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- PDB-4mzq: beta-Alanyl-CoA:Ammonia Lyase from Clostridium propionicum in com... -

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基本情報

登録情報

データベース: PDB / ID: 4mzq

タイトル

beta-Alanyl-CoA:Ammonia Lyase from Clostridium propionicum in complex with propionyl-CoA

要素

beta-Alanyl-CoA:Ammonia Lyase

キーワード

LYASE / hot dog fold

機能・相同性

Hotdog Thioesterase / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / HotDog domain superfamily / lyase activity / Roll / metal ion binding / Alpha Beta / propionyl Coenzyme A / Beta-alanyl-CoA:ammonia lyase 2

機能・相同性情報

生物種

Clostridium propionicum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.587 Å

データ登録者

Heine, A. / Reuter, K.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2014
タイトル: High resolution crystal structure of Clostridium propionicum beta-alanyl-CoA:ammonia lyase, a new member of the "hot dog fold" protein superfamily.
著者: Heine, A. / Herrmann, G. / Selmer, T. / Terwesten, F. / Buckel, W. / Reuter, K.

履歴

登録	2013年9月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年3月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年6月11日	Group: Database references
改定 1.2	2014年9月3日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロードとリンク

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4mzq.cif.gz	707.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4mzq.ent.gz	594.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4mzq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4mzq_validation.pdf.gz	3.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4mzq_full_validation.pdf.gz	3.6 MB	表示
XML形式データ	4mzq_validation.xml.gz	80.8 KB	表示
CIF形式データ	4mzq_validation.cif.gz	115.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mz/4mzq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mz/4mzq	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4mtuSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4mtu-1 1hio-1 2aro-d 3c9k-d 2hio-1 2wr8-1 3dp3-d 2ekn-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1)

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集合体

登録構造単位

A: beta-Alanyl-CoA:Ammonia Lyase

B: beta-Alanyl-CoA:Ammonia Lyase

C: beta-Alanyl-CoA:Ammonia Lyase

D: beta-Alanyl-CoA:Ammonia Lyase

E: beta-Alanyl-CoA:Ammonia Lyase

F: beta-Alanyl-CoA:Ammonia Lyase

G: beta-Alanyl-CoA:Ammonia Lyase

H: beta-Alanyl-CoA:Ammonia Lyase

I: beta-Alanyl-CoA:Ammonia Lyase

J: beta-Alanyl-CoA:Ammonia Lyase

K: beta-Alanyl-CoA:Ammonia Lyase

L: beta-Alanyl-CoA:Ammonia Lyase

ヘテロ分子

202 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

A: beta-Alanyl-CoA:Ammonia Lyase

B: beta-Alanyl-CoA:Ammonia Lyase

C: beta-Alanyl-CoA:Ammonia Lyase

D: beta-Alanyl-CoA:Ammonia Lyase

E: beta-Alanyl-CoA:Ammonia Lyase

F: beta-Alanyl-CoA:Ammonia Lyase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
101 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

G: beta-Alanyl-CoA:Ammonia Lyase

H: beta-Alanyl-CoA:Ammonia Lyase

I: beta-Alanyl-CoA:Ammonia Lyase

J: beta-Alanyl-CoA:Ammonia Lyase

K: beta-Alanyl-CoA:Ammonia Lyase

L: beta-Alanyl-CoA:Ammonia Lyase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
101 kDa, 6 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	66.520, 110.965, 115.370
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 89.98, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

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要素

#1: タンパク質	beta-Alanyl-CoA:Ammonia Lyase 分子量: 16024.199 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Clostridium propionicum (バクテリア) / 参照: UniProt: Q6KC22
#2: 化合物	ChemComp-1VU / propionyl Coenzyme A 分子量: 823.597 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₄₀N₇O₁₇P₃S
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1813 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験情報

