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- PDB-4n7o: Capturing the haemoglobin allosteric transition in a single cryst... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4n7o
タイトルCapturing the haemoglobin allosteric transition in a single crystal form; Crystal structure of half-liganded human haemoglobin with phosphate at 2.5 A resolution.
要素
  • Hemoglobin subunit alpha
  • Hemoglobin subunit beta
キーワードTRANSPORT PROTEIN / hybrid haemoglobin / allosteric pathway
機能・相同性
機能・相同性情報


nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / renal absorption / organic acid binding / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma ...nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / renal absorption / organic acid binding / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen / blood vessel diameter maintenance / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / carbon dioxide transport / Late endosomal microautophagy / Heme signaling / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / Cytoprotection by HMOX1 / response to hydrogen peroxide / platelet aggregation / oxygen binding / regulation of blood pressure / Chaperone Mediated Autophagy / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / tertiary granule lumen / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / blood microparticle / ficolin-1-rich granule lumen / iron ion binding / heme binding / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin ...Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING NI(II) / Hemoglobin subunit beta / Hemoglobin subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.502 Å
データ登録者Sugiyama, K. / Shibayama, N. / Park, S.Y.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2014
タイトル: Capturing the hemoglobin allosteric transition in a single crystal form
著者: Shibayama, N. / Sugiyama, K. / Tame, J.R. / Park, S.Y.
履歴
登録2013年10月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年4月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月23日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_chiral / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemoglobin subunit alpha
B: Hemoglobin subunit beta
C: Hemoglobin subunit alpha
D: Hemoglobin subunit beta
E: Hemoglobin subunit alpha
F: Hemoglobin subunit beta
G: Hemoglobin subunit alpha
H: Hemoglobin subunit beta
I: Hemoglobin subunit alpha
J: Hemoglobin subunit beta
K: Hemoglobin subunit alpha
L: Hemoglobin subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)193,65824
ポリマ－186,24312
非ポリマー7,41512
水00
1
A: Hemoglobin subunit alpha
B: Hemoglobin subunit beta
C: Hemoglobin subunit alpha
D: Hemoglobin subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,5538
ポリマ－62,0814
非ポリマー2,4724
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11180 Å2
ΔGint-108 kcal/mol
Surface area23690 Å2
手法PISA
2
E: Hemoglobin subunit alpha
F: Hemoglobin subunit beta
G: Hemoglobin subunit alpha
H: Hemoglobin subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,5538
ポリマ－62,0814
非ポリマー2,4724
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11140 Å2
ΔGint-105 kcal/mol
Surface area23720 Å2
手法PISA
3
I: Hemoglobin subunit alpha
J: Hemoglobin subunit beta
K: Hemoglobin subunit alpha
L: Hemoglobin subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,5538
ポリマ－62,0814
非ポリマー2,4724
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11020 Å2
ΔGint-112 kcal/mol
Surface area23820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)228.935, 54.337, 137.884
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.220, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
Hemoglobin subunit alpha / Alpha-globin / Hemoglobin alpha chain


分子量: 15150.353 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 2-142 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: blood / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P69905
#2: タンパク質
Hemoglobin subunit beta / Beta-globin / Hemoglobin beta chain / LVV-hemorphin-7


分子量: 15890.198 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 2-147 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: blood / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P68871
#3: 化合物
ChemComp-HNI / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING NI(II)


分子量: 619.336 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32N4NiO4
#4: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.12 % / Mosaicity: 0.447 °
結晶化温度: 298 K / 手法: microbatch under paraffin oil / pH: 6.8
詳細: CO-saturated 1.0% XL[alpha(Fe-Co)beta(Ni)][alpha(Ni)beta(Fe-Co)], 17% PEG3350, 10mM Potassium phosphate pH6.8 , microbatch under paraffin oil, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月17日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 4.8 % / 数: 274648 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Χ2: 1.78 / D res high: 2.5 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 56987 / % possible obs: 98.9
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
2.52.5993.810.4330.763.2
2.592.6999.210.3940.8024.3
2.692.8299.110.30.8714.9
2.822.9699.410.2291.0135.1
2.963.1599.610.1681.2595.2
3.153.3999.710.1211.6045.2
3.393.7399.910.0862.2615.2
3.734.2799.910.0682.8725.1
4.275.3899.910.0563.0965
5.385098.610.0362.4964.9
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 56987 / Num. obs: 56987 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / Rmerge(I) obs: 0.433 / % possible all: 93.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
CNS1.1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.502→20 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2916 2840 4.9 %
Rwork0.267 --
obs-56876 98.8 %
溶媒の処理Bsol: 36.7192 Å2
原子変位パラメータBiso max: 112.41 Å2 / Biso mean: 61.7563 Å2 / Biso min: 20.19 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--15.026 Å20 Å20.661 Å2
2--9.525 Å20 Å2
3---5.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.502→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13140 0 516 0 13656
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.478
X-RAY DIFFRACTIONf_mcbond_it1.3711.5
X-RAY DIFFRACTIONf_scbond_it1.7592
X-RAY DIFFRACTIONf_mcangle_it2.3542
X-RAY DIFFRACTIONf_scangle_it2.6792.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:ion.param
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:dna-rna.param
X-RAY DIFFRACTION5PARAM:hem.par

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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