PDB-4n4d: Structure of ThiT with AV-38 bound

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4n4d

タイトル

Structure of ThiT with AV-38 bound

要素

thiamine binding protein ThiT

キーワード

THIAMINE BINDING PROTEIN/INHIBITOR / S-component / ECF transporter / ABC transporter / transport protein / THIAMINE BINDING PROTEIN-INHIBITOR complex

機能・相同性

Arp2/3 complex 21 kDa subunit ARPC3 - #20 / Arp2/3 complex 21 kDa subunit ARPC3 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Chem-XX8 / :

機能・相同性情報

生物種

Lactococcus lactis (乳酸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Swier, L.J.Y.M. / Guskov, A. / Slotboom, D.J.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural studies on the thiamine binding protein ThiT
著者: Swier, L.J.Y.M. / Gomez, L. / Guskov, A. / Hirsch, A.K.H. / Slotboom, D.J.

履歴

登録	2013年10月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年9月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4n4d.cif.gz	164.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4n4d.ent.gz	132 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4n4d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n4/4n4d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n4/4n4d	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3rlbS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4mes-1 2ff0-d 6gp1-d 5dju-2 3rlb-1 1z4n-2 2jbf-3 2o9d-2 3dit-1 5dju-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: thiamine binding protein ThiT

B: thiamine binding protein ThiT

ヘテロ分子

45.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: thiamine binding protein ThiT

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
23 kDa, 1 ポリマー
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2

B: thiamine binding protein ThiT

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.160, 84.260, 127.250
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.17, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 7分子 AB

#1: タンパク質

thiamine binding protein ThiT

分子量: 19924.027 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 7-182 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Lactococcus lactis (乳酸菌) / 株: NZ9000 / 遺伝子: LLNZ_01755 / 発現宿主:

Lactococcus lactis (乳酸菌) / 株 (発現宿主): NZ9000 / 参照: UniProt: D8KFM5

#3: 糖

ChemComp-BNG / nonyl beta-D-glucopyranoside / Beta-NONYLGLUCOSIDE / nonyl beta-D-glucoside / nonyl D-glucoside / nonyl glucoside / ノニルβ-D-グルコピラノシド

タイプ: D-saccharide / 分子量: 306.395 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₁₅H₃₀O₆ / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 9種, 71分子

#2: 化合物	ChemComp-XX8 / {3-[(4-amino-2-methylpyrimidin-5-yl)methyl]phenyl}methanol / 3-(2-メチル-4-アミノ-5-ピリミジニルメチル)ベンゼンメタノ-ル分子量: 229.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₁₅N₃O
#4: 化合物	ChemComp-PG0 / 2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANOL / PEG 6000 / ジエチレングリコ-ルモノメチルエ-テル分子量: 120.147 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₂O₃ / コメント: 阻害剤, 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#6: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#8: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル分子量: 238.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#9: 化合物	ChemComp-P33 / 3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE-1,20-DIOL / HEPTAETHYLENE GLYCOL / PEG330 / ヘプタエチレングリコ-ル分子量: 326.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₃₀O₈ / コメント: 沈殿剤*YM
#10: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#11: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 71.99 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.15 M ammonium nitrate, 20% PEG3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97625 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月14日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→42.304 Å / Num. all: 25938 / Num. obs: 25926 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 2
反射シェル	最高解像度: 2.4 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MxCuBE		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3RLB

3rlb

解像度: 2.4→42.304 Å / SU ML: 0.39 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.2 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2568	1296	5 %
R_work	0.2044	-	-
obs	0.2071	25926	99.26 %
all	-	25938	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→42.304 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2732	0	360	46	3138

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	3171
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.48	4208
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.972	1276
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.077	466
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	452

