PDB-4mjn: Structure of the c ring of the CF1FO ATP synthases.

基本情報

• 登録情報: データベース: PDB / ID: 4mjn
• タイトル: Structure of the c ring of the CF1FO ATP synthases.
• 要素: ATP synthase subunit c, chloroplastic
• キーワード: HYDROLASE

機能・相同性

分子機能:

proton-transporting ATP synthase complex, coupling factor F(o) / proton motive force-driven ATP synthesis / chloroplast thylakoid membrane / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / membrane => GO:0016020 / lipid binding

ドメイン・相同性:

ATP synthase, F0 complex, subunit C, bacterial/chloroplast / ATP synthase, F0 complex, subunit C / F1F0 ATP synthase subunit C superfamily / ATP synthase, F0 complex, subunit C, DCCD-binding site / ATP synthase c subunit signature. / V-ATPase proteolipid subunit C-like domain / F/V-ATP synthase subunit C superfamily / ATP synthase subunit C

構成要素:

ATP synthase subunit c, chloroplastic

• 生物種: Triticum aestivum (コムギ)
• 手法: X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 6 Å
• データ登録者: Balakrishna, A.M. / Gruber, G.

引用

ジャーナル: Biosci. Rep. / 年: 2014
タイトル: Crystallographic structure of the turbine C-ring from spinach chloroplast F-ATP synthase.
著者: Balakrishna, A.M. / Seelert, H. / Marx, S.H. / Dencher, N.A. / Gruber, G.

#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Structure of the c14 rotor ring of the proton translocating chloroplast ATP Synthase
著者: Vollmar, M. / Schlieper, D. / Winn, M. / Buchner, C. / Groth, G.

履歴

登録	2013年9月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2014年3月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年6月5日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

集合体

登録構造単位

A: ATP synthase subunit c, chloroplastic

B: ATP synthase subunit c, chloroplastic

C: ATP synthase subunit c, chloroplastic

D: ATP synthase subunit c, chloroplastic

E: ATP synthase subunit c, chloroplastic

F: ATP synthase subunit c, chloroplastic

G: ATP synthase subunit c, chloroplastic

H: ATP synthase subunit c, chloroplastic

I: ATP synthase subunit c, chloroplastic

J: ATP synthase subunit c, chloroplastic

K: ATP synthase subunit c, chloroplastic

L: ATP synthase subunit c, chloroplastic

M: ATP synthase subunit c, chloroplastic

N: ATP synthase subunit c, chloroplastic

概要:

• 112 kDa, 14 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	111,683	14
ポリマ－	111,683	14
非ポリマー	0	0
水	0	0

1

概要:

• 登録構造と同一
• 登録者が定義した集合体

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	144.420, 99.295, 123.510
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 104.34, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	A
2	4	E
1	5	A
2	5	F
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2	6	G
1	7	A
2	7	H
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1	9	A
2	9	J
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2	10	K
1	11	A
2	11	L
1	12	A
2	12	M
1	13	A
2	13	N
1	14	B
2	14	C
1	15	B
2	15	D
1	16	B
2	16	E
1	17	B
2	17	F
1	18	B
2	18	G
1	19	B
2	19	H
1	20	B
2	20	I
1	21	B
2	21	J
1	22	B
2	22	K
1	23	B
2	23	L
1	24	B
2	24	M
1	25	B
2	25	N
1	26	C
2	26	D
1	27	C
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1	28	C
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1	31	C
2	31	I
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1	37	D
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1	38	D
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2	43	K
1	44	D
2	44	L
1	45	D
2	45	M
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2	46	N
1	47	E
2	47	F
1	48	E
2	48	G
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2	51	J
1	52	E
2	52	K
1	53	E
2	53	L
1	54	E
2	54	M
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2	55	N
1	56	F
2	56	G
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2	59	J
1	60	F
2	60	K
1	61	F
2	61	L
1	62	F
2	62	M
1	63	F
2	63	N
1	64	G
2	64	H
1	65	G
2	65	I
1	66	G
2	66	J
1	67	G
2	67	K
1	68	G
2	68	L
1	69	G
2	69	M
1	70	G
2	70	N
1	71	H
2	71	I
1	72	H
2	72	J
1	73	H
2	73	K
1	74	H
2	74	L
1	75	H
2	75	M
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1	77	I
2	77	J
1	78	I
2	78	K
1	79	I
2	79	L
1	80	I
2	80	M
1	81	I
2	81	N
1	82	J
2	82	K
1	83	J
2	83	L
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2	84	M
1	85	J
2	85	N
1	86	K
2	86	L
1	87	K
2	87	M
1	88	K
2	88	N
1	89	L
2	89	M
1	90	L
2	90	N
1	91	M
2	91	N

