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- PDB-4mp7: Crystal structure of pyruvate dehydrogenase kinase isoform 2 in c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mp7
タイトルCrystal structure of pyruvate dehydrogenase kinase isoform 2 in complex with inhibitor PA7
要素[Pyruvate dehydrogenase [lipoamide]] kinase isozyme 2, mitochondrial
キーワードTransferase/Transferase Inhibitor / GHKL protein kinase / pyruvate dehydrogenase complex / Mitochondrial protein kinases / Impaired glucose oxidation / Hepatic steatosis / Type 2 diabetes / Cancer / Bergerat nucleotide-binding fold / protein kinase / Transferase-Transferase Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


[pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase / pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) kinase activity / regulation of pyruvate decarboxylation to acetyl-CoA / Regulation of pyruvate dehydrogenase (PDH) complex / pyruvate dehydrogenase complex / regulation of ketone metabolic process / regulation of pH / cellular response to nutrient / Signaling by Retinoic Acid / regulation of gluconeogenesis ...[pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase / pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) kinase activity / regulation of pyruvate decarboxylation to acetyl-CoA / Regulation of pyruvate dehydrogenase (PDH) complex / pyruvate dehydrogenase complex / regulation of ketone metabolic process / regulation of pH / cellular response to nutrient / Signaling by Retinoic Acid / regulation of gluconeogenesis / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / regulation of glucose metabolic process / regulation of calcium-mediated signaling / cellular response to reactive oxygen species / glucose metabolic process / insulin receptor signaling pathway / glucose homeostasis / protein kinase activity / mitochondrial matrix / protein homodimerization activity / mitochondrion / nucleoplasm / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Alpha-ketoacid/pyruvate dehydrogenase kinase, N-terminal domain / Branched-chain alpha-ketoacid dehydrogenase kinase/Pyruvate dehydrogenase kinase, N-terminal / Alpha-ketoacid/pyruvate dehydrogenase kinase, N-terminal domain superfamily / PDK/BCKDK protein kinase / Mitochondrial branched-chain alpha-ketoacid dehydrogenase kinase / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / Heat Shock Protein 90 ...Alpha-ketoacid/pyruvate dehydrogenase kinase, N-terminal domain / Branched-chain alpha-ketoacid dehydrogenase kinase/Pyruvate dehydrogenase kinase, N-terminal / Alpha-ketoacid/pyruvate dehydrogenase kinase, N-terminal domain superfamily / PDK/BCKDK protein kinase / Mitochondrial branched-chain alpha-ketoacid dehydrogenase kinase / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / Heat Shock Protein 90 / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-PFT / L(+)-TARTARIC ACID / [Pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase isozyme 2, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Gui, W.J. / Tso, S.C. / Chuang, J.L. / Wu, C.Y. / Qi, X. / Tambar, U.K. / Wynn, R.M. / Chuang, D.T.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Structure-guided Development of Specific Pyruvate Dehydrogenase Kinase Inhibitors Targeting the ATP-binding Pocket.
著者: Tso, S.C. / Qi, X. / Gui, W.J. / Wu, C.Y. / Chuang, J.L. / Wernstedt-Asterholm, I. / Morlock, L.K. / Owens, K.R. / Scherer, P.E. / Williams, N.S. / Tambar, U.K. / Wynn, R.M. / Chuang, D.T.
履歴
登録2013年9月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月5日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: [Pyruvate dehydrogenase [lipoamide]] kinase isozyme 2, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,6393
ポリマ－45,2331
非ポリマー4052
水3,837213
1
A: [Pyruvate dehydrogenase [lipoamide]] kinase isozyme 2, mitochondrial
ヘテロ分子

A: [Pyruvate dehydrogenase [lipoamide]] kinase isozyme 2, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,2786
ポリマ－90,4672
非ポリマー8114
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_555-x,-y,z1
Buried area4690 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area32350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.007, 110.007, 227.744
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122

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要素

#1: タンパク質 [Pyruvate dehydrogenase [lipoamide]] kinase isozyme 2, mitochondrial / Pyruvate dehydrogenase kinase isoform 2 / PDH kinase 2 / PDKII


分子量: 45233.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDK2, PDHK2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: Q15119, [pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase
#2: 化合物 ChemComp-PFT / 4-(1,3-dihydro-2H-isoindol-2-ylcarbonyl)benzene-1,3-diol


分子量: 255.269 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H13NO3
#3: 化合物 ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 213 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.6
詳細: 0.9 M ammonium tartrate, 0.1 M sodium acetate pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 64835 / Num. obs: 64743 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.3 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 30.9
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 10.3 % / Rmerge(I) obs: 0.911 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 3210 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)モデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX1.7.1_743位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→33.019 Å / SU ML: 0.46 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.54 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2051 2000 3.09 %
Rwork0.1909 --
obs0.1913 64711 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 1.06 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60.857 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.163 Å20 Å2-0 Å2
2--1.163 Å2-0 Å2
3----2.326 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→33.019 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2921 0 29 213 3163
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063074
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0184176
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4621166
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069456
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004537
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7997-1.84470.29781390.27934361X-RAY DIFFRACTION99
1.8447-1.89460.22751420.22934439X-RAY DIFFRACTION100
1.8946-1.95040.19421400.20684406X-RAY DIFFRACTION100
1.9504-2.01330.20061410.18544427X-RAY DIFFRACTION100
2.0133-2.08520.20291430.18274468X-RAY DIFFRACTION100
2.0852-2.16870.2221420.17844441X-RAY DIFFRACTION100
2.1687-2.26740.20241400.18024424X-RAY DIFFRACTION100
2.2674-2.38690.18871440.17744503X-RAY DIFFRACTION100
2.3869-2.53640.20951420.1874459X-RAY DIFFRACTION100
2.5364-2.73220.18221430.19234478X-RAY DIFFRACTION100
2.7322-3.00690.19911440.19364507X-RAY DIFFRACTION100
3.0069-3.44170.20151440.18754525X-RAY DIFFRACTION100
3.4417-4.33460.20061460.17564565X-RAY DIFFRACTION100
4.3346-33.02440.21551500.20394708X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 6.5811 Å / Origin y: 17.1606 Å / Origin z: -25.1894 Å
111213212223313233
T0.0572 Å20.0127 Å20.0054 Å2-0.0993 Å2-0.0054 Å2--0.1061 Å2
L0.8621 °20.2341 °20.3059 °2-0.8102 °20.5916 °2--1.7126 °2
S-0.0959 Å °-0.0584 Å °0.1384 Å °-0.0277 Å °0.0255 Å °0.024 Å °-0.2062 Å °-0.0514 Å °0.0396 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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