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- PDB-4n7l: Zinc Substituted Reaction Center M(L214H) Variant of Rhodobacter ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4n7l
タイトルZinc Substituted Reaction Center M(L214H) Variant of Rhodobacter sphaeroides
要素(Reaction center protein ...) x 3
キーワードPHOTOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis, light reaction / : / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 1 / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain / Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 2 / Photosynthetic Reaction Center, subunit H, domain 2 / Photosynthetic Reaction Center, subunit M; domain 1 / Photosystem II protein D1-like / Photosynthetic reaction centre, H subunit / Bacterial photosynthetic reaction centre, H-chain, C-terminal / Photosynthetic reaction centre, M subunit / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal ...Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 1 / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain / Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 2 / Photosynthetic Reaction Center, subunit H, domain 2 / Photosynthetic Reaction Center, subunit M; domain 1 / Photosystem II protein D1-like / Photosynthetic reaction centre, H subunit / Bacterial photosynthetic reaction centre, H-chain, C-terminal / Photosynthetic reaction centre, M subunit / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal / PRC-barrel domain / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain superfamily / Photosynthetic reaction centre, H-chain N-terminal region / PRC-barrel domain / Photosynthetic reaction centre, L subunit / PRC-barrel-like superfamily / : / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature. / Few Secondary Structures / Irregular / Alpha-Beta Complex / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2GO / CARDIOLIPIN / : / NONADEC-10-ENOIC ACID / HEPTANE-1,2,3-TRIOL / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / PHOSPHATE ION / SPHEROIDENE / UBIQUINONE-10 / Reaction center protein H chain ...Chem-2GO / CARDIOLIPIN / : / NONADEC-10-ENOIC ACID / HEPTANE-1,2,3-TRIOL / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / PHOSPHATE ION / SPHEROIDENE / UBIQUINONE-10 / Reaction center protein H chain / Reaction center protein L chain / Reaction center protein M chain / Reaction center protein H chain / Reaction center protein L chain / Reaction center protein M chain
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Hardjasa, A. / Murphy, M.E.P.
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2014
タイトル: Structural and kinetic properties of Rhodobacter sphaeroides photosynthetic reaction centers containing exclusively Zn-coordinated bacteriochlorophyll as bacteriochlorin cofactors.
著者: Saer, R.G. / Pan, J. / Hardjasa, A. / Lin, S. / Rosell, F. / Mauk, A.G. / Woodbury, N.W. / Murphy, M.E. / Beatty, J.T.
履歴
登録2013年10月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月19日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Reaction center protein H chain
L: Reaction center protein L chain
M: Reaction center protein M chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,93631
ポリマ－91,4973
非ポリマー13,43928
水7,188399
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area33240 Å2
ΔGint-175 kcal/mol
Surface area29090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)139.590, 139.590, 184.052
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
詳細biological unit is the same as asym.

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要素

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Reaction center protein ... , 3種, 3分子 HLM

#1: タンパク質 Reaction center protein H chain / Photosynthetic reaction center H subunit


分子量: 26122.035 Da / 分子数: 1 / 変異: L214H / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
株: 2.4.1 / 遺伝子: puhA, puhApufML / プラスミド: pRS1 / 発現宿主: Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) / 株 (発現宿主): 2.4.1 / 参照: UniProt: P0C0Y7, UniProt: Q3J170*PLUS
#2: タンパク質 Reaction center protein L chain / Photosynthetic reaction center L subunit


分子量: 31346.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
株: 2.4.1 / 遺伝子: pufL, puhApufML / プラスミド: pRS1 / 発現宿主: Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) / 株 (発現宿主): 2.4.1 / 参照: UniProt: P0C0Y8, UniProt: Q3J1A5*PLUS
#3: タンパク質 Reaction center protein M chain / Photosynthetic reaction center M subunit


分子量: 34028.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
株: 2.4.1 / 遺伝子: pufM, puhApufML / プラスミド: pRS1 / 発現宿主: Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) / 株 (発現宿主): 2.4.1 / 参照: UniProt: P0C0Y9, UniProt: Q3J1A6*PLUS

-
非ポリマー , 12種, 427分子

#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-GGD / NONADEC-10-ENOIC ACID 2-[3,4-DIHYDROXY-6-HYDROXYMETHYL-5-(3,4,5-TRIHYDROXY-6-HYDROXYMETHYL-TETRAHYDRO-PYRAN-2-YLOXY)-TETRAHYDRO-PYRAN-2-YLOXY] -1-OCTADEC-9-ENOYLOXYMETHYL-ETHYL ESTER / GLUCOSYL-GALACTOSYL DIACYL-GLYCEROL


分子量: 959.294 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C52H94O15
#6: 化合物
ChemComp-LDA / LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE / ドデシルジメチルアミンオキシド


分子量: 229.402 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H31NO / コメント: LDAO, 可溶化剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-U10 / UBIQUINONE-10 / Coenzyme Q10 / 2-(3,7,11,15,19,23,27,31,35,39-デカメチルテトラコンタ-2,6,10,14,18,22,(以下略)


分子量: 863.343 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C59H90O4
#8: 化合物
ChemComp-2GO / [methyl 9-acetyl-14-ethyl-20-hydroxy-4,8,13,18-tetramethyl-3-{3-oxo-3-[(3,7,11,15-tetramethylhexadec-2-en-1-yl)oxy]propyl}-3,4,20,21-tetradehydrophorbine-21-carboxylatato(2-)-kappa~4~N~23~,N~24~,N~25~,N~26~]zinc


分子量: 948.576 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H70N4O6Zn
#9: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#10: 化合物 ChemComp-HTO / HEPTANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 148.200 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H16O3
#11: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#12: 化合物 ChemComp-SPO / SPHEROIDENE / (13Z)-3,4-ジデヒドロ-1,2,7′,8′-テトラヒドロ-1-メトキシ-ψ,ψ-カロテン


分子量: 568.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H60O
#13: 化合物 ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL


分子量: 1464.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C81H156O17P2 / コメント: リン脂質*YM
#14: 化合物 ChemComp-PC1 / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / 3-SN-PHOSPHATIDYLCHOLINE


分子量: 790.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C44H88NO8P / コメント: リン脂質*YM
#15: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 399 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 78.26 %

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.12709 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.12709 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→120.888 Å / Num. obs: 42741 / % possible obs: 87.4 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 47 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.167 / Net I/σ(I): 12.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA0.1.27データスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.85→50.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / WRfactor Rfree: 0.1962 / WRfactor Rwork: 0.1515 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.8782 / SU B: 8.92 / SU ML: 0.171 / SU R Cruickshank DPI: 0.4516 / SU Rfree: 0.2863 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.452 / ESU R Free: 0.286 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2157 2153 5 %RANDOM
Rwork0.1647 ---
obs0.1672 42705 87.23 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 197.48 Å2 / Biso mean: 54.9718 Å2 / Biso min: 11.86 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.25 Å20.25 Å20 Å2
2--0.25 Å20 Å2
3----0.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→50.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6466 0 838 399 7703
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.027623
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.027365
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.6522.05410409
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.97316881
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4635820
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.11922.606284
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.82115985
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.4741532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1160.21043
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0218250
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.021822
LS精密化 シェル解像度: 2.85→2.924 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.336 164 -
Rwork0.244 2869 -
all-3033 -
obs--85.2 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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