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 2 - 75 / Label seq-ID: 2 - 75

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	1	B	B
1	2	A	A
2	2	C	C
1	3	A	A
2	3	D	D
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2	4	E	E
1	5	A	A
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1	7	A	A
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1	9	A	A
2	9	J	J
1	10	A	A
2	10	K	K
1	11	A	A
2	11	L	L
1	12	A	A
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1	13	A	A
2	13	N	N
1	14	B	B
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1	15	B	B
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1	17	B	B
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1	23	B	B
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1	24	B	B
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1	25	B	B
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2	26	D	D
1	27	C	C
2	27	E	E
1	28	C	C
2	28	F	F
1	29	C	C
2	29	G	G
1	30	C	C
2	30	H	H
1	31	C	C
2	31	I	I
1	32	C	C
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1	33	C	C
2	33	K	K
1	34	C	C
2	34	L	L
1	35	C	C
2	35	M	M
1	36	C	C
2	36	N	N
1	37	D	D
2	37	E	E
1	38	D	D
2	38	F	F
1	39	D	D
2	39	G	G
1	40	D	D
2	40	H	H
1	41	D	D
2	41	I	I
1	42	D	D
2	42	J	J
1	43	D	D
2	43	K	K
1	44	D	D
2	44	L	L
1	45	D	D
2	45	M	M
1	46	D	D
2	46	N	N
1	47	E	E
2	47	F	F
1	48	E	E
2	48	G	G
1	49	E	E
2	49	H	H
1	50	E	E
2	50	I	I
1	51	E	E
2	51	J	J
1	52	E	E
2	52	K	K
1	53	E	E
2	53	L	L
1	54	E	E
2	54	M	M
1	55	E	E
2	55	N	N
1	56	F	F
2	56	G	G
1	57	F	F
2	57	H	H
1	58	F	F
2	58	I	I
1	59	F	F
2	59	J	J
1	60	F	F
2	60	K	K
1	61	F	F
2	61	L	L
1	62	F	F
2	62	M	M
1	63	F	F
2	63	N	N
1	64	G	G
2	64	H	H
1	65	G	G
2	65	I	I
1	66	G	G
2	66	J	J
1	67	G	G
2	67	K	K
1	68	G	G
2	68	L	L
1	69	G	G
2	69	M	M
1	70	G	G
2	70	N	N
1	71	H	H
2	71	I	I
1	72	H	H
2	72	J	J
1	73	H	H
2	73	K	K
1	74	H	H
2	74	L	L
1	75	H	H
2	75	M	M
1	76	H	H
2	76	N	N
1	77	I	I
2	77	J	J
1	78	I	I
2	78	K	K
1	79	I	I
2	79	L	L
1	80	I	I
2	80	M	M
1	81	I	I
2	81	N	N
1	82	J	J
2	82	K	K
1	83	J	J
2	83	L	L
1	84	J	J
2	84	M	M
1	85	J	J
2	85	N	N
1	86	K	K
2	86	L	L
1	87	K	K
2	87	M	M
1	88	K	K
2	88	N	N
1	89	L	L
2	89	M	M
1	90	L	L
2	90	N	N
1	91	M	M
2	91	N	N

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
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45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
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66
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70
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79
80
81
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88
89
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91

要素

#1: タンパク質

A B C D E F G H I J K L M N
ATP synthase subunit c, chloroplastic / ATP synthase F(0) sector subunit c / ATPase subunit III / F-type ATPase subunit c / F-ATPase subunit c / Lipid-binding protein

詳細:

分子量: 7977.366 Da / 分子数: 14 / 断片: c 14 rotor ring chloroplast ATP synthase / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Thylakoid membrane / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: P69448, H+-transporting two-sector ATPase

実験情報

実験

• 実験: 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

試料調製

• 結晶: マシュー密度: 3.84 ų/Da / 溶媒含有率: 67.98 %
• 結晶化: 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.3 ; 詳細: 33%(v/v) PEG550 MME, 0.05M Sodium acetate, pH 4.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

