PDB-4mqj: Structure of Wild-type Fetal Human Hemoglobin HbF

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4mqj

タイトル

Structure of Wild-type Fetal Human Hemoglobin HbF

要素

(Hemoglobin subunit ...) x 2

キーワード

OXYGEN TRANSPORT / oxygen-transport / autooxidation

機能・相同性

機能・相同性情報

nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / cellular oxidant detoxification / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen / hydrogen peroxide catabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Soman, J. / Olson, J.S.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of Wild-type Fetal Human Hemoglobin HbF
著者: Soman, J. / Olson, J.S.

履歴

登録	2013年9月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年10月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4mqj.cif.gz	488.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4mqj.ent.gz	402.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4mqj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4mqj_validation.pdf.gz	3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4mqj_full_validation.pdf.gz	3 MB	表示
XML形式データ	4mqj_validation.xml.gz	59.3 KB	表示
CIF形式データ	4mqj_validation.cif.gz	83 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mq/4mqj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mq/4mqj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4mqc 4mqg 4mqh 4mqi 4mqk
類似構造データ	3p5q-1 1r1x-1 3d7o-1 1yzi-1 6kye-1 1j3z-2 6kao-1 6kap-1 4mqk-2 3nl7-1 5ker-1 1sdl-d 3wcp-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目

#41 - 2003年5月
ヘモグロビン (Hemoglobin)
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グロビンの進化 (Globin Evolution)
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胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin)
類似性 (8)
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類似性 (7)
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エリスロクルオリン (Erythrocruorin)
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類似性 (1)
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類似性 (1)
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抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
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類似性 (1)
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糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#142 - 2011年10月
PDBの先駆者たち (PDB Pioneers)
類似性 (4)

登録構造単位

A: Hemoglobin subunit alpha

B: Hemoglobin subunit gamma-2

G: Hemoglobin subunit alpha

H: Hemoglobin subunit gamma-2

C: Hemoglobin subunit alpha

D: Hemoglobin subunit gamma-2

E: Hemoglobin subunit alpha

F: Hemoglobin subunit gamma-2

ヘテロ分子

130 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Hemoglobin subunit alpha

B: Hemoglobin subunit gamma-2

G: Hemoglobin subunit alpha

H: Hemoglobin subunit gamma-2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
64.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Hemoglobin subunit alpha

D: Hemoglobin subunit gamma-2

E: Hemoglobin subunit alpha

F: Hemoglobin subunit gamma-2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
65 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	105.651, 52.427, 106.153
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 113.84, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
Hemoglobin subunit ... , 2種, 8分子 AGCEBHDF

#1: タンパク質	Hemoglobin subunit alpha / Alpha-globin / Hemoglobin alpha chain 分子量: 15150.353 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HBA1, HBA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P69905
#2: タンパク質	Hemoglobin subunit gamma-2 / Gamma-2-globin / Hb F Ggamma / Hemoglobin gamma-2 chain / Hemoglobin gamma-G chain 分子量: 16059.308 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HBG2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P69892

-
非ポリマー , 4種, 1239分子

#3: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#4: 化合物	ChemComp-CMO / CARBON MONOXIDE / カルボニル分子量: 28.010 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO
#5: 化合物	ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE / ペルオキシド分子量: 31.999 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1226 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.9 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: liquid diffusion / pH: 7 詳細: Protein crystallized from 1.9M Sodium/Potassium Phosphate, pH 7.0, Batch method, temperature 298K, LIQUID DIFFUSION

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.07 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.07 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→100 Å / Num. obs: 99805 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.4 % / B_iso Wilson estimate: 17.57 Å² / R_merge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 13

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.8-1.83	7.2	0.439	1	99.2
1.83-1.86	7.3	0.386	1	99.3
1.86-1.9	7.3	0.33	1	99.4
1.9-1.94	7.3	0.278	1	99.6
1.94-1.98	7.3	0.234	1	99.7
1.98-2.03	7.4	0.199	1	99.9
2.03-2.08	7.4	0.17	1	99.9
2.08-2.13	7.4	0.148	1	100
2.13-2.2	7.5	0.134	1	100
2.2-2.27	7.5	0.123	1	100
2.27-2.35	7.5	0.114	1	100
2.35-2.44	7.5	0.099	1	100
2.44-2.55	7.5	0.093	1	100
2.55-2.69	7.5	0.082	1	100
2.69-2.86	7.5	0.078	1	100
2.86-3.08	7.3	0.075	1	100
3.08-3.39	7.3	0.067	1	100
3.39-3.88	7.3	0.054	1	100
3.88-4.89	7.3	0.048	1	100
4.89-100	6.9	0.046	1	97.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.8.2_1309	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→45.137 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.99 / SU ML: 0.2 / σ(F): 1.45 / 位相誤差: 21.58 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2151	2193	2 %
R_work	0.18	-	-
obs	0.1805	97596	99.03 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.0233 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→45.137 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8789	0	354	1226	10369