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.45 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: 23% PEG 4000, 100 mmol L-1 CHES pH 9.0, 100 mmol L-1 (NH4)2SO4 and 2% (w/v) benzamidineHCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月20日 / 詳細: Silicon, active surface 50 nm Rh-coated mirrors
放射	モノクロメーター: Si-111 double crystal monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.587→50 Å / Num. all: 213356 / Num. obs: 213356 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.8 % / R_sym value: 0.062 / Net I/σ(I): 11.8
反射シェル	解像度: 1.59→1.62 Å / 冗長度: 1.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 10204 / R_sym value: 0.292 / % possible all: 91.4

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345dtb		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.4_1492)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4MTU

4mtu

解像度: 1.587→34.277 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: Free R / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.89 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2133	10691	5.01 %	RANDOM
R_work	0.1791	-	-	-
obs	0.1808	213181	94.54 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.587→34.277 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13174	0	576	1813	15563

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	14291
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.17	19550
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.083	5095
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	2101
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2465

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.587-1.6049	0.2694	312	0.2274	6122	X-RAY DIFFRACTION	87
1.6049-1.6237	0.2595	318	0.2124	6735	X-RAY DIFFRACTION	94
1.6237-1.6435	0.23	370	0.2027	6652	X-RAY DIFFRACTION	95
1.6435-1.6643	0.2278	374	0.2021	6750	X-RAY DIFFRACTION	94
1.6643-1.6862	0.2412	318	0.2016	6737	X-RAY DIFFRACTION	95
1.6862-1.7093	0.23	353	0.2016	6746	X-RAY DIFFRACTION	95
1.7093-1.7338	0.2411	361	0.1905	6810	X-RAY DIFFRACTION	95
1.7338-1.7596	0.2518	353	0.1985	6806	X-RAY DIFFRACTION	96
1.7596-1.7871	0.2341	357	0.1946	6843	X-RAY DIFFRACTION	96
1.7871-1.8164	0.2234	341	0.1862	6895	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8164-1.8478	0.2273	391	0.1826	6887	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8478-1.8814	0.2222	356	0.1766	6807	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8814-1.9175	0.2282	382	0.179	6792	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9175-1.9567	0.2423	373	0.1792	6898	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9567-1.9992	0.196	388	0.1659	6769	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9992-2.0457	0.1884	380	0.1622	6881	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0457-2.0969	0.2171	379	0.1809	6833	X-RAY DIFFRACTION	95
2.0969-2.1536	0.1975	378	0.1638	6846	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1536-2.2169	0.2037	338	0.1589	6901	X-RAY DIFFRACTION	96
2.2169-2.2885	0.2113	374	0.1717	6820	X-RAY DIFFRACTION	96
2.2885-2.3702	0.221	371	0.1719	6826	X-RAY DIFFRACTION	96
2.3702-2.4651	0.2	345	0.1675	6859	X-RAY DIFFRACTION	96
2.4651-2.5773	0.2079	363	0.177	6797	X-RAY DIFFRACTION	95
2.5773-2.7131	0.2165	340	0.1784	6779	X-RAY DIFFRACTION	95
2.7131-2.883	0.2199	340	0.1774	6808	X-RAY DIFFRACTION	95
2.883-3.1054	0.2236	369	0.1807	6692	X-RAY DIFFRACTION	94
3.1054-3.4177	0.2105	346	0.1784	6694	X-RAY DIFFRACTION	93
3.4177-3.9117	0.18	332	0.1716	6672	X-RAY DIFFRACTION	92
3.9117-4.9259	0.19	366	0.1649	6499	X-RAY DIFFRACTION	91
4.9259-34.2845	0.2215	323	0.2042	6334	X-RAY DIFFRACTION	87

