[日本語] English
万見
- PDB-4n1y: Crystal Structure of the Pacific Oyster Estrogen Receptor Ligand ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4n1y
タイトルCrystal Structure of the Pacific Oyster Estrogen Receptor Ligand Binding Domain
要素Estrogen receptor
キーワードTRANSCRIPTION / estrogen / Nuclear Hormone Receptor / Endocrine signaling
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear steroid receptor activity / steroid binding / sequence-specific DNA binding / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors ...Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Crassostrea gigas (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.605 Å
データ登録者Ortlund, E.O.
引用ジャーナル: PLoS Genet / 年: 2014
タイトル: Vestigialization of an allosteric switch: genetic and structural mechanisms for the evolution of constitutive activity in a steroid hormone receptor.
著者: Bridgham, J.T. / Keay, J. / Ortlund, E.A. / Thornton, J.W.
履歴
登録2013年10月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2014年2月12日ID: 3LTX
改定 1.02014年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月16日Group: Other
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Estrogen receptor
B: Estrogen receptor
C: Estrogen receptor
D: Estrogen receptor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,5054
ポリマ－108,5054
非ポリマー00
水93752
1
A: Estrogen receptor
B: Estrogen receptor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,2532
ポリマ－54,2532
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3250 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area18790 Å2
手法PISA
2
C: Estrogen receptor
D: Estrogen receptor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,2532
ポリマ－54,2532
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3250 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area18840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.035, 105.795, 171.503
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
Estrogen receptor


分子量: 27126.266 Da / 分子数: 4 / 断片: unp residues 245-481 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Crassostrea gigas (無脊椎動物) / 遺伝子: CGI_10024100 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: K1QUU5
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 25% PEG 4K, 10% glycerol, 0.1M Tris-HCl, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月8日 / 詳細: Si 111 CHANNEL
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 28364 / Num. obs: 28364 / % possible obs: 90.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Χ2: 1.545 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.6-2.695.20.41619621.493164.1
2.69-2.85.60.39222091.484171.7
2.8-2.9360.35224311.536178.2
2.93-3.086.50.33127201.475187.9
3.08-3.287.20.28830561.5198.1
3.28-3.538.10.21631241.55199.7
3.53-3.888.40.16231411.515199.9
3.88-4.458.50.1231391.623199.9
4.45-5.68.30.132181.4621100
5.6-507.90.09733641.706199.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIXdev_1458精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
SERGUIデータ収集
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.605→46.958 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7961 / SU ML: 0.32 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.51 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2427 1409 4.98 %Random
Rwork0.1702 ---
obs0.1738 28311 89.93 %-
all-28364 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 145.63 Å2 / Biso mean: 54.6555 Å2 / Biso min: 23.75 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.605→46.958 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7166 0 0 52 7218
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0097302
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3019915
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0521175
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061266
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.8932679
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.6046-2.69770.3496940.21111780187461
2.6977-2.80570.2921220.21012101222372
2.8057-2.93340.3081110.20432325243679
2.9334-3.0880.26981410.22112603274488
3.088-3.28150.29921330.20512933306698
3.2815-3.53470.27621560.178129663122100
3.5347-3.89030.21021440.166929893133100
3.8903-4.45290.22261650.146429893154100
4.4529-5.60870.23531790.148930273206100
5.6087-46.96570.2061640.157431893353100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0870.35141.50421.26510.48661.76610.02250.0099-0.0006-0.12450.0794-0.05950.07070.0009-0.07730.37290.00030.02170.36330.02640.282924.3429-11.32468.0188
22.0327-0.4258-0.64032.7642-0.7973.1788-0.04060.09160.45390.13680.25160.223-0.5174-0.2626-0.21110.38410.00340.02280.32580.05480.414322.194614.317211.1814
32.9422-0.36911.12071.7810.22012.77810.08530.5072-0.1081-0.0386-0.0421-0.2317-0.03650.6164-0.05320.2917-0.04160.00530.64690.05850.347426.0765-4.4163-35.4195
40.42880.38860.12191.9756-1.16692.1296-0.0228-0.08220.08470.09260.0520.1078-0.0387-0.1385-0.01320.2530.03660.01610.45060.02090.31240.7988-6.3192-30.9052
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resseq 248:473)A248 - 473
2X-RAY DIFFRACTION2(chain B and resseq 248:474)B248 - 474
3X-RAY DIFFRACTION3(chain C and resseq 249:472)C249 - 472
4X-RAY DIFFRACTION4(chain D and resseq 248:473)D248 - 473

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る