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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4myc | ||||||
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タイトル | Structure of the mitochondrial ABC transporter, Atm1 | ||||||
要素 | Iron-sulfur clusters transporter ATM1, mitochondrial | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / ABC transporter / Membrane transport / Mitochondrial inner membrane | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 iron-sulfur cluster transmembrane transport / Mitochondrial ABC transporters / iron-sulfur cluster export from the mitochondrion / mitochondrial transmembrane transport / トランスロカーゼ / iron-sulfur cluster assembly / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / ABC-type transporter activity / transmembrane transport / intracellular iron ion homeostasis ...iron-sulfur cluster transmembrane transport / Mitochondrial ABC transporters / iron-sulfur cluster export from the mitochondrion / mitochondrial transmembrane transport / トランスロカーゼ / iron-sulfur cluster assembly / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / ABC-type transporter activity / transmembrane transport / intracellular iron ion homeostasis / mitochondrial inner membrane / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.06 Å | ||||||
データ登録者 | Srinivasan, V. | ||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2014 タイトル: Crystal structures of nucleotide-free and glutathione-bound mitochondrial ABC transporter Atm1. 著者: Srinivasan, V. / Pierik, A.J. / Lill, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4myc.cif.gz | 343.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4myc.ent.gz | 282.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4myc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4myc_validation.pdf.gz | 456.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4myc_full_validation.pdf.gz | 495.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4myc_validation.xml.gz | 61.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4myc_validation.cif.gz | 82.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/my/4myc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/my/4myc | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 67212.547 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP RESIDUES 98-690 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: ATM1, MDY, YMR301C, YM9952.03C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40416, xenobiotic-transporting ATPase |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.09 % |
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結晶化 | 温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 35% (w/v) PEE (pentaerythritol ethoxylate), 100mM MES, pH 6.5, 200mM ammonium sulphate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年8月15日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.06→48.6 Å / Num. obs: 76568 / % possible obs: 99.98 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.06→48.6 Å / SU ML: 0.53 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 32.71 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.06→48.6 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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