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- PDB-4mj2: Crystal structure of apo-iduronidase in the R3 form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mj2
タイトルCrystal structure of apo-iduronidase in the R3 form
要素Alpha-L-iduronidase
キーワードHYDROLASE / TIM barrel / beta sandwich / fibronectin type III / hydrolyze iduronic acids from the non-reducing ends of glycosaminoglycan / intracellular / lysosomal
機能・相同性
機能・相同性情報


L-iduronidase / L-iduronidase activity / disaccharide metabolic process / MPS I - Hurler syndrome / heparin proteoglycan catabolic process / dermatan sulfate proteoglycan catabolic process / glycosaminoglycan catabolic process / CS/DS degradation / heparan sulfate proteoglycan catabolic process / HS-GAG degradation ...L-iduronidase / L-iduronidase activity / disaccharide metabolic process / MPS I - Hurler syndrome / heparin proteoglycan catabolic process / dermatan sulfate proteoglycan catabolic process / glycosaminoglycan catabolic process / CS/DS degradation / heparan sulfate proteoglycan catabolic process / HS-GAG degradation / lysosomal lumen / signaling receptor binding / extracellular exosome
類似検索 - 分子機能
: / Alpha-L-iduronidase C-terminal domain / Glycosyl hydrolase domain; family 39 / : / Glycosyl hydrolases family 39 active site. / Glycoside hydrolase, family 39 / : / Glycosyl hydrolases family 39 / : / Glycosidases ...: / Alpha-L-iduronidase C-terminal domain / Glycosyl hydrolase domain; family 39 / : / Glycosyl hydrolases family 39 active site. / Glycoside hydrolase, family 39 / : / Glycosyl hydrolases family 39 / : / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S,R MESO-TARTARIC ACID / L(+)-TARTARIC ACID / Alpha-L-iduronidase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Bie, H. / Yin, J. / He, X. / Kermode, A.R. / Goddard-Borger, E.D. / Withers, S.G. / James, M.N.G.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2013
タイトル: Insights into mucopolysaccharidosis I from the structure and action of alpha-L-iduronidase.
著者: Bie, H. / Yin, J. / He, X. / Kermode, A.R. / Goddard-Borger, E.D. / Withers, S.G. / James, M.N.
履歴
登録2013年9月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2013年9月18日ID: 4JXO
改定 1.02013年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年9月25日Group: Database references
改定 1.22013年11月6日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-L-iduronidase
B: Alpha-L-iduronidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,05019
ポリマ－145,3772
非ポリマー4,67317
水7,800433
1
A: Alpha-L-iduronidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,3736
ポリマ－72,6891
非ポリマー1,6845
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Alpha-L-iduronidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,67813
ポリマ－72,6891
非ポリマー2,98912
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)259.360, 259.360, 71.810
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-1016-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Alpha-L-iduronidase


分子量: 72688.633 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IDUA / 発現宿主: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) / 株 (発現宿主): cgl CS6192 / 参照: UniProt: P35475, L-iduronidase

-
糖 , 5種, 6分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1235.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-6DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1_f6-g1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 5種, 444分子

#7: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#9: 化合物 ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#10: 化合物 ChemComp-SRT / S,R MESO-TARTARIC ACID / meso-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 433 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細H33Q, Q63P, and R105Q ARE NATURAL VARIANTS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.53 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.01 M HEPES, pH 7.5, 0.26 M sodium potassium tartrate, 20% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月5日
詳細: collimating mirror with two stripes (Si, Rh/Pt) and toroidal focusing mirror (Rh/Pt)
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→49.01 Å / Num. obs: 104643 / % possible obs: 99.54 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.7 % / Rsym value: 0.139 / Net I/σ(I): 12.22
反射 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.868 / Mean I/σ(I) obs: 2.33 / % possible all: 95.32

