PDB-4n8k: E249A mutant, RipA structure

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4n8k

タイトル

E249A mutant, RipA structure

要素

Putative 4-hydroxybutyrate coenzyme A transferase

キーワード

TRANSFERASE / Coenzyme A transferase

機能・相同性

機能・相同性情報

acetate CoA-transferase activity / acetate metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Yersinia pestis (ペスト菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Torres, R. / Goulding, C.W.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Structural snapshots along the reaction pathway of Yersinia pestis RipA, a putative butyryl-CoA transferase.
著者: Torres, R. / Lan, B. / Latif, Y. / Chim, N. / Goulding, C.W.

履歴

登録	2013年10月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年4月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年4月16日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2018年1月24日	Group: Refinement description / カテゴリ: refine / Item: _refine.pdbx_starting_model
改定 1.4	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4n8k.cif.gz	504.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4n8k.ent.gz	423.1 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4n8k_validation.pdf.gz	436.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4n8k_full_validation.pdf.gz	439.3 KB	表示
XML形式データ	4n8k_validation.xml.gz	36.4 KB	表示
CIF形式データ	4n8k_validation.cif.gz	54.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n8/4n8k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n8/4n8k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4n8hC 4n8iC 4n8jC 4n8lC 3qlkS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4n8i-2 4n8j-4 4n8i-1 4n8h-2 4n8h-1 4n8j-3 4n8l-1 4qmg-1 1g77-1 6moz-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative 4-hydroxybutyrate coenzyme A transferase

B: Putative 4-hydroxybutyrate coenzyme A transferase

104 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Putative 4-hydroxybutyrate coenzyme A transferase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
52.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Putative 4-hydroxybutyrate coenzyme A transferase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
52.2 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	118.182, 108.176, 84.987
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 120.000, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Putative 4-hydroxybutyrate coenzyme A transferase / Putative Coenzyme A transferase / Similar to 4-hydroxybutyrate CoA transferase 分子量: 52226.316 Da / 分子数: 2 / 変異: E249A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 遺伝子: aCH1, y2385, YPO1926, YP_1668 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9ZC36
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 569 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Putative 4-hydroxybutyrate coenzyme A transferase / Putative Coenzyme A transferase / Similar to 4-hydroxybutyrate CoA transferase

分子量: 52226.316 Da / 分子数: 2 / 変異: E249A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Yersinia pestis (ペスト菌) / 遺伝子: aCH1, y2385, YPO1926, YP_1668 / プラスミド: pET28 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9ZC36

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 569 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.38 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.1M BisTris pH 5.5, 21% PEG 3350, 0.2M Ammonium sulfate, 1 mM succinyl CoA, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月19日

放射

モノクロメーター: Double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→50 Å / Num. obs: 62152 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 26.69 Å² / R_merge(I) obs: 0.071 / Χ²: 1.071 / Net I/σ(I): 9.6

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2-2.03	3.5	0.442	3023	0.538	1	97
2.03-2.07	3.8	0.398	3085	0.701	1	98.6
2.07-2.11	3.8	0.327	3097	0.645	1	98.9
2.11-2.15	3.8	0.275	3049	0.602	1	98.9
2.15-2.2	3.8	0.239	3073	0.64	1	99
2.2-2.25	3.8	0.233	3084	0.772	1	99.2
2.25-2.31	3.8	0.196	3111	0.712	1	99.2
2.31-2.37	3.8	0.166	3086	0.724	1	99.3
2.37-2.44	3.8	0.154	3129	0.738	1	99.4
2.44-2.52	3.8	0.138	3096	0.794	1	99.4
2.52-2.61	3.8	0.12	3090	0.872	1	99.6
2.61-2.71	3.8	0.109	3123	1.011	1	99.5
2.71-2.84	3.8	0.088	3110	1.023	1	99.7
2.84-2.99	3.8	0.077	3116	1.148	1	99.7
2.99-3.17	3.8	0.069	3112	1.418	1	99.8
3.17-3.42	3.7	0.061	3134	1.638	1	99.9
3.42-3.76	3.7	0.054	3134	2.004	1	99.8
3.76-4.31	3.7	0.048	3145	2.142	1	99.9
4.31-5.43	3.7	0.042	3164	1.892	1	99.8
5.43-50	3.8	0.033	3191	1.385	1	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.8.3_1479	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
BOS		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3QLK

