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万見
- PDB-4miw: High-resolution structure of the N-terminal endonuclease domain o... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4miw
タイトルHigh-resolution structure of the N-terminal endonuclease domain of the Lassa virus L polymerase
要素RNA-directed RNA polymerase L
キーワードViral Protein / Transferase / beta sheet / helix / Endoribonuclease type II / endonuclease
機能・相同性
機能・相同性情報


negative stranded viral RNA replication / cap snatching / virion component / host cell / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / host cell cytoplasm / hydrolase activity / RNA-directed RNA polymerase / nucleotide binding / RNA-directed RNA polymerase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Arenavirus RNA polymerase / RNA polymerase, arenaviral / RNA endonuclease, cap-snatching / Arenavirus RNA polymerase / Arenavirus cap snatching domain / : / RNA-directed RNA polymerase, negative-strand RNA virus / RdRp of negative ssRNA viruses with segmented genomes catalytic domain profile. / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA-directed RNA polymerase L
類似検索 - 構成要素
生物種Lassa virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.72 Å
データ登録者Wallat, G.D. / Huang, Q. / Wang, W. / Dong, H. / Ly, H. / Liang, Y. / Dong, C.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2014
タイトル: High-resolution structure of the N-terminal endonuclease domain of the lassa virus L polymerase in complex with magnesium ions.
著者: Wallat, G.D. / Huang, Q. / Wang, W. / Dong, H. / Ly, H. / Liang, Y. / Dong, C.
履歴
登録2013年9月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA-directed RNA polymerase L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,3603
ポリマ－20,3111
非ポリマー492
水2,846158
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.720, 57.720, 134.510
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 RNA-directed RNA polymerase L / Protein L


分子量: 20311.367 Da / 分子数: 1 / 断片: L-N terminal domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lassa virus (ウイルス) / 株: josah / 遺伝子: L / プラスミド: pHISTEV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6GWS2, RNA-directed RNA polymerase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.98 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 100mM Tris-Hcl, pH8-9.5, 250 mM MgSO4 and 10% PEG10000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
PH範囲: 8-9

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9798 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年5月6日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.72→53.05 Å / Num. obs: 22935 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 9.3 % / Biso Wilson estimate: 23 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 23.7
反射 シェル解像度: 1.72→1.8 Å / 冗長度: 9.7 % / Rmerge(I) obs: 0.579 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Rsym value: 0.57 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8_1069精密化
PHASES位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
DNAデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3JSB

3jsb


解像度: 1.72→40.814 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU ML: 0.14 / σ(F): 0 / 位相誤差: 16.95 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1783 1233 5.1 %
Rwork0.1654 --
obs0.1661 24166 96.66 %
all-23100 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 17.864 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.46 Å20 Å20 Å2
2--3.46 Å20 Å2
3----6.93 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.02 Å0.03 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.06 Å0.025 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.72→40.814 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1372 0 2 158 1532
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011410
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.121907
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.961544
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.063220
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005246
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.72-1.78890.25781210.19552354X-RAY DIFFRACTION91
1.7889-1.87030.20911410.17662484X-RAY DIFFRACTION96
1.8703-1.96890.18571430.16262482X-RAY DIFFRACTION97
1.9689-2.09230.18041280.15092523X-RAY DIFFRACTION97
2.0923-2.25380.17661510.14732511X-RAY DIFFRACTION97
2.2538-2.48060.17861450.14612542X-RAY DIFFRACTION97
2.4806-2.83950.16551240.15972596X-RAY DIFFRACTION98
2.8395-3.57710.18661400.15972640X-RAY DIFFRACTION98
3.5771-40.82570.1691400.18072801X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.9071-0.61192.20572.9433-1.25297.8607-0.2586-0.53940.26720.13720.0483-0.3589-0.49770.57940.15810.22840.1431-0.0430.3973-0.0790.2762-12.0826-7.080731.4294
23.3793-0.6707-0.4762.2252-1.26954.65760.03110.1328-0.2471-0.2583-0.05280.04140.453-0.0818-0.08450.12530.0557-0.00150.13490.01440.1588-14.8635-15.048123.8717
32.7785-0.1409-1.79680.7854-0.32314.1549-0.1174-0.2175-0.27790.13410.0474-0.0239-0.1342-0.1041-0.06710.08230.0515-0.00920.1243-0.01560.1426-5.1977-16.693523.8613
47.58534.9288-0.33653.8860.62291.0406-0.00940.22810.4131-0.1612-0.03580.37180.0337-0.4874-0.04120.0720.004-0.01440.1608-0.00510.1107-6.0711-19.79719.1184
50.8026-0.15440.86240.5315-0.20992.74820.04950.0402-0.2896-0.17090.22120.16130.484-0.02590.02380.1357-0.0631-0.03220.1036-0.01860.1278-4.1616-28.94951.7887
61.0357-0.15060.94490.8109-0.4544.5638-0.06350.1252-0.0479-0.0520.03020.0101-0.20080.26180.03320.0561-0.0341-0.00360.1165-0.01090.08673.6863-20.45958.6091
71.50520.24251.20881.40230.11624.25080.04010.3261-0.3107-0.0921-0.0259-0.11910.58960.4826-0.06690.07410.01770.02250.1326-0.03340.11879.1262-27.4189.0493
86.9606-2.70292.03553.0484-1.46552.5594-0.1378-0.27580.6802-0.07260.3769-0.0259-0.2388-0.06240.16230.20710.0077-0.10030.1224-0.07030.22422.4588-10.198423.7213
94.1402-0.01820.92041.2411-0.10231.5592-0.3758-0.86830.04540.33760.1329-0.0397-0.2731-0.14970.1260.14240.1545-0.19950.3719-0.10530.1345-3.1108-11.342235.4628
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 19 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 20 through 34 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 35 through 58 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 59 through 68 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 69 through 89 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 90 through 108 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 109 through 144 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 145 through 153 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 154 through 170 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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