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Yorodumi- PDB-4mzq: beta-Alanyl-CoA:Ammonia Lyase from Clostridium propionicum in com... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4mzq | ||||||
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Title | beta-Alanyl-CoA:Ammonia Lyase from Clostridium propionicum in complex with propionyl-CoA | ||||||
Components | beta-Alanyl-CoA:Ammonia Lyase | ||||||
Keywords | LYASE / hot dog fold | ||||||
Function / homology | Hotdog Thioesterase / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / HotDog domain superfamily / lyase activity / Roll / metal ion binding / Alpha Beta / propionyl Coenzyme A / Beta-alanyl-CoA:ammonia lyase 2 Function and homology information | ||||||
Biological species | Clostridium propionicum (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.587 Å | ||||||
Authors | Heine, A. / Reuter, K. | ||||||
Citation | Journal: Proteins / Year: 2014 Title: High resolution crystal structure of Clostridium propionicum beta-alanyl-CoA:ammonia lyase, a new member of the "hot dog fold" protein superfamily. Authors: Heine, A. / Herrmann, G. / Selmer, T. / Terwesten, F. / Buckel, W. / Reuter, K. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4mzq.cif.gz | 707.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4mzq.ent.gz | 594.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4mzq.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4mzq_validation.pdf.gz | 3.6 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4mzq_full_validation.pdf.gz | 3.6 MB | Display | |
Data in XML | 4mzq_validation.xml.gz | 80.8 KB | Display | |
Data in CIF | 4mzq_validation.cif.gz | 115.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mz/4mzq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mz/4mzq | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4mtuSC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 16024.199 Da / Num. of mol.: 12 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Clostridium propionicum (bacteria) / References: UniProt: Q6KC22 #2: Chemical | ChemComp-1VU / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.21 Å3/Da / Density % sol: 44.45 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 9 Details: 23% PEG 4000, 100 mmol L-1 CHES pH 9.0, 100 mmol L-1 (NH4)2SO4 and 2% (w/v) benzamidineHCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: BESSY / Beamline: 14.2 / Wavelength: 0.91841 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Oct 20, 2010 / Details: Silicon, active surface 50 nm Rh-coated mirrors |
Radiation | Monochromator: Si-111 double crystal monochromator / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.91841 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.587→50 Å / Num. all: 213356 / Num. obs: 213356 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 1.8 % / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 11.8 |
Reflection shell | Resolution: 1.59→1.62 Å / Redundancy: 1.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 10204 / Rsym value: 0.292 / % possible all: 91.4 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 4MTU Resolution: 1.587→34.277 Å / SU ML: 0.16 / Cross valid method: Free R / σ(F): 1.34 / Phase error: 23.89 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.7 Å / VDW probe radii: 1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.587→34.277 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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