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万見
- PDB-4n8i: M31G mutant, RipA structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4n8i
タイトルM31G mutant, RipA structure
要素4-hydroxybutyrate coenzyme A transferase
キーワードTRANSFERASE / Coenzyme A transferase
機能・相同性
機能・相同性情報


acetate CoA-transferase activity / acetate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Acetyl-CoA hydrolase/transferase, N-terminal / Acetyl-CoA hydrolase/transferase C-terminal domain / Acetyl-CoA hydrolase/transferase, C-terminal domain superfamily / Acetyl-CoA hydrolase/transferase / Acetyl-CoA hydrolase/transferase N-terminal domain / Acetyl-CoA hydrolase/transferase C-terminal domain / NagB/RpiA transferase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / COENZYME A / 4-hydroxybutyrate coenzyme A transferase
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia pestis (ペスト菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.011 Å
データ登録者Torres, R. / Goulding, C.W.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Structural snapshots along the reaction pathway of Yersinia pestis RipA, a putative butyryl-CoA transferase.
著者: Torres, R. / Lan, B. / Latif, Y. / Chim, N. / Goulding, C.W.
履歴
登録2013年10月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月16日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-hydroxybutyrate coenzyme A transferase
B: 4-hydroxybutyrate coenzyme A transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,0746
ポリマ－104,4202
非ポリマー1,6534
水10,647591
1
A: 4-hydroxybutyrate coenzyme A transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,0373
ポリマ－52,2101
非ポリマー8272
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: 4-hydroxybutyrate coenzyme A transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,0373
ポリマ－52,2101
非ポリマー8272
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7010 Å2
ΔGint5 kcal/mol
Surface area30560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.411, 107.171, 87.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 120.36, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 4-hydroxybutyrate coenzyme A transferase / Putative Coenzyme A transferase / Similar to 4-hydroxybutyrate CoA transferase


分子量: 52210.207 Da / 分子数: 2 / 変異: M31G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 遺伝子: aCH1, y2385, YPO1926, YP_1668 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9ZC36
#2: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 591 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.11 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 0.2 M ammonium acetate, 24% PEG 3350 and 1 mM succinyl-CoA, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.01→50 Å / Num. obs: 61943 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 21 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.01-2.082.70.293196.5
2.08-2.173.10.244199.7
2.17-2.263.70.2081100
2.26-2.383.80.1691100
2.38-2.533.80.1361100
2.53-2.733.80.1091100
2.73-33.80.0851100
3-3.443.80.0771100
3.44-4.333.80.0811100
4.33-503.70.0551100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.8.3_1479精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
BOSデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 3QLK

3qlk


解像度: 2.011→43.748 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33 / SU ML: 0.19 / 交差検証法: Free R / σ(F): 0 / 位相誤差: 17.42 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1799 1913 3.21 %Random
Rwork0.1351 ---
obs0.1366 59636 95.85 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 33.4998 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.011→43.748 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6792 0 102 591 7485
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0127063
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4029600
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4172642
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0691085
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071251
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.0112-2.06150.27181160.19653593370984
2.0615-2.11730.19391280.16483840396890
2.1173-2.17960.16641320.153985411792
2.1796-2.24990.2311350.14284052418795
2.2499-2.33030.18631330.13424080421395
2.3303-2.42360.18251280.1314108423696
2.4236-2.53390.17281420.13314153429597
2.5339-2.66750.16781420.13844233437598
2.6675-2.83460.1861410.13794207434898
2.8346-3.05340.21121420.13564221436399
3.0534-3.36060.19791440.13634284442899
3.3606-3.84660.15311420.126542724414100
3.8466-4.84530.14161440.108443264470100
4.8453-43.75850.18711440.14543694513100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.64780.3857-0.10321.2547-0.2380.7947-0.0670.00260.0125-0.12110.044-0.23810.05610.06360.01710.1739-0.03790.02950.1826-0.0090.2196-23.696328.6097-13.5908
20.21080.130.04830.824-0.31860.6856-0.05240.0288-0.0327-0.10070.0398-0.10190.03530.08580.01580.1562-0.01270.0230.1784-0.01610.1879-35.14310.9198-9.985
30.873-0.1322-0.01561.0254-0.3790.9161-0.0351-0.1203-0.0330.0612-0.0283-0.1946-0.04790.19660.0160.14430.0207-0.00410.18620.0110.2241-26.5362-2.184812.725
40.96930.0012-0.09320.5327-0.11420.83870.029-0.1612-0.3182-0.02560.03640.1950.3168-0.09370.01290.31250.00430.02520.22920.08520.2758-64.0469-10.721834.3845
50.651-0.0112-0.32921.1658-0.17371.1045-0.0533-0.2334-0.13830.2473-0.0393-0.18620.08980.28180.03090.28050.0498-0.040.29140.06170.2094-42.8944-2.650335.6713
61.0291-0.0232-0.59360.6545-0.20860.943-0.0946-0.1289-0.1340.08420.0577-0.03620.09990.07580.01910.21080.0295-0.00970.18460.01970.1745-52.5228-0.637325.3288
70.57870.29130.21021.1014-0.36820.897-0.0682-0.1158-0.07110.11820.09980.09470.0242-0.18750.02340.22020.04210.03630.22140.0280.2071-64.75972.099630.3085
80.4790.24-0.22290.1459-0.08590.29170.1287-0.25630.10910.3229-0.0136-0.0581-0.19290.251-0.00040.3347-0.0243-0.02370.3042-0.08350.2448-45.629623.502932.8107
90.8787-0.0777-0.18391.37120.27660.9958-0.0617-0.15310.290.2322-0.0096-0.139-0.21350.090.01040.25270.0197-0.0350.1661-0.03310.222-52.098926.059524.1767
101.0475-0.1613-0.16550.96060.00431.0454-0.0951-0.15140.09920.18740.04580.0679-0.1838-0.06560.00330.22530.0434-0.00340.1799-0.01720.1971-60.478419.894724.8848
110.83010.2768-0.45450.6178-0.07820.51770.0042-0.1233-0.03630.1188-0.0176-0.0837-0.0430.1097-0.0030.20450.0068-0.01810.19270.00040.1604-43.199915.956218.242
121.21010.2666-0.09140.8070.14840.95080.0243-0.20440.0080.1976-0.0494-0.1366-0.0540.17640.00930.2335-0.0246-0.03020.21860.00970.1935-35.123520.675618.1524
130.67580.2017-0.10780.62110.38221.51450.0244-0.17080.14950.0445-0.0382-0.097-0.13950.3393-0.00790.2343-0.0708-0.05230.2908-0.01850.2741-23.774128.663115.8376
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 99 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 100 through 357 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 358 through 440 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 1 through 25 )B0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 26 through 99 )B0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 100 through 165 )B0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 166 through 189 )B0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 190 through 216 )B0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 217 through 260 )B0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 261 through 296 )B0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 297 through 342 )B0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 343 through 399 )B0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 400 through 440 )B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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