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.4261	-6.1772	4.6539	4.8403	-4.3415	5.437	0.2675	0.2509	0.0589	-0.4637	-0.1048	0.1553	0.0843	-0.127	-0.1474	0.173	0.0084	-0.0187	0.1286	0.0153	0.1214	-11.0192	30.5323	-78.3703
2	0.5765	-0.6688	0.3102	3.3258	-1.166	0.938	-0.0476	0.0125	-0.0084	0.0088	0.0128	-0.0115	0.0018	-0.0791	0.0343	0.0757	0.006	0.0024	0.1099	-0.0093	0.0815	-11.2127	27.683	-66.7949
3	1.9187	2.266	-1.4243	4.5486	-1.4773	1.0389	0.0382	-0.0308	0.1689	-0.2696	-0.0972	0.2269	0.0642	0.0044	0.0561	0.0961	0.0176	-0.0287	0.1318	0.0098	0.0868	-19.5711	38.5853	-67.592
4	7.0446	-3.9663	-1.1186	3.609	0.6007	1.6978	0.0014	0.3063	-0.2101	-0.1758	-0.0514	0.2789	0.0665	-0.1027	0.0488	0.0982	-0.0264	-0.0156	0.0806	0.0206	0.0867	-16.3066	18.1662	-67.9989
5	4.9839	-5.6511	2.6381	6.7963	-2.905	1.7934	0.1409	0.2857	-0.1641	-0.3084	-0.1017	0.2323	0.1731	-0.0592	-0.0528	0.1532	0.0241	-0.0059	0.1197	-0.001	0.0883	-12.833	26.603	-76.2184
6	5.3147	0.7321	1.111	5.4543	6.7921	8.7408	0.131	0.3451	0.1998	-0.6079	-0.3831	0.4764	-0.2985	-0.2051	0.2652	0.1542	0.0383	-0.0137	0.1383	0.0114	0.1211	-25.3798	44.2229	-75.5402
7	2.7965	-4.4734	0.0773	7.247	-0.3927	0.0651	0.1162	0.0908	-0.1749	-0.1749	-0.1575	0.2583	-0.0054	-0.0184	0.0492	0.1084	0.0108	-0.0284	0.1065	-0.0049	0.0806	-15.7963	25.5937	-74.7777
8	5.9636	0.8148	-4.5872	5.6873	-2.3418	5.5424	-0.1944	-0.2308	-0.1313	-0.2165	-0.019	-0.0854	0.3028	0.1465	0.1503	0.1371	0.0098	0.008	0.0969	-0.0035	0.0803	-1.1436	5.2511	-66.92
9	2.1156	-1.2296	0.3145	1.4295	-0.0786	0.0986	0.1966	0.1631	-0.2466	-0.2025	-0.2482	0.2311	-0.0242	-0.0876	0.0466	0.1065	0.0175	0.0043	0.099	-0.0007	0.0575	-15.7701	22.3863	-74.8937
10	3.133	-0.4984	-1.0408	2.7451	0.0325	1.5963	-0.0404	0.2212	0.1055	-0.1473	-0.0699	0.2104	0.0412	-0.1152	0.1032	0.1545	0.0156	-0.0305	0.1477	0.04	0.1423	-17.1473	47.9686	-78.4966
11	8.5456	7.4943	-0.9511	9.0248	-2.3989	2.1405	-0.2138	0.0532	-0.3062	-0.1746	0.0825	-0.5806	-0.1087	0.0523	0.148	0.1112	0.0217	0.011	0.0978	-0.0345	0.115	21.9663	29.1394	-53.0896
12	0.891	0.8981	0.001	0.9555	-0.0459	0.4893	0.0176	0.0512	0.0762	0.0738	0.0411	0.0169	0.0234	-0.0327	-0.0615	0.0995	0.0194	0.0038	0.1168	0.0005	0.1082	12.014	26.9069	-59.1856
13	0.3158	0.2264	0.37	1.7034	1.2432	1.1404	0.003	0.0053	-0.0208	-0.0421	-0.0207	-0.1288	-0.0021	0.0607	0.0401	0.0939	0.0052	0.021	0.1054	0.0218	0.15	17.4816	37.7228	-65.7974
14	1.9912	1.9861	-2.764	4.5003	-3.937	4.9248	-0.0565	-0.09	-0.034	-0.041	-0.072	-0.211	0.2103	0.2931	0.1599	0.0673	0.0147	-0.0245	0.1301	-0.0269	0.1095	15.4133	17.5703	-63.4982