3qlk

解像度: 2→43.585 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.9009 / SU ML: 0.17 / 交差検証法: Free R / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.86 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1759	1999	3.22 %	Random
R_work	0.1477	-	-	-
obs	0.1487	62141	99.15 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 218.16 Å² / B_iso mean: 38.9174 Å² / B_iso min: 0 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→43.585 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6792	0	0	569	7361

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	6922
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.159	9392
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	1074
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1234
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.755	2574

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.9977-2.0477	0.2729	138	0.2029	4124	4262	96
2.0477-2.103	0.2373	141	0.181	4271	4412	99
2.103-2.1649	0.236	142	0.1608	4280	4422	99
2.1649-2.2348	0.2376	141	0.1567	4251	4392	99
2.2348-2.3147	0.1602	143	0.1506	4279	4422	99
2.3147-2.4073	0.2061	141	0.1461	4286	4427	99
2.4073-2.5169	0.1781	144	0.1454	4322	4466	99
2.5169-2.6496	0.1788	143	0.1462	4297	4440	100
2.6496-2.8156	0.1949	143	0.1466	4276	4419	100
2.8156-3.0329	0.1905	144	0.1504	4339	4483	100
3.0329-3.338	0.185	144	0.149	4332	4476	100
3.338-3.8208	0.1435	144	0.1371	4332	4476	100
3.8208-4.8128	0.1429	144	0.1205	4341	4485	100
4.8128-43.595	0.1584	147	0.1638	4412	4559	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8878	-0.4535	0.2564	1.339	0.0316	1.2706	-0.0634	-0.108	0.0184	0.0595	0.0802	0.1688	-0.0429	-0.1432	-0.018	0.2079	0.0182	0.0206	0.2022	0.0153	0.2283	8.3445	102.4257	49.7296
2	0.04	0.1038	0.0786	2.3354	2.3284	2.3131	0.0125	0.0181	-0.058	0.2546	-0.2132	0.4194	0.3058	-0.5299	0.1851	0.3698	-0.0405	0.0569	0.3233	0.0481	0.3213	4.36	75.9702	46.6286
3	1.3689	-0.0292	-0.3284	2.2022	0.4163	2.2914	-0.0091	0.0281	-0.3236	0.2254	-0.0395	0.11	0.3722	-0.0414	-0.0076	0.2375	0.0115	-0.0058	0.1937	0.0228	0.2418	17.3475	77.0919	49.7352
4	1.1071	0.722	0.5073	1.4602	0.8442	1.2135	-0.1384	0.0889	0.045	-0.1512	0.0609	0.2251	-0.0531	-0.088	0.0584	0.2359	-0.0152	-0.0057	0.2051	0.0295	0.2636	9.4234	77.6933	28.269
5	1.816	0.3379	-0.0314	1.4281	0.3101	1.5856	-0.0854	0.4267	-0.2504	-0.2036	0.1331	-0.037	0.0995	-0.004	-0.0444	0.2637	-0.0383	0.0161	0.2635	-0.0797	0.2143	30.803	74.5597	5.1294
6	1.8225	-0.1456	-1.0187	1.1972	-0.1611	0.9962	0.0178	0.2744	0.1691	-0.1177	0.0693	0.0144	-0.1702	-0.1018	-0.0993	0.2351	-0.0298	-0.0102	0.2219	0.0214	0.1877	30.3975	97.9882	12.9999
7	2.0878	-0.4363	-0.1752	1.1334	0.1744	1.5515	0.0323	0.2275	0.1042	-0.1946	0.061	0.2015	-0.1177	-0.2995	-0.1219	0.2913	0.0277	-0.016	0.2812	0.0636	0.2687	10.5057	102.7573	19.078

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 189 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 190 through 216 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 217 through 296 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 297 through 440 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 1 through 189 )	B
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 190 through 342 )	B
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 343 through 440 )	B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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