PDB-4n5g: Crystal Structure of RXRa LBD complexed with a synthetic modulato...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4n5g

タイトル

Crystal Structure of RXRa LBD complexed with a synthetic modulator K8012

要素

Retinoic acid receptor RXR-alpha

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Retinoid X receptor-alpha nuclear receptor / Nucleus

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of transporter activity / retinoic acid-responsive element binding / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to gluconeogenesis / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to triglyceride lipolysis in adipose / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to limit cholesterol uptake / positive regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to lipogenesis / Carnitine shuttle / retinoic acid binding / TGFBR3 expression ...positive regulation of transporter activity / retinoic acid-responsive element binding / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to gluconeogenesis / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to triglyceride lipolysis in adipose / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to limit cholesterol uptake / positive regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to lipogenesis / Carnitine shuttle / retinoic acid binding / TGFBR3 expression / positive regulation of vitamin D receptor signaling pathway / nuclear vitamin D receptor binding / Signaling by Retinoic Acid / DNA binding domain binding / nuclear steroid receptor activity / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / LBD domain binding / Synthesis of bile acids and bile salts / positive regulation of cholesterol efflux / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / retinoic acid receptor signaling pathway / positive regulation of bone mineralization / response to retinoic acid / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / Recycling of bile acids and salts / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / RORA activates gene expression / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / hormone-mediated signaling pathway / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / transcription coregulator binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / peptide binding / SUMOylation of intracellular receptors / Heme signaling / mRNA transcription by RNA polymerase II / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Nuclear Receptor transcription pathway / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / Transcriptional regulation of granulopoiesis / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / Circadian Clock / double-stranded DNA binding / sequence-specific DNA binding / transcription regulator complex / cell differentiation / receptor complex / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.11 Å

データ登録者

Aleshin, A.E. / Su, Y. / Zhang, X. / Liddington, R.C.

引用

ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2014
タイトル: Sulindac-Derived RXR alpha Modulators Inhibit Cancer Cell Growth by Binding to a Novel Site.
著者: Chen, L. / Wang, Z.G. / Aleshin, A.E. / Chen, F. / Chen, J. / Jiang, F. / Alitongbieke, G. / Zeng, Z. / Ma, Y. / Huang, M. / Zhou, H. / Cadwell, G. / Zheng, J.F. / Huang, P.Q. / Liddington, R. ...

履歴

登録	2013年10月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年5月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年6月11日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4n5g.cif.gz	342.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4n5g.ent.gz	280.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4n5g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4n5g_validation.pdf.gz	994 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4n5g_full_validation.pdf.gz	1004.7 KB	表示
XML形式データ	4n5g_validation.xml.gz	32.6 KB	表示
CIF形式データ	4n5g_validation.cif.gz	45 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n5/4n5g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n5/4n5g	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4n8rC 1g1uS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4n8r-d 6jno-d 7cfo-d 5tbp-d 5zqu-d 6kyv-4 3nsp-1 6kyv-3 3nsq-1 5jc3-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (19) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (7) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (3) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (2) #37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (1) #98 - 2008年2月低分子干渉RNA (Small Interfering RNA) 類似性 (1)

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wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#155 - 2012年11月
ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor)
類似性 (19)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (7)
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エンハンセオソーム (Enhanceosome)
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タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
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#37 - 2003年1月
血清アルブミン (Serum Albumin)
類似性 (1)
#98 - 2008年2月
低分子干渉RNA (Small Interfering RNA)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Retinoic acid receptor RXR-alpha

B: Retinoic acid receptor RXR-alpha

C: Retinoic acid receptor RXR-alpha

D: Retinoic acid receptor RXR-alpha

ヘテロ分子

110 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.585, 98.830, 110.579
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 99.02, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Retinoic acid receptor RXR-alpha / Nuclear receptor subfamily 2 group B member 1 / Retinoid X receptor alpha 分子量: 27269.514 Da / 分子数: 4 / 断片: ligand binding domain (UNP residues 223-462) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RXRA, NR2B1 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P19793
#2: 化合物	ChemComp-K09 / 5-(2-{(1Z)-5-fluoro-2-methyl-1-[4-(propan-2-yl)benzylidene]-1H-inden-3-yl}ethyl)-1H-tetrazole 分子量: 374.454 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₂₃FN₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 276 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.63 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 20% PEG3330, 0.2M Na Acetate, 100 mM NaCl, 20 mM Tris-Cl, 0.5 mM ligand K-8012, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 200 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月13日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.11→37.242 Å / Num. all: 56915 / Num. obs: 48947 / % possible obs: 86 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 40.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 8.1
反射シェル	解像度: 2.11→2.17 Å / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 50

