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万見
- PDB-4mj4: Human iduronidase apo structure P21 form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mj4
タイトルHuman iduronidase apo structure P21 form
要素Alpha-L-iduronidase
キーワードHYDROLASE / TIM barrel / beta sandwich / fibronectin type III / hydrolyze iduronic acids from the non-reducing ends of glycosaminoglycan / intracellular / lysosomal
機能・相同性
機能・相同性情報


L-iduronidase / L-iduronidase activity / disaccharide metabolic process / MPS I - Hurler syndrome / heparin catabolic process / dermatan sulfate catabolic process / glycosaminoglycan catabolic process / CS/DS degradation / heparan sulfate proteoglycan catabolic process / HS-GAG degradation ...L-iduronidase / L-iduronidase activity / disaccharide metabolic process / MPS I - Hurler syndrome / heparin catabolic process / dermatan sulfate catabolic process / glycosaminoglycan catabolic process / CS/DS degradation / heparan sulfate proteoglycan catabolic process / HS-GAG degradation / lysosomal lumen / signaling receptor binding / extracellular exosome
類似検索 - 分子機能
: / Alpha-L-iduronidase C-terminal domain / Glycosyl hydrolase domain; family 39 / : / : / Glycosyl hydrolases family 39 active site. / Glycoside hydrolase, family 39 / Glycosyl hydrolases family 39 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily ...: / Alpha-L-iduronidase C-terminal domain / Glycosyl hydrolase domain; family 39 / : / : / Glycosyl hydrolases family 39 active site. / Glycoside hydrolase, family 39 / Glycosyl hydrolases family 39 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / Immunoglobulins / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Alpha-L-iduronidase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.172 Å
データ登録者Bie, H. / Yin, J. / He, X. / Kermode, A.R. / Goddard-Borger, E.D. / Withers, S.G. / James, M.N.G.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2013
タイトル: Insights into mucopolysaccharidosis I from the structure and action of alpha-L-iduronidase.
著者: Bie, H. / Yin, J. / He, X. / Kermode, A.R. / Goddard-Borger, E.D. / Withers, S.G. / James, M.N.
履歴
登録2013年9月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2013年9月18日ID: 4JXP
改定 1.02013年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年9月25日Group: Database references
改定 1.22013年11月6日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-L-iduronidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,3548
ポリマ－72,6891
非ポリマー1,6657
水2,090116
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.335, 70.507, 67.303
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.10, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Alpha-L-iduronidase


分子量: 72688.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IDUA / 発現宿主: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) / 株 (発現宿主): cgl CS6192 / 参照: UniProt: P35475, L-iduronidase

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糖 , 2種, 3分子

#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 120分子

#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細H33Q, Q63P, and R105Q ARE NATURAL VARIANTS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.46 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 25% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月5日
詳細: vertical focusing mirror: ultra-low expansion titanium silicate flat mirror with Pt, uncoated, and Pd strips
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.172→48.71 Å / Num. all: 29807 / Num. obs: 28850 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.123 / Net I/σ(I): 8.35
反射 シェル解像度: 2.172→2.26 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.718 / Mean I/σ(I) obs: 1.71 / % possible all: 88.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxDCデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4MJ2

4mj2


解像度: 2.172→48.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 14.389 / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.341 / ESU R Free: 0.223 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23952 1536 5.1 %RANDOM
Rwork0.20144 ---
all0.20345 29807 --
obs0.20345 28850 96.79 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.707 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.08 Å2-0 Å21.36 Å2
2---1.68 Å2-0 Å2
3----0.45 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.172→48.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4790 0 108 116 5014
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0195063
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0051.9746923
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5375604
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.46422.255235
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.09315744
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.0831549
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0640.2762
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0213932
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4492.1432416
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.8033.2113017
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.6012.3242647
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.48318.8667612
LS精密化 シェル解像度: 2.172→2.228 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.329 59 88.9 %
Rwork0.298 1706 -
obs--77.58 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.79770.8653-0.73982.6093-0.74731.0299-0.10460.00730.05730.03670.1114-0.18620.02820.0304-0.00680.11150.0116-0.02510.123-0.02160.055464.6687-17.03896.6032
25.17872.4176-7.21893.3537-1.827111.55620.081-0.04-0.0203-0.25690.0335-0.3902-0.18360.2333-0.11450.19120.03120.06120.06640.00650.147671.5994-13.692675.8148
32.90250.8163-0.07941.80920.80821.97020.03860.0585-0.0376-0.3160.1556-0.3193-0.28850.2649-0.19430.1279-0.05680.11560.0418-0.04590.109983.77521.42580.469
42.16961.73620.44842.1417-0.37163.7732-0.0246-0.0906-0.25850.08060.1451-0.5934-0.06660.3796-0.12040.1469-0.0291-0.00350.309-0.15530.359688.96920.820892.7127
50.26250.4477-0.17352.05180.30780.74950.0758-0.1379-0.03960.22040.0186-0.42410.02610.1531-0.09450.0890.01-0.05640.1613-0.05010.169281.1868-10.261198.8873
61.7238-0.572-0.90094.26043.83425.1171-0.1252-0.4218-0.14170.57180.1188-0.08930.35610.46680.00640.22570.0081-0.01150.1913-0.00870.190374.8893-13.459395.6139
71.0710.025-0.36261.0782-0.03171.167-0.0327-0.028-0.0075-0.00890.0805-0.09360.077-0.0086-0.04780.1091-0.0048-0.01120.0528-0.00930.073963.46-24.592190.6047
88.1672-5.2342-12.745522.70574.137520.7507-0.2741-0.0789-0.11340.20760.1187-0.42150.41450.09260.15540.20190.0207-0.11250.12220.04740.544673.819-38.12275.2317
91.0731-0.0828-0.39011.0954-0.25181.1212-0.00340.0099-0.1174-0.09470.0197-0.02680.0617-0.0758-0.01630.1244-0.0003-0.00110.0272-0.00590.053858.3173-30.136585.4556
104.25412.1866-7.36453.715-3.782412.75220.44250.28990.37490.21680.17760.3245-0.7483-0.5071-0.62010.21690.0155-0.00850.20.02230.198648.2892-9.9879.106
112.251-0.6511-1.12392.43890.53813.09630.1150.21180.1094-0.48840.03960.1175-0.20770.0416-0.15470.2067-0.0094-0.02770.09580.01540.068657.1687-16.569870.0173
121.8347-0.2443-0.49961.27520.07631.58340.04360.3147-0.0924-0.4271-0.0132-0.0470.1162-0.1489-0.03050.22430.0107-0.01360.1333-0.00890.082454.5479-18.916168.8256
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A27 - 63
2X-RAY DIFFRACTION2A64 - 85
3X-RAY DIFFRACTION3A86 - 186
4X-RAY DIFFRACTION4A187 - 231
5X-RAY DIFFRACTION5A232 - 333
6X-RAY DIFFRACTION6A334 - 355
7X-RAY DIFFRACTION7A356 - 484
8X-RAY DIFFRACTION8A485 - 493
9X-RAY DIFFRACTION9A494 - 541
10X-RAY DIFFRACTION10A542 - 554
11X-RAY DIFFRACTION11A555 - 591
12X-RAY DIFFRACTION12A592 - 640

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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