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万見
- PDB-4mtu: beta-Alanyl-CoA:Ammonia Lyase from Clostridium propionicum -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mtu
タイトルbeta-Alanyl-CoA:Ammonia Lyase from Clostridium propionicum
要素Beta-alanyl-CoA:ammonia lyase 2
キーワードLYASE / hot dog fold
機能・相同性Hotdog Thioesterase / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / HotDog domain superfamily / lyase activity / Roll / metal ion binding / Alpha Beta / Beta-alanyl-CoA:ammonia lyase 2
機能・相同性情報
生物種Clostridium propionicum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 0.97 Å
データ登録者Heine, A. / Reuter, K.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2014
タイトル: High resolution crystal structure of Clostridium propionicum beta-alanyl-CoA:ammonia lyase, a new member of the "hot dog fold" protein superfamily.
著者: Heine, A. / Herrmann, G. / Selmer, T. / Terwesten, F. / Buckel, W. / Reuter, K.
履歴
登録2013年9月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年6月11日Group: Database references
改定 1.22014年9月3日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-alanyl-CoA:ammonia lyase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1863
ポリマ－16,0241
非ポリマー1612
水2,666148
1
A: Beta-alanyl-CoA:ammonia lyase 2
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,11418
ポリマ－96,1456
非ポリマー96912
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+1/21
crystal symmetry operation11_555-x+y,y,-z+1/21
crystal symmetry operation12_565x,x-y+1,-z+1/21
Buried area18240 Å2
ΔGint-386 kcal/mol
Surface area29000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.110, 78.110, 102.810
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-350-

HOH

21A-415-

HOH

31A-431-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Beta-alanyl-CoA:ammonia lyase 2


分子量: 16024.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Clostridium propionicum (バクテリア) / 参照: UniProt: Q6KC22
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.46 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 10% PEG MME 550, 100 mmol L-1 MES, 50 mmol L-1 ZnSO4, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.90, 1.28257, 1.28314
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年5月24日 / 詳細: Silicon, active surface 50 nm Rh-coated mirrors
放射モノクロメーター: Si-111 double crystal monochromator
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.91
21.282571
31.283141
反射解像度: 0.97→20 Å / Num. all: 107732 / Num. obs: 107732 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7 % / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 35.3
反射 シェル解像度: 0.97→0.99 Å / 冗長度: 4.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 5120 / Rsym value: 0.515 / % possible all: 95.5

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解析

ソフトウェア
名称分類
MAR345dtbデータ収集
SHELXD位相決定
SHELXL-97精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 0.97→20 Å / Num. parameters: 11817 / Num. restraintsaints: 24192 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.159 5388 5 %RANDOM
Rwork0.1456 ---
all0.1459 107706 --
obs0.1459 102318 98.8 %-
Refine analyzeNum. disordered residues: 18 / Occupancy sum non hydrogen: 1243
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.97→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1093 0 6 148 1247
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.0167
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.0324
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.4008
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.1146
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.0105
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.03
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.1304

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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