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.015	9427
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.93	12904
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.462	3216
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.061	1404
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1592

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7907-1.8125	0.3017	119	0.2384	5843	X-RAY DIFFRACTION	85
1.8125-1.8355	0.3067	144	0.2334	6700	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8355-1.8596	0.2995	139	0.2241	6843	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8596-1.8851	0.2094	131	0.2137	6811	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8851-1.912	0.2541	139	0.2118	6726	X-RAY DIFFRACTION	99
1.912-1.9406	0.3138	143	0.211	6894	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9406-1.9709	0.2328	129	0.2132	6754	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9709-2.0032	0.2222	144	0.2026	6859	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0032-2.0378	0.3487	132	0.1975	6835	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0378-2.0748	0.2132	138	0.192	6843	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0748-2.1147	0.1995	143	0.1782	6858	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1147-2.1579	0.2551	138	0.1723	6874	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1579-2.2048	0.1949	134	0.171	6808	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2048-2.2561	0.194	142	0.1687	6932	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2561-2.3125	0.2162	140	0.1727	6856	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3125-2.375	0.2484	140	0.1689	6889	X-RAY DIFFRACTION	100
2.375-2.4449	0.2233	142	0.1749	6794	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4449-2.5238	0.2103	146	0.1807	6917	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5238-2.614	0.2267	142	0.1788	6866	X-RAY DIFFRACTION	100
2.614-2.7187	0.2055	134	0.1773	6835	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7187-2.8424	0.2073	142	0.1792	6817	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8424-2.9922	0.2296	138	0.1843	6873	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9922-3.1796	0.2177	144	0.1831	6881	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1796-3.425	0.2356	140	0.1742	6866	X-RAY DIFFRACTION	100
3.425-3.7696	0.1582	146	0.1518	6862	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7696-4.3147	0.1503	138	0.1462	6870	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3147-5.4346	0.1652	140	0.1645	6854	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4346-45.1517	0.2753	138	0.2109	6545	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9871	-0.0966	0.0195	1.4341	-0.4841	1.9615	-0.0025	0.0566	0.0972	0.073	-0.0233	0.1384	-0.0798	-0.0879	0.02	0.0662	-0.0069	0.0143	0.1372	-0.0526	0.1374	-8.4646	9.764	53.4291
2	1.905	0.7824	-0.1163	2.4999	0.4936	1.2525	0.0758	0.3866	-0.2057	-0.0234	-0.0025	-0.262	0.1363	0.1033	-0.0972	0.1593	0.0201	-0.0478	0.3148	-0.0832	0.1357	7.6794	3.8836	36.5166
3	1.7674	-0.4728	-0.7067	1.2331	-0.277	2.4757	0.0968	-0.1854	0.1599	0.2002	0.0287	0.3355	-0.1432	0.0017	-0.0842	0.13	-0.0414	0.0606	0.1803	-0.0584	0.2123	-40.3107	36.9733	3.9818
4	2.2878	0.5614	-0.1727	2.5467	0.5442	1.7937	0.1204	0.0519	-0.0661	-0.0052	0.0228	-0.2138	0.1533	0.2624	-0.1106	0.1292	0.0184	-0.0499	0.2281	-0.035	0.104	-23.4326	31.854	-12.6898
5	2.3043	-0.217	-1.2679	1.8835	0.1562	2.5008	0.0451	-0.0912	0.2501	-0.0357	0.0874	0.0828	-0.4655	0.2029	-0.0643	0.2045	-0.0579	-0.0035	0.1099	-0.0466	0.1142	-12.4929	40.0509	15.6672
6	2.0893	-0.1519	-1.2648	0.9071	0.071	2.308	-0.2554	0.1529	-0.4876	0.0279	0.0081	0.1202	0.4814	-0.1414	0.1606	0.2196	-0.0129	0.0892	0.1263	-0.0381	0.2594	-18.0951	16.4105	13.4608
7	2.0904	-0.0104	-0.4479	2.1716	-0.1797	2.1729	-0.0826	-0.0177	0.165	0.0516	0.0168	0.1426	-0.1922	0.0091	0.0539	0.1306	-0.0268	-0.0277	0.0725	-0.0249	0.108	19.0168	13.8699	64.559
8	2.0986	-0.0234	-0.484	2.1613	0.3589	1.6442	0.0128	0.0279	-0.313	0.0696	-0.028	0.1478	0.1884	-0.0986	0.019	0.14	0.0133	0.0043	0.0782	0.01	0.1734	14.2136	-9.8902	63.6613

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain D
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain E
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain F
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain G
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain H

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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