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4-2.4961	0.3564	142	0.289	2704	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4961-2.6097	0.3424	144	0.2708	2728	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6097-2.7473	0.3809	144	0.2421	2738	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7473-2.9194	0.2942	144	0.2183	2739	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9194-3.1447	0.2349	143	0.2102	2707	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1447-3.461	0.1961	144	0.1711	2748	X-RAY DIFFRACTION	100
3.461-3.9615	0.2853	143	0.1822	2720	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9615-4.9899	0.2382	145	0.1725	2749	X-RAY DIFFRACTION	99
4.9899-42.3108	0.2247	147	0.2266	2797	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.7869	1.9262	-0.8354	5.2324	-6.5282	9.553	-0.4479	-1.209	-0.6226	0.8506	-0.9204	-1.6362	0.348	0.9923	1.2842	0.5489	0.0401	0.1706	0.6838	0.0637	0.438	32.7223	3.0002	55.3128
2	9.1453	-4.6166	4.1951	9.8248	-6.9597	5.109	-0.0782	-1.1532	0.3132	1.7656	0.573	0.0476	-1.5392	-0.5618	-0.3822	0.8537	0.0152	0.033	0.4083	-0.0734	0.5822	27.541	21.3992	43.1215
3	2.6921	1.0357	-0.1199	6.8761	0.1718	4.3082	-0.2479	-0.3667	-0.2378	1.1468	0.1583	-0.1749	-0.0325	0.0419	0.0652	0.3865	0.0737	-0.0772	0.4115	0.0514	0.3383	26.6685	3.6816	50.9388
4	8.1495	-3.838	-3.3753	8.2222	3.6105	6.8091	-0.0621	-0.4039	0.4959	0.5295	0.0046	-0.2185	-0.4611	-0.2214	0.1238	0.4638	0.0139	0.0225	0.3162	0.0632	0.3677	18.5737	10.6222	50.6132
5	5.9969	-3.8725	0.9033	3.8748	-4.1426	9.1723	0.3053	0.0389	-1.0344	0.2105	-0.4872	1.3756	0.4991	0.3137	0.2777	0.8096	0.0586	0.0367	0.3891	0.0262	0.7294	33.0062	-9.53	38.1109
6	6.7423	-5.9789	-0.9058	9.7373	0.9076	2.7456	0.1819	-0.2693	-0.4842	-0.2116	-0.1855	0.6942	-0.1065	-0.3441	0.0012	0.3006	-0.0467	0.0133	0.3133	0.0194	0.3868	18.7928	8.9257	40.0775
7	6.2667	-3.6074	-1.3677	6.5122	-1.4251	4.0481	0.2329	0.193	0.5903	-0.1183	-0.0201	-0.1396	-0.6438	-0.1543	-0.1996	0.4585	-0.0359	-0.061	0.2652	-0.0325	0.3985	23.6126	16.5352	37.8784
8	9.6212	-1.4631	-6.3705	0.2667	1.0284	4.3032	-0.4742	-1.0751	-1.7293	1.5823	0.2112	-1.5295	1.5182	1.4075	0.2783	0.856	0.1931	-0.2846	0.5061	0.0274	0.7561	39.6116	-3.795	42.3195
9	2.8391	2.2674	1.3592	9.4845	-1.2633	1.3643	-0.7478	-0.7408	-0.9871	1.8786	-0.2133	-1.8485	1.9564	0.808	-0.1365	1.8749	0.9401	0.1597	0.141	0.2936	0.9579	37.5104	-13.3824	49.1755
10	5.7031	-1.3212	2.0026	5.4016	-4.6592	4.6832	-0.6473	1.0822	0.2016	-1.9353	-0.4689	-1.2888	0.2444	0.4345	1.0634	0.5816	-0.0251	0.0833	0.7742	0.0439	0.5725	37.2155	19.8073	7.6101
11	4.3066	3.9367	1.5408	9.6248	-1.8696	2.8993	-0.4299	0.7719	-0.7404	-1.3278	0.0146	-0.7178	1.0915	0.3775	0.3375	0.7358	0.0007	0.1751	0.376	-0.1204	0.5839	31.466	1.5304	20.521
12	0.9198	-1.3591	-0.445	3.8786	-0.7528	4.9525	-0.3695	0.2296	-0.0911	-0.4769	0.2337	-0.6339	-0.004	0.0064	0.1097	0.3264	-0.1426	0.0451	0.4746	0.0349	0.4479	31.1001	19.162	11.9807
13	8.2557	4.431	2.3608	3.7658	3.4091	6.934	-0.0251	0.4029	-0.7916	-0.8379	-0.1078	-1.1282	0.3945	-0.4186	0.1197	0.5987	-0.071	0.0064	0.3454	0.0162	0.4136	22.848	12.3809	12.4235
14	5.2967	5.9505	7.0231	6.6988	7.8593	9.3148	-0.3996	0.2109	0.5294	0.1552	0.1188	1.2434	-0.6156	0.4261	0.3474	0.8214	-0.1218	-0.065	0.4553	0.025	0.6902	37.142	33.8482	23.7656
15	4.6586	4.7889	3.9091	9.0478	1.3195	5.1569	0.0363	-0.1708	-0.0516	-0.1865	-0.1185	-0.4009	-0.3927	-0.151	0.0371	0.279	0.0012	0.023	0.3681	-0.0021	0.4433	23.4579	14.9605	23.0808
16	7.0359	5.0448	-4.3636	4.9866	-5.2109	5.8461	-0.4886	-0.04	-0.4384	-0.4847	-0.0964	-0.3873	0.5501	-0.5052	0.5609	0.7703	-0.1212	-0.0076	0.3199	-0.0077	0.7667	17.2184	-4.2099	23.5587
17	3.6095	1.9607	-1.0891	5.0588	-2.698	5.402	-0.1129	0.0457	-0.3169	0.0973	-0.3942	-1.1231	-0.3143	0.6703	0.4829	0.3856	0.0039	-0.0594	0.3478	0.0391	0.5558	33.9111	14.0687	25.3608
18	6.5159	4.9036	-0.4514	5.9727	-1.0829	0.2696	-1.577	1.419	0.6759	-2.1838	-0.1033	0.2161	-1.4962	0.7617	0.6657	1.7048	-0.7199	-0.3892	0.6012	0.1203	1.1429	42.1711	36.2735	13.5901

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 7 through 26 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 27 through 38 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 39 through 69 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 70 through 98 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 99 through 107 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 108 through 132 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 133 through 172 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 173 through 177 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 178 through 182 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 7 through 26 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 27 through 38 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 39 through 69 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 70 through 98 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 99 through 106 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 107 through 132 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 133 through 142 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 143 through 177 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 178 through 182 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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