データ収集

• 回折: 平均測定温度: 100 K
• 放射光源: 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9999 Å
• 検出器: タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月24日 / 詳細: mirrors
• 放射: モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
• 放射波長: 波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
• 反射: 解像度: 6→30 Å / Num. all: 4238 / Num. obs: 4091 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.8 % / R_merge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 9.6
• 反射 シェル: 解像度: 6→6.32 Å / 冗長度: 2.8 % / R_merge(I) obs: 0.106 / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / Num. unique all: 433 / % possible all: 96.76

解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER		位相決定
REFMAC	5.7.0029	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2W5J

2w5j

解像度: 6→19.76 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.926 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.91 / SU B: 829.803 / SU ML: 3.483 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 2.68 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	Rfactor	反射数	%反射	Selection details
Rfree	0.37784	204	5 %	RANDOM
Rwork	0.35777	-	-	-
obs	0.35885	3887	93.77 %	-
all	-	4091	-	-

• 溶媒の処理: イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.177 Ų

	Baniso -1	Baniso -2	Baniso -3
1-	23.28 Å2	-0 Å2	60.04 Å2
2-	-	-54.45 Å2	-0 Å2
3-	-	-	14 Å2

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 6→19.76 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5026	0	0	0	5026

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.019	5012
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.013	0.02	3332
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.105	1.938	6902
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	3.803	3	7252
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.993	5	1022
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.103	0.2	882
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	7028
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	980
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	26.308	3	8340
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	87.741	5	8358

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	969	0.16
1	2	B	969	0.16
2	1	A	1012	0.13
2	2	C	1012	0.13
3	1	A	1013	0.12
3	2	D	1013	0.12
4	1	A	1019	0.1
4	2	E	1019	0.1
5	1	A	1009	0.11
5	2	F	1009	0.11
6	1	A	1016	0.12
6	2	G	1016	0.12
7	1	A	1010	0.13
7	2	H	1010	0.13
8	1	A	1018	0.11
8	2	I	1018	0.11
9	1	A	1013	0.11
9	2	J	1013	0.11
10	1	A	1004	0.11
10	2	K	1004	0.11
11	1	A	1011	0.12
11	2	L	1011	0.12
12	1	A	1009	0.12
12	2	M	1009	0.12
13	1	A	998	0.11
13	2	N	998	0.11
14	1	B	983	0.19
14	2	C	983	0.19
15	1	B	983	0.17
15	2	D	983	0.17
16	1	B	998	0.17
16	2	E	998	0.17
17	1	B	969	0.17
17	2	F	969	0.17
18	1	B	984	0.18
18	2	G	984	0.18
19	1	B	978	0.18
19	2	H	978	0.18
20	1	B	985	0.17
20	2	I	985	0.17
21	1	B	980	0.17
21	2	J	980	0.17
22	1	B	988	0.17
22	2	K	988	0.17
23	1	B	969	0.18
23	2	L	969	0.18
24	1	B	994	0.18
24	2	M	994	0.18
25	1	B	968	0.17
25	2	N	968	0.17
26	1	C	1028	0.11
26	2	D	1028	0.11
27	1	C	1027	0.1
27	2	E	1027	0.1
28	1	C	1021	0.09
28	2	F	1021	0.09
29	1	C	1023	0.14
29	2	G	1023	0.14
30	1	C	1025	0.12
30	2	H	1025	0.12
31	1	C	1028	0.12
31	2	I	1028	0.12
32	1	C	1029	0.13
32	2	J	1029	0.13
33	1	C	1029	0.12
33	2	K	1029	0.12
34	1	C	1022	0.12
34	2	L	1022	0.12
35	1	C	1030	0.11
35	2	M	1030	0.11
36	1	C	1017	0.08
36	2	N	1017	0.08
37	1	D	1045	0.09
37	2	E	1045	0.09
38	1	D	1019	0.1
38	2	F	1019	0.1
39	1	D	1020	0.12
39	2	G	1020	0.12
40	1	D	1032	0.11
40	2	H	1032	0.11
41	1	D	1033	0.09
41	2	I	1033	0.09
42	1	D	1033	0.11
42	2	J	1033	0.11
43	1	D	1028	0.1
43	2	K	1028	0.1
44	1	D	1022	0.13
44	2	L	1022	0.13
45	1	D	1031	0.12
45	2	M	1031	0.12
46	1	D	1011	0.11
46	2	N	1011	0.11
47	1	E	1024	0.08
47	2	F	1024	0.08
48	1	E	1028	0.12
48	2	G	1028	0.12
49	1	E	1035	0.11
49	2	H	1035	0.11
50	1	E	1042	0.09
50	2	I	1042	0.09
51	1	E	1037	0.1
51	2	J	1037	0.1
52	1	E	1037	0.1
52	2	K	1037	0.1
53	1	E	1021	0.12
53	2	L	1021	0.12
54	1	E	1033	0.11
54	2	M	1033	0.11
55	1	E	1015	0.1
55	2	N	1015	0.1
56	1	F	1019	0.11
56	2	G	1019	0.11
57	1	F	1016	0.11
57	2	H	1016	0.11
58	1	F	1029	0.07
58	2	I	1029	0.07
59	1	F	1023	0.09
59	2	J	1023	0.09
60	1	F	1013	0.09
60	2	K	1013	0.09
61	1	F	1016	0.11
61	2	L	1016	0.11
62	1	F	1020	0.09
62	2	M	1020	0.09
63	1	F	1013	0.1
63	2	N	1013	0.1
64	1	G	1049	0.12
64	2	H	1049	0.12
65	1	G	1026	0.11
65	2	I	1026	0.11
66	1	G	1029	0.1
66	2	J	1029	0.1
67	1	G	1029	0.12
67	2	K	1029	0.12
68	1	G	1018	0.12
68	2	L	1018	0.12
69	1	G	1037	0.12
69	2	M	1037	0.12
70	1	G	1013	0.13
70	2	N	1013	0.13
71	1	H	1022	0.1
71	2	I	1022	0.1
72	1	H	1031	0.1
72	2	J	1031	0.1
73	1	H	1032	0.12
73	2	K	1032	0.12
74	1	H	1010	0.12
74	2	L	1010	0.12
75	1	H	1033	0.11
75	2	M	1033	0.11
76	1	H	1013	0.11
76	2	N	1013	0.11
77	1	I	1043	0.09
77	2	J	1043	0.09
78	1	I	1028	0.1
78	2	K	1028	0.1
79	1	I	1022	0.13
79	2	L	1022	0.13
80	1	I	1033	0.11
80	2	M	1033	0.11
81	1	I	1020	0.1
81	2	N	1020	0.1
82	1	J	1022	0.11
82	2	K	1022	0.11
83	1	J	1018	0.12
83	2	L	1018	0.12
84	1	J	1036	0.1
84	2	M	1036	0.1
85	1	J	1012	0.11
85	2	N	1012	0.11
86	1	K	1018	0.14
86	2	L	1018	0.14
87	1	K	1034	0.13
87	2	M	1034	0.13
88	1	K	1016	0.11
88	2	N	1016	0.11
89	1	L	1021	0.1
89	2	M	1021	0.1
90	1	L	1006	0.13
90	2	N	1006	0.13
91	1	M	1010	0.12
91	2	N	1010	0.12

