PDB-4mtj: Structure of the b12-independent glycerol dehydratase with 1,2-pr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4mtj

タイトル

Structure of the b12-independent glycerol dehydratase with 1,2-propanediol bound

要素

B12-independent glycerol dehydratase

キーワード

HYDROLASE / PFL-like glycyl radical enzyme / glycerol/diol dehydratase

機能・相同性

機能・相同性情報

lyase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Clostridium butyricum (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

LaMattina, J. / Wright, A.V. / Demick, J. / Soucaille, P. / Lanzilotta, W.N.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: When Computational Chemistry and Modern Software Get It Right; New Insight Into the Mechanism of a Glycyl Radical Enzyme
著者: LaMattina, J. / Wright, A.V. / Demick, J. / Soucaille, P. / Lanzilotta, W.N.

履歴

登録	2013年9月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2013年10月9日	ID: 1R9E
改定 1.0	2013年10月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4mtj.cif.gz	326.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4mtj.ent.gz	264 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4mtj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4mtj_validation.pdf.gz	451.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4mtj_full_validation.pdf.gz	459.6 KB	表示
XML形式データ	4mtj_validation.xml.gz	60.4 KB	表示
CIF形式データ	4mtj_validation.cif.gz	88.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mt/4mtj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mt/4mtj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1r9e PDB 未公開エントリS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6nd3-1 5fau-2 1r9d-d 5a0u-2 1r8w-d 5a0u-5 6nd3-4 6xs4-d 6nd3-2 5a0u-6 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: B12-independent glycerol dehydratase

B: B12-independent glycerol dehydratase

ヘテロ分子

176 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	102.696, 212.399, 198.740
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	B12-independent glycerol dehydratase / Glycerol dehydratase 分子量: 88154.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridium butyricum (バクテリア) 遺伝子: dhaB1 / 参照: UniProt: Q8GEZ8
#2: 化合物	ChemComp-PGO / S-1,2-PROPANEDIOL / (S)-1,2-プロパンジオ-ル分子量: 76.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 896 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.98 %
結晶化	手法: 蒸発脱水法 / pH: 6.5 詳細: PEG 3350, TRI-AMMONIUM CITRATE, CAPILLARY BATCH, pH 6.5, EVAPORATION

-
データ収集

放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年6月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 86724 / Num. obs: 83283 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8.2_1309) / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 1R9E

1r9e
PDB 未公開エントリ

解像度: 2.4→46.228 Å / SU ML: 0.26 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.09 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2149	4162	5.01 %	random
R_work	0.1701	-	-	-
obs	0.1724	83145	97.87 %	-
all	-	83283	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→46.228 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12380	0	10	896	13286

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	12632
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.065	17052
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.292	4740
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.074	1856
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2238

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4-2.4273	0.2662	121	0.2209	2276	X-RAY DIFFRACTION	85
2.4273-2.4558	0.2651	127	0.2156	2379	X-RAY DIFFRACTION	89
2.4558-2.4858	0.2775	141	0.2054	2418	X-RAY DIFFRACTION	91
2.4858-2.5172	0.2568	122	0.2042	2478	X-RAY DIFFRACTION	94
2.5172-2.5504	0.2822	143	0.2008	2533	X-RAY DIFFRACTION	95
2.5504-2.5853	0.282	142	0.2103	2561	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5853-2.6222	0.2574	147	0.2109	2652	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6222-2.6614	0.2827	132	0.2027	2589	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6614-2.7029	0.2299	136	0.1948	2620	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7029-2.7473	0.2349	137	0.186	2650	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7473-2.7946	0.2382	143	0.1854	2652	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7946-2.8454	0.2639	138	0.1829	2659	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8454-2.9002	0.2593	127	0.183	2639	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9002-2.9593	0.23	157	0.1819	2665	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9593-3.0237	0.2476	139	0.1838	2696	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0237-3.094	0.2354	145	0.1856	2624	X-RAY DIFFRACTION	99
3.094-3.1714	0.2501	143	0.1952	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1714-3.2571	0.2388	162	0.1928	2646	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2571-3.3529	0.2598	125	0.1918	2706	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3529-3.4611	0.2456	148	0.1926	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4611-3.5847	0.1978	155	0.1776	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5847-3.7282	0.2312	117	0.1655	2717	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7282-3.8978	0.1792	145	0.1554	2672	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8978-4.1032	0.1726	150	0.1478	2698	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1032-4.3601	0.184	142	0.144	2706	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3601-4.6964	0.1774	146	0.1355	2709	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6964-5.1685	0.1774	125	0.1344	2733	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1685-5.9151	0.1679	123	0.1392	2761	X-RAY DIFFRACTION	100
5.9151-7.4473	0.1695	146	0.1418	2755	X-RAY DIFFRACTION	100
7.4473-46.2366	0.1342	138	0.1358	2796	X-RAY DIFFRACTION	97

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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