PDB-4n8h: E61V mutant, RipA structure

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4n8h

タイトル

E61V mutant, RipA structure

要素

4-hydroxybutyrate coenzyme A transferase

キーワード

TRANSFERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

acetate CoA-transferase activity / acetate metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Yersinia pestis (ペスト菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Torres, R. / Goulding, C.W.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Structural snapshots along the reaction pathway of Yersinia pestis RipA, a putative butyryl-CoA transferase.
著者: Torres, R. / Lan, B. / Latif, Y. / Chim, N. / Goulding, C.W.

履歴

登録	2013年10月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年4月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年4月16日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4n8h.cif.gz	493.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4n8h.ent.gz	412.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4n8h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4n8h_validation.pdf.gz	429.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4n8h_full_validation.pdf.gz	431.5 KB	表示
XML形式データ	4n8h_validation.xml.gz	33.2 KB	表示
CIF形式データ	4n8h_validation.cif.gz	47.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n8/4n8h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n8/4n8h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4n8iC 4n8jC 4n8kC 4n8lC 3qlkS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4n8j-3 4n8k-2 4n8i-1 4n8i-2 4n8j-4 4n8l-1 4n8k-1 1s6v-2 5y39-2 5z2c-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 4-hydroxybutyrate coenzyme A transferase

B: 4-hydroxybutyrate coenzyme A transferase

105 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 4-hydroxybutyrate coenzyme A transferase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
52.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: 4-hydroxybutyrate coenzyme A transferase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
52.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	118.907, 109.003, 85.014
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 120.07, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-615- HOH

#1: タンパク質	4-hydroxybutyrate coenzyme A transferase / Putative Coenzyme A transferase / Similar to 4-hydroxybutyrate CoA transferase 分子量: 52254.371 Da / 分子数: 2 / 変異: E61V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 遺伝子: aCH1, y2385, YPO1926, YP_1668 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9ZC36
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 320 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

4-hydroxybutyrate coenzyme A transferase / Putative Coenzyme A transferase / Similar to 4-hydroxybutyrate CoA transferase

分子量: 52254.371 Da / 分子数: 2 / 変異: E61V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Yersinia pestis (ペスト菌) / 遺伝子: aCH1, y2385, YPO1926, YP_1668 / プラスミド: pET28 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9ZC36

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 320 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.08 %
結晶化	温度: 298 K / pH: 5 詳細: 0.3 M Na malonate, 22% PEG 3350, and 1 mM propionyl CoA, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月19日

放射

モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 3.7 % / 数: 136447 / R_merge(I) obs: 0.061 / Χ²: 1.02 / D res high: 2.4 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 36693 / % possible obs: 99.9

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
5.17	50	99.7	1	0.031	1.158	3.7
4.1	5.17	99.5	1	0.043	1.025	3.6
3.58	4.1	99.8	1	0.06	0.964	3.6
3.26	3.58	100	1	0.072	1.009	3.7
3.02	3.26	100	1	0.074	0.975	3.7
2.85	3.02	100	1	0.082	1.043	3.7
2.7	2.85	100	1	0.092	1.026	3.8
2.59	2.7	100	1	0.121	0.963	3.7
2.49	2.59	100	1	0.131	1.028	3.7
2.4	2.49	100	1	0.159	1.048	3.7

反射

解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 36693 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 26.24 Å² / R_merge(I) obs: 0.061

反射シェル

解像度: 2.4→2.49 Å / R_merge(I) obs: 0.159 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.8.3_1479	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3QLK

3qlk

解像度: 2.4→39.7 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.21 / σ(F): 0 / 位相誤差: 18.16 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.192	1986	5.47 %
R_work	0.151	-	-
obs	0.154	36306	98.7 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.61 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→39.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6796	0	0	320	7116

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	6926
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.901	9398
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.066	2576
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.035	1076
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1234

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3984-2.4584	0.231	135	0.1631	2330	X-RAY DIFFRACTION	95
2.4584-2.5248	0.233	140	0.1645	2435	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5248-2.5991	0.2089	142	0.166	2414	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5991-2.683	0.2166	138	0.1695	2404	X-RAY DIFFRACTION	98
2.683-2.7789	0.2344	142	0.17	2441	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7789-2.8901	0.1976	142	0.1738	2455	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8901-3.0216	0.219	141	0.172	2461	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0216-3.1808	0.1998	143	0.1689	2453	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1808-3.38	0.2273	144	0.1695	2471	X-RAY DIFFRACTION	100
3.38-3.6408	0.1994	142	0.157	2469	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6408-4.0069	0.1847	144	0.1462	2480	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0069-4.586	0.1564	144	0.1188	2489	X-RAY DIFFRACTION	99
4.586-5.775	0.1716	143	0.1298	2499	X-RAY DIFFRACTION	100
5.775-39.7076	0.1497	146	0.1397	2519	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5428	0.5375	0.0846	1.1008	0.1217	0.7247	-0.0965	0.0806	-0.0477	-0.0745	0.0891	-0.1605	-0.0269	0.0848	0.0089	0.1694	-0.0258	0.0144	0.1736	-0.0065	0.1841	-29.8573	29.7218	-12.9533
2	0.0396	-0.2167	0.1045	1.0058	-0.6613	1.2083	-0.0085	0.0363	-0.1072	-0.0944	-0.0267	-0.1183	0.135	0.0879	0.0269	0.1713	-0.0084	0.0211	0.1775	-0.0296	0.2297	-35.4085	6.0555	-8.0795
3	1.617	-0.618	0.3444	0.9325	-0.3995	0.9838	-0.0342	-0.0445	0.2142	0.1282	-0.008	-0.3034	-0.0806	0.1051	0.069	0.2252	0.0199	-0.021	0.2005	-0.0186	0.2769	-28.5269	1.5877	11.8335
4	0.9751	-0.0487	-0.048	1.1179	-0.1494	0.7192	-0.0554	-0.2958	-0.0911	0.1463	0.1058	0.0803	0.0006	0.0566	-0.0381	0.1858	0.0436	0.011	0.241	0.0292	0.1391	-53.3894	10.8893	29.6799
5	1.8335	0.5993	-0.2791	0.8245	0.1437	0.5738	0.0389	-0.1026	-0.0318	0.0917	0.0687	-0.2279	-0.0736	0.2619	-0.0684	0.2425	-0.0066	-0.018	0.2479	-0.0459	0.2059	-35.821	26.7472	18.088

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 189 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 190 through 342 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 343 through 440 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 1 through 296 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 297 through 440 )

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関連情報:EMDBヘッダ

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