LS精密化 シェル

解像度: 6→6.142 Å / Total num. of bins used: 20

	Rfactor	反射数	%反射
Rfree	0.539	15	-
Rwork	0.466	288	-
obs	-	-	98.06 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 160.176 Å / Origin y: 0.8528 Å / Origin z: 26.9438 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	2.4114 Å2	0.1017 Å2	-0.6038 Å2	-	3.3097 Å2	0.1523 Å2	-	-	3.3777 Å2
L	5.8117 °2	0.3238 °2	8.5344 °2	-	0.0344 °2	0.4429 °2	-	-	12.9269 °2
S	0.1126 Å °	-0.3647 Å °	-0.5158 Å °	0.1177 Å °	0.1863 Å °	-0.1243 Å °	-0.8026 Å °	-0.2864 Å °	-0.2989 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 75
2	X-RAY DIFFRACTION	1	B	2 - 75
3	X-RAY DIFFRACTION	1	C	2 - 75
4	X-RAY DIFFRACTION	1	D	2 - 75
5	X-RAY DIFFRACTION	1	E	2 - 75
6	X-RAY DIFFRACTION	1	F	2 - 75
7	X-RAY DIFFRACTION	1	G	2 - 75
8	X-RAY DIFFRACTION	1	H	2 - 75
9	X-RAY DIFFRACTION	1	I	2 - 75
10	X-RAY DIFFRACTION	1	J	2 - 75
11	X-RAY DIFFRACTION	1	K	2 - 75
12	X-RAY DIFFRACTION	1	L	2 - 75
13	X-RAY DIFFRACTION	1	M	2 - 75
14	X-RAY DIFFRACTION	1	N	2 - 75