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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4n7l | ||||||
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タイトル | Zinc Substituted Reaction Center M(L214H) Variant of Rhodobacter sphaeroides | ||||||
要素 | (Reaction center protein ...) x 3 | ||||||
キーワード | PHOTOSYNTHESIS | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / photosynthetic electron transport in photosystem II / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.85 Å | ||||||
データ登録者 | Hardjasa, A. / Murphy, M.E.P. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2014 タイトル: Structural and kinetic properties of Rhodobacter sphaeroides photosynthetic reaction centers containing exclusively Zn-coordinated bacteriochlorophyll as bacteriochlorin cofactors. 著者: Saer, R.G. / Pan, J. / Hardjasa, A. / Lin, S. / Rosell, F. / Mauk, A.G. / Woodbury, N.W. / Murphy, M.E. / Beatty, J.T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4n7l.cif.gz | 220.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4n7l.ent.gz | 169.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4n7l.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n7/4n7l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n7/4n7l | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | biological unit is the same as asym. |
-要素
-Reaction center protein ... , 3種, 3分子 HLM
#1: タンパク質 | 分子量: 26122.035 Da / 分子数: 1 / 変異: L214H / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) 株: 2.4.1 / 遺伝子: puhA, puhApufML / プラスミド: pRS1 / 発現宿主: Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) / 株 (発現宿主): 2.4.1 / 参照: UniProt: P0C0Y7, UniProt: Q3J170*PLUS |
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#2: タンパク質 | 分子量: 31346.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) 株: 2.4.1 / 遺伝子: pufL, puhApufML / プラスミド: pRS1 / 発現宿主: Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) / 株 (発現宿主): 2.4.1 / 参照: UniProt: P0C0Y8, UniProt: Q3J1A5*PLUS |
#3: タンパク質 | 分子量: 34028.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) 株: 2.4.1 / 遺伝子: pufM, puhApufML / プラスミド: pRS1 / 発現宿主: Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) / 株 (発現宿主): 2.4.1 / 参照: UniProt: P0C0Y9, UniProt: Q3J1A6*PLUS |
-非ポリマー , 12種, 427分子
#4: 化合物 | ChemComp-GOL / #5: 化合物 | ChemComp-GGD / | #6: 化合物 | ChemComp-LDA / #7: 化合物 | #8: 化合物 | ChemComp-2GO / [ #9: 化合物 | ChemComp-PO4 / | #10: 化合物 | #11: 化合物 | ChemComp-FE / | #12: 化合物 | ChemComp-SPO / | #13: 化合物 | ChemComp-CDL / | #14: 化合物 | ChemComp-PC1 / | #15: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 78.26 % |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.12709 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.12709 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.85→120.888 Å / Num. obs: 42741 / % possible obs: 87.4 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 47 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.167 / Net I/σ(I): 12.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.85→50.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / WRfactor Rfree: 0.1962 / WRfactor Rwork: 0.1515 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.8782 / SU B: 8.92 / SU ML: 0.171 / SU R Cruickshank DPI: 0.4516 / SU Rfree: 0.2863 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.452 / ESU R Free: 0.286 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 197.48 Å2 / Biso mean: 54.9718 Å2 / Biso min: 11.86 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.85→50.57 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.85→2.924 Å / Total num. of bins used: 20
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