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxDCデータ収集
PHENIXモデル構築
REFMAC5.7.0029精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.1→49.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 9.493 / SU ML: 0.121 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.173 / ESU R Free: 0.142 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20637 5233 5 %RANDOM
Rwork0.1914 ---
all0.19215 ---
obs0.19215 99410 99.54 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.056 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.84 Å2-1.84 Å20 Å2
2---1.84 Å20 Å2
3---5.97 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→49.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9551 0 307 433 10291
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.01910210
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.029479
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0061.98413967
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.708321678
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.76751204
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.14522.206467
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.433151482
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.4971598
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0570.21555
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.02111370
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022472
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 371 -
Rwork0.294 7036 -
obs--95.32 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.52340.3486-0.17951.9176-0.1380.38690.0624-0.06260.13160.1534-0.0945-0.0687-0.24010.17740.03210.2591-0.09420.00580.2020.00770.0973-118.6783315.917614.0956
27.55954.15474.13963.59382.10372.31580.00240.04210.0936-0.0607-0.00990.374-0.08190.04850.00750.3199-0.02840.00060.13020.02430.1527-140.4011306.22429.7568
31.6267-0.67460.71641.4059-1.32051.26190.03540.0598-0.06750.08140.09560.1939-0.0361-0.0724-0.1310.1618-0.01990.04170.11530.01790.2473-145.1533315.18260.6754
41.0039-0.0769-0.7341.0705-0.20390.69670.0150.0407-0.06260.00460.03880.24170.04110.0095-0.05390.1375-0.0156-0.01910.1188-0.00040.2017-143.3848322.879-7.0513
51.7117-0.346-0.95731.90460.8922.30840.02550.112-0.22380.0066-0.08810.1520.07470.00370.06250.15570.0039-0.0210.1570.01620.1592-138.0809325.3173-11.6534
60.34430.05750.12580.6324-0.38430.31170.04620.015-0.005-0.0075-0.0682-0.03090.01510.06490.0220.182-0.0083-0.00430.16840.00510.094-122.5031318.9311-4.3557
70.35150.744-0.47963.4019-1.24250.69490.03440.0136-0.03050.0277-0.0392-0.109-0.03720.0110.00480.19-0.0075-0.03930.1417-0.00560.1778-130.532303.22473.7374
80.9410.81840.22821.25590.14970.21340.2028-0.2493-0.10550.2716-0.20320.0117-0.00770.08040.00040.2459-0.0918-0.04540.23010.04850.0488-119.1443310.035616.79
94.7643-7.1082-2.252118.95093.13821.07050.2827-0.7517-0.4882-0.2918-0.525-0.1155-0.14530.39870.24220.2663-0.0699-0.12330.44110.23850.1623-107.6925306.86923.7888
100.90430.924-0.02261.15580.10190.07570.2129-0.351-0.29160.2426-0.2758-0.19380.02030.06610.06290.2604-0.0691-0.07230.24230.12560.1579-126.9877295.139720.345
110.51720.5881-0.31070.756-0.1280.84260.3619-0.2834-0.15340.5166-0.4001-0.19520.130.04880.03820.4337-0.2276-0.13630.34530.09740.0508-116.0062308.973828.3741
121.61290.9015-0.3913.25180.77861.0170.2606-0.395-0.05380.2337-0.15710.2661-0.1115-0.0507-0.10350.2787-0.16230.07250.24070.06410.1279-141.5856303.982527.1501
131.5575-0.3336-0.40660.7692-0.34410.3793-0.00980.1594-0.1238-0.0393-0.03080.04040.0241-0.00110.04060.24280.0134-0.01490.23350.02670.0187-131.7176247.5805-8.4135
141.98941.92350.86446.18283.53382.4691-0.04160.03240.02630.15010.1137-0.13980.0520.1557-0.07210.1910.0134-0.01130.18850.01920.0568-129.6208258.77657.9272
151.6452-0.19230.20040.7672-0.26180.58680.02120.00280.0996-0.0191-0.0094-0.0423-0.04030.0824-0.01180.1822-0.00680.00560.19820.01220.0377-109.9397261.5055.0509
162.19390.62041.40550.6453-0.37212.2885-0.14340.35510.0771-0.10310.1035-0.0362-0.04840.1450.03990.1868-0.00780.05510.30150.06390.0887-106.9987261.505-9.8004
171.06430.50970.30370.29910.19450.5614-0.04780.28410.0192-0.10670.0873-0.00340.02610.165-0.03950.22290.0095-0.00430.27180.02590.0089-120.7553255.9682-14.3562
181.2595-1.0191-0.63851.77690.6490.84120.05380.20340.1582-0.1052-0.03750.11360.03270.0565-0.01630.1944-0.0116-0.03130.18910.04990.0914-131.9764263.6581-2.399
190.37060.19440.09550.3318-0.00180.0437-0.00590.12870.0398-0.04930.01420.09160.03810.0201-0.00830.215-0.0062-0.020.21720.00970.0727-138.6669248.9276-8.4583
200.44350.7104-0.1741.7882-0.09190.1592-0.05980.09420.0208-0.0447-0.00650.1340.0558-0.01750.06640.18840.0123-0.02660.20210.02530.1135-145.1473245.7897-7.3128
210.4435-1.32750.46065.7495-1.96050.6690.11260.0270.0584-0.31710.02630.42270.1133-0.0097-0.13890.1414-0.00110.00030.17680.02460.2165-149.4403270.13156.6642
220.47350.10660.09320.92140.29450.53720.00540.0123-0.00360.0582-0.01180.05940.0870.02230.00640.1646-0.0080.00440.15840.02760.1179-143.4767245.68686.3702
232.52290.5301-1.01852.1467-1.25055.2408-0.09580.00340.24830.2947-0.11510.14770.0548-0.35060.21090.1861-0.01010.01370.1504-0.03610.1652-147.1453250.621818.402
240.9533-0.9306-0.35521.89150.61640.697-0.0385-0.14060.04720.22950.002-0.01570.08090.01340.03650.2195-0.0149-0.00680.19720.02520.0509-142.5416250.454919.5543
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A28 - 55
2X-RAY DIFFRACTION2A64 - 84
3X-RAY DIFFRACTION3A85 - 129
4X-RAY DIFFRACTION4A130 - 185
5X-RAY DIFFRACTION5A186 - 217
6X-RAY DIFFRACTION6A218 - 335
7X-RAY DIFFRACTION7A336 - 375
8X-RAY DIFFRACTION8A376 - 450
9X-RAY DIFFRACTION9A451 - 464
10X-RAY DIFFRACTION10A465 - 517
11X-RAY DIFFRACTION11A518 - 546
12X-RAY DIFFRACTION12A547 - 640
13X-RAY DIFFRACTION13B28 - 63
14X-RAY DIFFRACTION14B64 - 86
15X-RAY DIFFRACTION15B87 - 185
16X-RAY DIFFRACTION16B186 - 239
17X-RAY DIFFRACTION17B240 - 335
18X-RAY DIFFRACTION18B336 - 375
19X-RAY DIFFRACTION19B376 - 425
20X-RAY DIFFRACTION20B426 - 487
21X-RAY DIFFRACTION21B488 - 504
22X-RAY DIFFRACTION22B505 - 587
23X-RAY DIFFRACTION23B588 - 602
24X-RAY DIFFRACTION24B603 - 642

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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