PDB-4myc: Structure of the mitochondrial ABC transporter, Atm1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4myc

タイトル

Structure of the mitochondrial ABC transporter, Atm1

要素

Iron-sulfur clusters transporter ATM1, mitochondrial

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / ABC transporter / Membrane transport / Mitochondrial inner membrane

機能・相同性

機能・相同性情報

iron-sulfur cluster transmembrane transport / Mitochondrial ABC transporters / iron-sulfur cluster export from the mitochondrion / mitochondrial transmembrane transport / トランスロカーゼ / iron-sulfur cluster assembly / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / ABC-type transporter activity / transmembrane transport / intracellular iron ion homeostasis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 3.06 Å

データ登録者

Srinivasan, V.

引用

ジャーナル: Science / 年: 2014
タイトル: Crystal structures of nucleotide-free and glutathione-bound mitochondrial ABC transporter Atm1.
著者: Srinivasan, V. / Pierik, A.J. / Lill, R.

履歴

登録	2013年9月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年3月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4myc.cif.gz	343.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4myc.ent.gz	282.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4myc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4myc_validation.pdf.gz	456.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4myc_full_validation.pdf.gz	495.3 KB	表示
XML形式データ	4myc_validation.xml.gz	61.2 KB	表示
CIF形式データ	4myc_validation.cif.gz	82.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/my/4myc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/my/4myc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4myhC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4myh-1 4myh-2 3g60-1 4m2s-1 5oki-2 5kpi-2 6h4y-d 4m2t-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#123 - 2010年3月 P-糖タンパク質 (P-glycoprotein) 類似性 (10) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (10)

登録構造単位

A: Iron-sulfur clusters transporter ATM1, mitochondrial

C: Iron-sulfur clusters transporter ATM1, mitochondrial

B: Iron-sulfur clusters transporter ATM1, mitochondrial

202 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Iron-sulfur clusters transporter ATM1, mitochondrial

B: Iron-sulfur clusters transporter ATM1, mitochondrial

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
134 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Iron-sulfur clusters transporter ATM1, mitochondrial

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
134 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	156.618, 156.618, 520.562
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

#1: タンパク質	Iron-sulfur clusters transporter ATM1, mitochondrial 分子量: 67212.547 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP RESIDUES 98-690 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: ATM1, MDY, YMR301C, YM9952.03C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40416, EC: 3.6.3.44

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 73.09 %
結晶化	温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 35% (w/v) PEE (pentaerythritol ethoxylate), 100mM MES, pH 6.5, 200mM ammonium sulphate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年8月15日
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.06→48.6 Å / Num. obs: 76568 / % possible obs: 99.98 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SHELXCD		位相決定
PHENIX		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.8_1069)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 3.06→48.6 Å / SU ML: 0.53 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 32.71 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2979	6725	4.99 %
R_work	0.2506	-	-
obs	0.253	76568	99.98 %
all	-	134695	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.06→48.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14028	0	0	0	14028

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	14289
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.354	19353
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.316	5211
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.076	2262
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	2454

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.06-3.0948	0.4199	226	0.3909	4260	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0948-3.1312	0.3675	225	0.3727	4286	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1312-3.1693	0.4084	220	0.366	4226	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1693-3.2095	0.389	221	0.3593	4281	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2095-3.2517	0.3839	226	0.3479	4287	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2517-3.2962	0.364	226	0.3381	4267	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2962-3.3433	0.3842	226	0.3335	4274	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3433-3.3932	0.4144	228	0.3313	4272	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3932-3.4462	0.3378	223	0.3236	4225	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4462-3.5027	0.3285	224	0.3052	4273	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5027-3.5631	0.3808	228	0.2923	4283	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5631-3.6278	0.3238	225	0.2898	4243	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6278-3.6976	0.3254	221	0.2719	4252	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6976-3.773	0.3306	224	0.2737	4279	X-RAY DIFFRACTION	100
3.773-3.855	0.287	225	0.2562	4251	X-RAY DIFFRACTION	100
3.855-3.9447	0.29	222	0.2501	4293	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9447-4.0433	0.315	227	0.2359	4250	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0433-4.1525	0.2694	222	0.2306	4259	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1525-4.2747	0.291	220	0.2233	4273	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2747-4.4125	0.2719	212	0.2167	4293	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4125-4.5701	0.2606	223	0.2167	4257	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5701-4.753	0.2889	223	0.2083	4283	X-RAY DIFFRACTION	100
4.753-4.9691	0.2304	228	0.208	4228	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9691-5.2308	0.2873	225	0.2112	4324	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2308-5.5581	0.2866	224	0.2178	4221	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5581-5.9865	0.3224	218	0.2427	4291	X-RAY DIFFRACTION	100
5.9865-6.5876	0.2677	226	0.2195	4252	X-RAY DIFFRACTION	100
6.5876-7.5378	0.2005	227	0.1995	4277	X-RAY DIFFRACTION	100
7.5378-9.4853	0.1823	232	0.1653	4241	X-RAY DIFFRACTION	100
9.4853-48.6059	0.3362	228	0.2736	4269	X-RAY DIFFRACTION	100

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)