PDB-4n2y: Crystal structure of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase fro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4n2y

タイトル

Crystal structure of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from Archaeoglobus fulgidus

要素

Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

キーワード

LYASE / tim barrel

機能・相同性

機能・相同性情報

orotidine-5'-phosphate decarboxylase / orotidine-5'-phosphate decarboxylase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Archaeoglobus fulgidus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.549 Å

データ登録者

Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Desai, B. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from Archaeoglobus fulgidus
著者: Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Desai, B. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C.

履歴

登録	2013年10月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年10月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年11月6日	Group: Database references / Structure summary
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年11月27日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4n2y.cif.gz	322.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4n2y.ent.gz	264.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4n2y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4n2y_validation.pdf.gz	449.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4n2y_full_validation.pdf.gz	453.2 KB	表示
XML形式データ	4n2y_validation.xml.gz	33.6 KB	表示
CIF形式データ	4n2y_validation.cif.gz	49.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n2/4n2y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n2/4n2y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4muzS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3lhv-2 3p60-d 2zz6-d 3m1z-d 3qez-d 3pby-d 2cze-d 2or0-1 4fxr-d 3nqd-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

B: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

C: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

D: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

ヘテロ分子

99.1 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

B: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

D: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

A: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
24.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

B: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

ソフトウェアが定義した集合体
24.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

5

C: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

ソフトウェアが定義した集合体
24.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

6

D: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

ソフトウェアが定義した集合体
24.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	36.563, 116.859, 87.147
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.12, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / OMP decarboxylase / OMPDCase / OMPdecase 分子量: 24742.773 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / 遺伝子: pyrF, AF_0929 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O29333, orotidine-5'-phosphate decarboxylase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 506 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.61 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 20% PG monomethyl ether 2000,0.1M Tris, 0.01M Ni chloride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年9月26日
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.549→36.563 Å / Num. all: 105168 / Num. obs: 105168 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CBASS		データ収集
BALBES		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8_1069)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4MUZ

4muz

解像度: 1.549→36.563 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.9 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2089	3160	3 %
R_work	0.1842	-	-
obs	0.1849	105168	99.3 %
all	-	105168	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.549→36.563 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6175	0	6	506	6687

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	6370
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.037	8566
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.987	2447
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.071	993
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1100

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5492-1.5723	0.3136	133	0.2769	4198	X-RAY DIFFRACTION	94
1.5723-1.5969	0.3139	143	0.2602	4444	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5969-1.623	0.2985	117	0.2454	4435	X-RAY DIFFRACTION	100
1.623-1.651	0.2711	141	0.2337	4492	X-RAY DIFFRACTION	100
1.651-1.6811	0.258	142	0.2259	4420	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6811-1.7134	0.2532	148	0.2099	4393	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7134-1.7484	0.2588	153	0.2236	4540	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7484-1.7864	0.2916	101	0.2264	4375	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7864-1.8279	0.2841	133	0.2133	4544	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8279-1.8736	0.2226	135	0.2065	4374	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8736-1.9243	0.2371	118	0.2048	4524	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9243-1.9809	0.2382	138	0.1929	4385	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9809-2.0449	0.2214	136	0.1855	4429	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0449-2.1179	0.2011	151	0.1809	4449	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1179-2.2027	0.188	124	0.1696	4423	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2027-2.303	0.1776	136	0.1773	4475	X-RAY DIFFRACTION	100
2.303-2.4243	0.1977	140	0.1875	4467	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4243-2.5762	0.2224	150	0.1833	4404	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5762-2.775	0.183	147	0.1858	4477	X-RAY DIFFRACTION	100
2.775-3.0542	0.1936	146	0.1834	4466	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0542-3.4958	0.2261	128	0.1826	4443	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4958-4.4032	0.1863	144	0.1553	4418	X-RAY DIFFRACTION	99
4.4032-36.5731	0.1886	156	0.1713	4433	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.585	0.0044	0.1189	1.4265	0.1285	0.725	0.0006	0.0291	-0.0228	-0.1232	-0.0004	0.0147	0.0319	0.0181	0	0.1161	0.0055	-0.0086	0.1375	-0.0028	0.1244	31.0772	11.7456	75.268
2	0.4674	0.1723	0.2284	1.234	0.789	0.8268	-0.0097	-0.0528	0.0842	-0.0463	-0.0812	0.1556	-0.1293	-0.0403	-0.0013	0.1485	0.0001	-0.0076	0.1449	-0.0104	0.1595	31.8359	35.3844	88.9818
3	0.343	-0.0915	-0.2246	1.1784	0.8031	0.8435	-0.0092	0.0296	-0.0666	0.0498	-0.0718	0.1189	0.1343	-0.0239	-0.0016	0.1357	0.002	0.0062	0.1389	-0.0055	0.1489	13.3369	37.4307	129.0362
4	0.4048	-0.0134	-0.1847	1.1378	-0.1745	0.7845	0.0026	0.0282	0.0276	-0.0986	-0.0042	0.0062	-0.0244	-0.0189	-0	0.1261	0.0067	0.0058	0.151	0.0042	0.1337	22.9827	2.3881	119.0678

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain D

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)