15	3.5176	3.7441	-1.6243	5.8326	-2.687	1.2847	-0.136	-0.1455	0.0035	-0.1877	-0.0287	-0.2318	0.1501	0.05	0.1722	0.1023	0.0281	0.0068	0.1276	-0.0193	0.1207	20.8616	25.2615	-55.8592
16	6.8095	-4.8587	3.6482	6.6118	-2.5668	3.6417	0.1315	0.4388	-0.1884	-0.4253	-0.3083	-0.37	0.3498	0.3197	0.1847	0.1971	0.0048	0.0865	0.1238	-0.026	0.177	28.0985	41.5695	-66.6058
17	0.3059	1.3162	-0.7479	5.4089	-2.3626	1.8416	-0.0171	-0.0656	0.0057	-0.1385	-0.1028	-0.3117	0.1091	0.1624	0.1468	0.0642	0.0257	-0.0122	0.1065	-0.0173	0.1242	21.0728	24.3199	-59.1158
18	4.7365	-1.5158	-5.8283	2.2011	2.0208	7.5587	0.0197	1.091	-0.8329	-0.1792	-0.3693	0.7566	0.4297	-1.2784	0.375	0.2647	0.0052	-0.0208	0.3184	-0.0876	0.2544	5.8096	4.7066	-50.6938
19	0.375	0.1041	-0.518	3.5756	-0.825	0.8466	-0.0706	-0.0778	-0.016	0.0414	-0.1003	-0.4573	0.0399	0.1204	0.207	0.0534	-0.0031	-0.0277	0.1105	0.0111	0.1336	21.0849	21.2025	-59.0318
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96	X-RAY DIFFRACTION	96	chain 'I' and (resseq 135:143)
97	X-RAY DIFFRACTION	97	chain 'J' and (resseq 1:11)
98	X-RAY DIFFRACTION	98	chain 'J' and (resseq 12:45)
99	X-RAY DIFFRACTION	99	chain 'J' and (resseq 46:55)
100	X-RAY DIFFRACTION	100	chain 'J' and (resseq 56:67)
101	X-RAY DIFFRACTION	101	chain 'J' and (resseq 68:75)
102	X-RAY DIFFRACTION	102	chain 'J' and (resseq 76:81)
103	X-RAY DIFFRACTION	103	chain 'J' and (resseq 82:95)
104	X-RAY DIFFRACTION	104	chain 'J' and (resseq 96:105)
105	X-RAY DIFFRACTION	105	chain 'J' and (resseq 106:123)
106	X-RAY DIFFRACTION	106	chain 'J' and (resseq 124:134)
107	X-RAY DIFFRACTION	107	chain 'J' and (resseq 135:143)
108	X-RAY DIFFRACTION	108	chain 'K' and (resseq 1:11)
109	X-RAY DIFFRACTION	109	chain 'K' and (resseq 12:25)
110	X-RAY DIFFRACTION	110	chain 'K' and (resseq 26:45)
111	X-RAY DIFFRACTION	111	chain 'K' and (resseq 46:55)
112	X-RAY DIFFRACTION	112	chain 'K' and (resseq 56:75)
113	X-RAY DIFFRACTION	113	chain 'K' and (resseq 76:81)
114	X-RAY DIFFRACTION	114	chain 'K' and (resseq 82:95)
115	X-RAY DIFFRACTION	115	chain 'K' and (resseq 96:105)
116	X-RAY DIFFRACTION	116	chain 'K' and (resseq 106:112)
117	X-RAY DIFFRACTION	117	chain 'K' and (resseq 113:134)
118	X-RAY DIFFRACTION	118	chain 'K' and (resseq 135:143)
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120	X-RAY DIFFRACTION	120	chain 'L' and (resseq 12:25)
121	X-RAY DIFFRACTION	121	chain 'L' and (resseq 26:45)
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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