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万見
- PDB-4mzw: CRYSTAL STRUCTURE OF NU-CLASS GLUTATHIONE TRANSFERASE YGHU FROM S... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mzw
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF NU-CLASS GLUTATHIONE TRANSFERASE YGHU FROM Streptococcus sanguinis SK36, COMPLEX WITH GLUTATHIONE DISULFIDE, TARGET EFI-507286
要素Glutathione S-Transferase
キーワードTRANSFERASE / GLUTATHIONE S-TRANSFERASE / ENZYME FUNCTION INITIATIVE / EFI / STRUCTURAL GENOMICS / GLUTATHIONE DISULFIDE
機能・相同性
機能・相同性情報


Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Glutaredoxin ...Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / OXIDIZED GLUTATHIONE DISULFIDE / Conserved uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus sanguinis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Patskovsky, Y. / Toro, R. / Bhosle, R. / Hillerich, B. / Seidel, R.D. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hammonds, J. ...Patskovsky, Y. / Toro, R. / Bhosle, R. / Hillerich, B. / Seidel, R.D. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hammonds, J. / Imker, H.J. / Al Obaidi, N. / Stead, M. / Love, J. / Gerlt, J.A. / Armstrong, R.N. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Glutathione S-Transferase Yghu (Target Efi-507286)
著者: Patskovsky, Y. / Toro, R. / Bhosle, R. / Hillerich, B. / Seidel, R.D. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hammonds, J. / Imker, H.J. / Al Obaidi, N. / Stead, M. / ...著者: Patskovsky, Y. / Toro, R. / Bhosle, R. / Hillerich, B. / Seidel, R.D. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hammonds, J. / Imker, H.J. / Al Obaidi, N. / Stead, M. / Love, J. / Gerlt, J.A. / Armstrong, R.N. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)
履歴
登録2013年9月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutathione S-Transferase
B: Glutathione S-Transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,7085
ポリマ－63,4242
非ポリマー1,2843
水8,503472
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9230 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area19850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.075, 88.075, 163.373
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Glutathione S-Transferase


分子量: 31711.949 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus sanguinis (バクテリア)
株: SK36 / 遺伝子: SSA_1418 / プラスミド: PET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A3CNR0
#2: 化合物 ChemComp-GDS / OXIDIZED GLUTATHIONE DISULFIDE / 酸化型グルタチオン


分子量: 612.631 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H32N6O12S2
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 472 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.04 %
結晶化pH: 7
詳細: 1.1M Malonic Acid, 0.15M Ammonium Citrate Tribasic, 0.072M Succinic Acid, 0.18M DL-Malic Acid, 0.24M Sodium Acetate, 0.3M Sodium Formate, 0.096M Ammonium Tartrate Dibasic, pH 7.0, 5MM GSH, ...詳細: 1.1M Malonic Acid, 0.15M Ammonium Citrate Tribasic, 0.072M Succinic Acid, 0.18M DL-Malic Acid, 0.24M Sodium Acetate, 0.3M Sodium Formate, 0.096M Ammonium Tartrate Dibasic, pH 7.0, 5MM GSH, PROTEIN IN 10MM HEPES, PH 7.5, 150MM SODIUM CHLORIDE, 5% GLYCEROL, CRYOPROTECTANT: NONE, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年9月18日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: ROSENBAUM-ROCK DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 47570 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -5 / 冗長度: 13.2 % / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 13.5 % / Rmerge(I) obs: 0.76 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0049精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3C8E

3c8e


解像度: 1.95→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 3.308 / SU ML: 0.092 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.126 / ESU R Free: 0.123 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19383 1476 3.1 %RANDOM
Rwork0.15154 ---
obs0.15288 45722 99.02 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.471 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.9 Å20 Å20 Å2
2--0.9 Å20 Å2
3----1.79 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4169 0 84 472 4725
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.024377
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024136
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2231.9845935
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.75239550
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4825532
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.85924.869191
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.45615708
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.4361513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2628
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0214981
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021000
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it9.174.9542126
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other9.0144.9462124
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it10.3318.2692652
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other10.3398.2772653
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it12.6135.5962251
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other12.6115.5982252
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other13.8468.9893282
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined13.0522.7625482
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other13.03422.7495481
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.242 118 -
Rwork0.195 3339 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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