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 1G1U

1g1u

解像度: 2.11→37 Å / SU ML: 0.29 / σ(F): 0 / 位相誤差: 25.81 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2468	2144	4.94 %	random
R_work	0.1989	-	-	-
obs	0.2012	43378	87.77 %	-
all	-	49423	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.11→37 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6390	0	56	276	6722

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	6662
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.728	9023
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.309	2507
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.028	1023
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1150

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.11-2.225	0.2798	163	0.2559	2703	X-RAY DIFFRACTION	86
2.225-2.2512	0.3311	144	0.2574	2860	X-RAY DIFFRACTION	93
2.2512-2.2786	0.2755	131	0.2574	2846	X-RAY DIFFRACTION	91
2.2786-2.3075	0.3466	143	0.2409	2801	X-RAY DIFFRACTION	88
2.3075-2.3378	0.301	150	0.2465	2855	X-RAY DIFFRACTION	91
2.3378-2.3698	0.3023	146	0.2321	2844	X-RAY DIFFRACTION	92
2.3698-2.4037	0.2662	154	0.2367	2768	X-RAY DIFFRACTION	89
2.4037-2.4396	0.3411	144	0.2432	2766	X-RAY DIFFRACTION	88
2.4396-2.4777	0.3461	143	0.2507	2774	X-RAY DIFFRACTION	88
2.4777-2.5183	0.3185	131	0.2366	2785	X-RAY DIFFRACTION	88
2.5183-2.5617	0.3022	129	0.2407	2429	X-RAY DIFFRACTION	78
2.5617-2.6083	0.2609	129	0.2283	2803	X-RAY DIFFRACTION	89
2.6083-2.6584	0.292	172	0.2181	2872	X-RAY DIFFRACTION	94
2.6584-2.7127	0.3222	136	0.2147	2820	X-RAY DIFFRACTION	89
2.7127-2.7716	0.2486	132	0.2087	2889	X-RAY DIFFRACTION	91
2.7716-2.8361	0.2498	159	0.2049	2848	X-RAY DIFFRACTION	91
2.8361-2.907	0.2753	138	0.2115	2795	X-RAY DIFFRACTION	87
2.907-2.9856	0.2745	159	0.2144	2711	X-RAY DIFFRACTION	89
2.9856-3.0734	0.3129	144	0.2109	2677	X-RAY DIFFRACTION	85
3.0734-3.1725	0.2764	140	0.2293	2507	X-RAY DIFFRACTION	81
3.1725-3.2858	0.2831	152	0.2139	2900	X-RAY DIFFRACTION	92
3.2858-3.4173	0.2422	158	0.2016	2826	X-RAY DIFFRACTION	90
3.4173-3.5727	0.2743	152	0.1919	2731	X-RAY DIFFRACTION	88
3.5727-3.7609	0.2233	153	0.1781	2720	X-RAY DIFFRACTION	88
3.7609-3.9963	0.2342	115	0.1703	2649	X-RAY DIFFRACTION	84
3.9963-4.3044	0.1964	136	0.1619	2488	X-RAY DIFFRACTION	80
4.3044-4.7368	0.1813	145	0.1662	2780	X-RAY DIFFRACTION	88
4.7368-5.4205	0.2298	135	0.1815	2659	X-RAY DIFFRACTION	86
5.4205-6.8224	0.2592	118	0.2169	2573	X-RAY DIFFRACTION	81
6.8224-37.2469	0.1657	137	0.1764	2790	X-RAY DIFFRACTION	89

