98.02 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 281.04 Å² / B_iso mean: 87.0692 Å² / B_iso min: 33.87 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.817→42.704 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6662	0	0	31	6693

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	6786
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.975	9206
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.038	1056
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1210
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.333	2528

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.817-2.8874	0.2767	131	0.2658	1901	2032	90
2.8874-2.9655	0.2991	137	0.2449	2020	2157	94
2.9655-3.0527	0.2634	134	0.2358	2023	2157	95
3.0527-3.1512	0.2727	135	0.2269	2083	2218	97
3.1512-3.2638	0.2606	135	0.2227	2078	2213	98
3.2638-3.3944	0.2911	138	0.2109	2110	2248	99
3.3944-3.5488	0.2141	146	0.1992	2140	2286	99
3.5488-3.7358	0.2376	139	0.1879	2148	2287	100
3.7358-3.9697	0.2191	145	0.1819	2149	2294	100
3.9697-4.276	0.2256	142	0.1647	2151	2293	100
4.276-4.7058	0.1825	141	0.1511	2136	2277	100
4.7058-5.3856	0.2131	141	0.1568	2186	2327	100
5.3856-6.7809	0.1821	139	0.1817	2183	2322	100
6.7809-42.7088	0.1956	146	0.1672	2250	2396	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8875	0.7393	1.3192	2.0188	1.2005	2.2088	-0.0669	-0.4425	0.3701	0.3164	-0.0735	-0.0047	-0.0594	-0.0845	0.1136	0.4296	-0.0891	-0.0141	0.6304	-0.1643	0.4049	49.5032	-54.7245	29.28
2	2.5295	-0.6823	-0.5153	1.1555	-0.4942	1.3066	0.0258	0.1392	0.4501	-0.251	-0.0138	0.0828	-0.0632	-0.0709	-0.0228	0.3859	-0.0976	0.004	0.4688	-0.0453	0.3673	53.3677	-57.0801	4.6492
3	2.4037	-0.2558	-0.6344	1.9079	-0.4221	1.1964	-0.0346	-0.1315	0.182	0.0207	-0.0623	-0.6843	-0.0331	0.4212	0.0837	0.4084	-0.1074	-0.0068	0.6554	0.0352	0.7407	75.1128	-63.6793	7.6748
4	2.2789	0.2742	0.0773	1.8839	-0.0152	0.696	-0.0777	0.2658	-0.307	-0.115	0.0044	-0.3427	0.1792	0.1565	0.0572	0.4684	0.0532	0.2027	0.6072	-0.0248	0.7377	82.0506	-93.7091	3.5881
5	0.4998	-0.6535	-0.0155	1.6686	0.9849	1.1604	-0.2841	-0.1427	-0.3481	0.5657	0.1921	-1.016	0.0979	0.4341	-0.0614	0.7891	0.1672	-0.0897	0.7507	0.1155	0.8285	77.933	-94.7418	30.2351
6	1.5981	-0.5009	-0.541	2.4022	-0.3886	1.4852	-0.1373	-0.1356	-0.2426	0.4476	0.0656	-0.2437	0.0838	-0.0804	0.0101	0.4848	-0.0106	0.0864	0.5592	0.1464	0.5912	65.7626	-97.2488	23.0364
7	1.3486	0.2496	0.4067	0.8979	0.7604	0.9077	-0.29	-0.3747	0.4068	0.7492	0.2207	-0.9898	0.0259	0.1416	-0.0559	0.8057	0.06	-0.4621	0.8479	-0.0742	1.0019	72.544	-75.1917	31.526

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 189 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 190 through 307 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 308 through 440 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 1 through 189 )	B
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 190 through 216 )	B
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 217 through 307 )	B
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 308 through 440 )	B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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