PDB-4mve: Crystal structure of Tcur_1030 protein from Thermomonospora curvata

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4mve

タイトル

Crystal structure of Tcur_1030 protein from Thermomonospora curvata

要素

Uncharacterized protein

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

GXWXG domain / Domain of unknown function DUF4334 / GXWXG domain / GXWXG protein / Domain of unknown function (DUF4334) / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Thermomonospora curvata (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.11 Å

データ登録者

Michalska, K. / Li, H. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Tcur_1030 protein from Thermomonospora curvata
著者: Michalska, K. / Li, H. / Endres, M. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2013年9月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年10月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年10月9日	Group: Source and taxonomy

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4mve.cif.gz	128.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4mve.ent.gz	107.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4mve.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4mve_validation.pdf.gz	417.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4mve_full_validation.pdf.gz	417.6 KB	表示
XML形式データ	4mve_validation.xml.gz	12.9 KB	表示
CIF形式データ	4mve_validation.cif.gz	17.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mv/4mve ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mv/4mve	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6o0o-1 1ezk-d 5t9w-d 5kv4-d 6u5e-d 5kv5-d 3czx-5 6wn9-2 3evq-d 1syd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-APC111270

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Uncharacterized protein

B: Uncharacterized protein

34.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Uncharacterized protein

ソフトウェアが定義した集合体
17.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Uncharacterized protein

ソフトウェアが定義した集合体
17.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.803, 66.803, 127.368
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-207- HOH

詳細

THE AUTHOR STATES THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS PROTEIN IS UNKNOWN.

#1: タンパク質	Uncharacterized protein 分子量: 17431.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermomonospora curvata (バクテリア) 株: DSM 43183 / 遺伝子: Tcur_1030 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 株 (発現宿主): BL21(DE3) Gold carrying modified pGro7 plasmid 参照: UniProt: D1A7M7
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.73 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M HEPES/NaOH, 20%(w/v) PEG 4000 10%(w/v) 2-propanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月28日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→30 Å / Num. all: 19671 / Num. obs: 19664 / % possible obs: 99.96 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.6 % / B_iso Wilson estimate: 36.54 Å² / R_merge(I) obs: 0.138 / Net I/σ(I): 12.6
反射シェル	解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.764 / Mean I/σ(I) obs: 2.13 / Num. unique all: 978 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
SHELX		モデル構築
MLPHARE		位相決定
直接法		モデル構築
ARP/wARP		モデル構築
Coot		モデル構築
BUSTER	2.10.0	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
SHELX		位相決定
直接法		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.11→29.58 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9527 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9424 / SU R Cruickshank DPI: 0.185 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2055	1004	5.13 %	RANDOM
R_work	0.1756	-	-	-
all	0.1771	19579	-	-
obs	0.1771	19579	99.97 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.77 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.401 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.401 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.8021 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.257 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.11→29.58 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2351	0	0	97	2448

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.012	2397	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.03	3234	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		1128	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		59	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		356	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		2397	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.78
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	2.84
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		296	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		2741	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.11→2.22 Å / Total num. of bins used: 10

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2258	127	4.47 %
R_work	0.1929	2712	-
all	0.1944	2839	-
obs	-	2839	99.97 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.6431	0.2395	2.214	2.7729	-0.9466	4.2861	-0.2332	-0.4696	0.3836	0.3846	-0.0591	0.0394	-0.3553	-0.4731	0.2924	-0.0121	0.0091	-0.099	-0.1142	-0.0638	-0.0131	-8.0238	21.1762	28.5686
2	-0.1621	-0.6307	2.3405	2.6782	-1.52	0.0907	-0.0582	0.0566	-0.0465	0.1627	-0.1342	0.107	0.111	0.0382	0.1923	0.053	-0.0047	-0.0384	-0.0684	0.0174	0.0857	-1.8685	10.1133	27.2875
3	2.3515	-0.1037	0.5799	4.9507	0.9707	4.7357	-0.1603	0.1564	0.0508	0.0055	0.1961	-0.2648	0.2096	0.3637	-0.0358	-0.1236	-0.0432	-0.0123	-0.0179	0.0134	0.0147	2.1674	11.9385	17.419
4	3.7698	-0.3601	1.0314	1.9755	-0.7501	3.2281	-0.0987	0.1309	0.0829	-0.0394	-0.042	-0.3031	0.0741	0.3545	0.1406	-0.0547	-0.0278	-0.029	-0.0534	0.0148	-0.0347	-2.5335	11.7284	13.499
5	2.4817	-1.3362	2.0719	-0.4075	1.9129	5.88	-0.0154	-0.0623	0.1933	0.1926	-0.0915	-0.2163	0.0292	-0.0635	0.1068	-0.0164	-0.0221	-0.0715	-0.1076	0.0021	-0.0057	-7.0923	16.5779	22.4026
6	3.8277	0.2937	-0.9027	4.8428	0.2067	3.0417	0.0072	0.4358	0.2621	-0.5663	-0.0172	0.4813	-0.4477	-0.2181	0.01	0.0249	0.038	-0.1088	-0.0793	0.0094	-0.0604	-27.6613	19.6178	-6.4567
7	0.1625	-0.1846	2.7362	4.404	0.3404	0.1424	0.0435	0.447	0.0432	-0.5474	-0.0063	-0.1277	0.2086	0.0207	-0.0371	0.0457	-0.0225	0.0093	-0.0107	-0.0453	-0.0783	-22.642	5.9493	-6.8427
8	3.717	1.4618	2.5963	3.9096	-0.1972	0.9271	0.0094	-0.1846	-0.0363	0.1661	0.089	0.1548	0.0526	0.0643	-0.0984	-0.0405	-0.0129	0.0246	-0.0535	-0.0138	-0.0308	-25.1803	3.4341	6.2214
9	1.1577	1.796	1.4382	2.9537	1.6146	1.2515	-0.1349	0.0962	-0.2383	0.0932	0.0623	-0.0992	0.1489	0.0253	0.0726	-0.0174	-0.024	0.0335	-0.0059	-0.0361	0.0582	-21.5883	-1.4854	2.2205
10	1.389	-0.7349	1.2922	2.2398	0.1639	2.4811	-0.0337	0.1015	0.0568	-0.1481	-0.0227	0.0831	-0.0486	0.0507	0.0565	-0.0162	-0.0114	-0.0053	-0.0464	-0.0063	-0.0278	-21.3046	13.3354	0.681

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|1 - A\|40 }	A	1 - 40
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ A\|41 - A\|54 }	A	41 - 54
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ A\|55 - A\|69 }	A	55 - 69
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ A\|70 - A\|114 }	A	70 - 114
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ A\|115 - A\|148 }	A	115 - 148
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{ B\|1 - B\|36 }	B	1 - 36
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{ B\|37 - B\|60 }	B	37 - 60
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{ B\|61 - B\|72 }	B	61 - 72
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{ B\|73 - B\|97 }	B	73 - 97
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{ B\|98 - B\|148 }	B	98 - 148

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