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.7931	0.5017	4.2497	3.9395	1.4505	6.5078	-0.6798	0.9084	0.8421	-0.5011	0.2573	0.1847	-0.9409	0.1316	0.4	0.4168	-0.0658	-0.0186	0.3328	0.0988	0.355	14.9926	19.0508	28.0474
2	3.0079	0.6029	-0.0765	2.7778	0.2721	2.8714	-0.0617	0.1698	0.2247	0.0925	-0.0197	0.217	-0.0975	-0.2168	0.0995	0.1781	0.0365	-0.031	0.1779	0.0037	0.2183	8.9083	10.8328	39.8699
3	1.3648	0.8404	1.8728	1.2222	0.7376	5.0268	-0.0547	0.1227	0.2026	-0.2626	-0.0779	0.075	-0.1951	-0.379	0.0695	0.2341	0.0648	0.034	0.2653	-0.0216	0.263	4.0488	6.9731	32.539
4	4.1755	-1.6117	-0.9928	5.0793	1.6542	5.1928	0.1003	-0.191	-0.0752	0.1105	0.0058	-0.2609	0.34	0.3703	-0.1427	0.5031	-0.0274	-0.0421	0.2297	0.1051	0.2869	15.0115	-18.5538	51.6964
5	3.7377	-0.9367	-1.4278	2.5816	1.5511	4.4633	-0.0326	0.5588	-0.2479	-0.1546	0.0075	-0.5534	0.6821	0.7143	0.0441	0.4157	0.157	0.0639	0.475	-0.0114	0.3789	27.8573	-10.4761	39.1991
6	3.7484	0.7671	0.6386	3.3621	-0.0973	3.4339	0.122	-0.1365	-0.0792	0.3962	-0.0209	-0.1595	0.3085	0.2728	-0.1025	0.2637	0.0758	-0.0298	0.1628	0.0047	0.2117	17.9166	-1.9662	50.9689
7	2.6392	-0.0579	-0.7174	3.6751	5.7668	9.2003	-0.0551	0.4402	-0.2344	0.6134	0.1335	-0.3447	0.2563	0.5245	0.0269	0.9828	0.432	-0.2312	0.7108	-0.2705	0.86	23.8714	-29.3676	27.9818
8	1.3469	-0.5281	-1.0468	3.0461	1.0457	2.6348	-0.1527	0.8411	-0.0611	-1.5124	-0.0762	0.3832	-1.1041	0.2884	0.2697	1.1897	-0.1369	0.0008	0.9177	0.199	0.7656	5.3033	2.9226	-3.0615
9	1.434	1.5392	0.3955	3.8819	1.1332	2.7889	-0.4148	0.3801	0.176	-0.7763	0.2277	0.1385	-0.3936	-0.1032	0.1971	0.4079	-0.0298	-0.0543	0.4053	0.11	0.3309	-1.6193	3.2374	4.1217
10	3.9224	-0.6682	-0.2131	3.0533	-0.2955	3.7344	-0.0207	0.34	0.3829	-0.42	0.1036	-0.3989	-0.0634	0.7132	-0.0536	0.3652	-0.0554	0.0521	0.4625	-0.0269	0.2729	10.6255	-8.4873	3.7079
11	5.5519	0.4218	-0.1793	2.2085	4.2863	8.5905	0.2157	0.2878	0.1704	-0.5778	-0.5354	-0.0424	-0.6412	-0.1205	0.2358	0.594	-0.0286	-0.0282	0.431	0.1258	0.4187	18.6727	16.0621	19.0677
12	3.2344	0.1279	-1.8702	3.1959	1.5837	7.111	0.0748	0.2079	-0.5441	-0.0556	0.0326	-0.2693	1.2631	0.3491	-0.044	0.6911	0.2067	-0.1644	0.4898	-0.1402	0.4805	16.689	-33.2437	21.903
13	3.5902	2.3464	-2.5048	3.5161	0.4661	3.7499	-0.5185	-0.6879	-0.3368	0.0392	0.256	0.0523	0.6509	0.0048	0.2229	0.6514	0.1791	-0.0801	0.4331	-0.0385	0.3277	1.1079	-27.8994	22.9062
14	0.9361	0.1548	1.0235	0.7488	-0.0274	2.3195	0.0962	0.1663	-0.2986	-0.1206	0.0598	-0.0218	0.2538	0.1464	-0.1526	0.3886	0.0288	-0.0158	0.2787	-0.0663	0.3023	5.0709	-23.8929	17.157

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 263:301)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 302:405)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 406:458)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN B AND RESID 231:302)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN B AND RESID 303:359)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN B AND RESID 360:437)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN B AND RESID 438:458)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN C AND RESID 231:264)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN C AND RESID 265:301)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN C AND RESID 302:437)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(CHAIN C AND RESID 438:458)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(CHAIN D AND RESID 263:301)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(CHAIN D AND RESID 302:333)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(CHAIN D AND RESID 334:458)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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