登録情報 | データベース: PDB / ID: 4mkj |
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タイトル | Crystal structure of L-methionine gamma-lyase from Citrobacter freundii modified by allicine |
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要素 | Methionine gamma-lyase |
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キーワード | LYASE / pyridoxal-5'-phosphate / PLP-dependent enzyme / Aminotransferase class-V / allicine |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報
methionine gamma-lyase / methionine gamma-lyase activity / transsulfuration / pyridoxal phosphate binding / cytoplasm類似検索 - 分子機能 L-methionine gamma-lyase / Cys/Met metabolism, pyridoxal phosphate-dependent enzyme / Cys/Met metabolism PLP-dependent enzyme / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase ...L-methionine gamma-lyase / Cys/Met metabolism, pyridoxal phosphate-dependent enzyme / Cys/Met metabolism PLP-dependent enzyme / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta類似検索 - ドメイン・相同性 TRIETHYLENE GLYCOL / L-methionine gamma-lyase類似検索 - 構成要素 |
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生物種 | Citrobacter freundii (バクテリア) |
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手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.849 Å |
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データ登録者 | Revtovich, S.V. / Nikulin, A.D. / Morozova, E.A. / Zakomirdina, L.N. / Demidkina, T.V. |
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引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014 タイトル: Alliin is a suicide substrate of Citrobacter freundii methionine gamma-lyase: structural bases of inactivation of the enzyme. 著者: Morozova, E.A. / Revtovich, S.V. / Anufrieva, N.V. / Kulikova, V.V. / Nikulin, A.D. / Demidkina, T.V. |
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履歴 | 登録 | 2013年9月5日 | 登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB |
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改定 1.0 | 2014年11月12日 | Provider: repository / タイプ: Initial release |
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改定 1.1 | 2014年12月31日 | Group: Database references |
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改定 1.2 | 2023年9月20日 | Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id |
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改定 1.3 | 2023年12月6日 | Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2 |
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