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万見
- PDB-4myh: Structure of the Glutathione bound mitochondrial ABC transporter, Atm1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4myh
タイトルStructure of the Glutathione bound mitochondrial ABC transporter, Atm1
要素Iron-sulfur clusters transporter ATM1, mitochondrial
キーワードTRANSPORT PROTEIN / ABC transporter / Membrane transport / Mitochondrial inner membrane / GLUTATHIONE
機能・相同性
機能・相同性情報


iron-sulfur cluster transmembrane transport / Mitochondrial ABC transporters / iron-sulfur cluster export from the mitochondrion / mitochondrial transmembrane transport / トランスロカーゼ / iron-sulfur cluster assembly / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / ABC-type transporter activity / transmembrane transport / intracellular iron ion homeostasis ...iron-sulfur cluster transmembrane transport / Mitochondrial ABC transporters / iron-sulfur cluster export from the mitochondrion / mitochondrial transmembrane transport / トランスロカーゼ / iron-sulfur cluster assembly / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / ABC-type transporter activity / transmembrane transport / intracellular iron ion homeostasis / mitochondrial inner membrane / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / ATP binding
類似検索 - 分子機能
ABC transporter transmembrane region fold / ABC transporter type 1, transmembrane domain / Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter ...ABC transporter transmembrane region fold / ABC transporter type 1, transmembrane domain / Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Up-down Bundle / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GLUTATHIONE / Iron-sulfur clusters transporter ATM1, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.38 Å
データ登録者Srinivasan, V.
引用ジャーナル: Science / 年: 2014
タイトル: Crystal structures of nucleotide-free and glutathione-bound mitochondrial ABC transporter Atm1.
著者: Srinivasan, V. / Pierik, A.J. / Lill, R.
履歴
登録2013年9月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Iron-sulfur clusters transporter ATM1, mitochondrial
C: Iron-sulfur clusters transporter ATM1, mitochondrial
B: Iron-sulfur clusters transporter ATM1, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)201,9454
ポリマ－201,6383
非ポリマー3071
水00
1
A: Iron-sulfur clusters transporter ATM1, mitochondrial
B: Iron-sulfur clusters transporter ATM1, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,7323
ポリマ－134,4252
非ポリマー3071
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14030 Å2
ΔGint-115 kcal/mol
Surface area54890 Å2
手法PISA
2
C: Iron-sulfur clusters transporter ATM1, mitochondrial

C: Iron-sulfur clusters transporter ATM1, mitochondrial


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,4252
ポリマ－134,4252
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
Buried area13700 Å2
ΔGint-109 kcal/mol
Surface area53980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)157.686, 157.686, 523.290
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

-
要素

#1: タンパク質 Iron-sulfur clusters transporter ATM1, mitochondrial


分子量: 67212.547 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP RESIDUES 98-690 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: ATM1, MDY, YMR301C, YM9952.03C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40416, EC: 3.6.3.44
#2: 化合物 ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン


分子量: 307.323 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N3O6S

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.59 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 35% (w/v) PEE (pentaerythritol ethoxylate), 100mM MES, pH 6.5, 200mM ammonium sulphate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年8月15日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.38→58.993 Å / Num. obs: 54949 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 3.38→3.4387 Å / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHELXCD位相決定
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.38→58.993 Å / SU ML: 0.37 / σ(F): 0 / 位相誤差: 28.6 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2899 2782 5.08 %
Rwork0.2473 --
obs0.2496 54808 99.7 %
all-54807 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.38→58.993 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14028 0 20 0 14048
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01114308
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.33419377
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.4215231
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0742262
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0072458
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.38-3.43870.36431310.32732468X-RAY DIFFRACTION96
3.4387-3.50130.35121330.31562569X-RAY DIFFRACTION100
3.5013-3.56860.33911270.30532538X-RAY DIFFRACTION100
3.5686-3.64140.28371340.28822562X-RAY DIFFRACTION100
3.6414-3.72060.3271300.28352539X-RAY DIFFRACTION100
3.7206-3.80710.34041490.27772558X-RAY DIFFRACTION100
3.8071-3.90230.30691390.26662579X-RAY DIFFRACTION100
3.9023-4.00780.31471510.26612534X-RAY DIFFRACTION100
4.0078-4.12570.26321290.25462575X-RAY DIFFRACTION100
4.1257-4.25880.31741500.23792577X-RAY DIFFRACTION100
4.2588-4.4110.25381200.222589X-RAY DIFFRACTION100
4.411-4.58760.24851320.21412583X-RAY DIFFRACTION100
4.5876-4.79630.25621310.2072623X-RAY DIFFRACTION100
4.7963-5.0490.2551460.20752583X-RAY DIFFRACTION100
5.049-5.36510.23321590.21732593X-RAY DIFFRACTION100
5.3651-5.77910.28451360.23482632X-RAY DIFFRACTION100
5.7791-6.360.32331350.25152650X-RAY DIFFRACTION100
6.36-7.27890.25861410.25272671X-RAY DIFFRACTION100
7.2789-9.16510.24441430.1942726X-RAY DIFFRACTION100
9.1651-59.00190.33091660.26922877X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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