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万見
- PDB-4mo9: Crystal Structure of TroA-like Periplasmic Binding Protein FepB f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mo9
タイトルCrystal Structure of TroA-like Periplasmic Binding Protein FepB from Veillonella parvula
要素Periplasmic binding protein
キーワードSOLUTE-BINDING PROTEIN / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / periplasmic binding protein / solute binding protein-fold / PROTEIN BINDING
機能・相同性ABC transporter periplasmic binding domain / Periplasmic binding protein / Iron siderophore/cobalamin periplasmic-binding domain profile. / trimethylamine oxide / Periplasmic binding protein
機能・相同性情報
生物種Veillonella parvula (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.925 Å
データ登録者Kim, Y. / Wu, R. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of TroA-like Periplasmic Binding Protein FepB from Veillonella parvula
著者: Kim, Y. / Wu, R. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
履歴
登録2013年9月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Periplasmic binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,8393
ポリマ－41,6711
非ポリマー1672
水3,567198
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.402, 75.999, 125.187
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Periplasmic binding protein


分子量: 41671.336 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 25-390 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Veillonella parvula (バクテリア)
株: DSM 2008 / 遺伝子: Vpar_0195 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 magic / 参照: UniProt: D1BQR9
#2: 化合物 ChemComp-TMO / trimethylamine oxide / トリメチルアミンN-オキシド


分子量: 75.110 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H9NO
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 198 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.31 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M Trimethylamine N-oxide, 0.1 M Tris pH 8.5, 20 %(w/v) PEGMME2000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97987 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月22日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.93→50 Å / Num. all: 29285 / Num. obs: 29285 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 32.75 Å2 / Rsym value: 0.103 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 1.93→1.96 Å / 冗長度: 4.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 1450 / Rsym value: 0.792 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ収集
HKL-3000位相決定
SHELXS位相決定
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
ARP/wARPモデル構築
PHENIX(phenix.refine: dev_1367)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.925→36.361 Å / SU ML: 0.19 / Isotropic thermal model: mixed / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 21.49 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.199 1484 5.08 %random
Rwork0.166 ---
all0.168 29206 --
obs0.168 29206 99.6 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 40.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.925→36.361 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2755 0 11 198 2964
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082833
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0353834
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1971047
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071416
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005490
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.9254-1.98750.30961430.25732417256097
1.9875-2.05860.25241290.216724662595100
2.0586-2.1410.22021210.195724972618100
2.141-2.23840.24731200.179225162636100
2.2384-2.35640.24791400.178224712611100
2.3564-2.5040.21281290.185725252654100
2.504-2.69730.2571310.177425112642100
2.6973-2.96860.22831500.18325172667100
2.9686-3.39790.1931460.165525292675100
3.3979-4.27990.16691350.142125882723100
4.2799-36.36770.16251400.14912685282599
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.83630.3230.63291.5129-0.15141.7027-0.062-0.03320.2630.00380.01240.0206-0.3547-0.13330.01380.25950.05030.00620.2499-0.05230.310425.877878.6188-2.6985
21.47460.28020.38951.41210.2591.970.0267-0.2306-0.0530.080.0145-0.12470.0710.0342-0.03550.23890.0350.00110.27950.00010.262524.65864.7287-3.0453
31.39690.1561-0.12341.8370.46132.0629-0.14250.31450.0391-0.41870.0959-0.1358-0.00680.08960.0520.3754-0.00630.01680.36320.02020.270822.940464.7997-27.6638
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 18 through 114 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 115 through 191 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 192 through 366 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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