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- PDB-4mir: The structure of Brucella abortus PliC in the hexagonal crystal form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mir
タイトルThe structure of Brucella abortus PliC in the hexagonal crystal form
要素Putative uncharacterized protein
キーワードHYDROLASE INHIBITOR / lysozyme
機能・相同性C-type lysozyme inhibitor / Membrane-bound lysozyme-inhibitor of c-type lysozyme / C-type lysozyme inhibitor / C-type lysozyme inhibitor superfamily / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta / membrane / C-type lysozyme inhibitor domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Brucella abortus bv. 1 (ウシ流産菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Ha, N.C. / Um, S.H. / Kim, J.S.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: Structural basis for the inhibition of human lysozyme by PliC from Brucella abortus
著者: Um, S.H. / Kim, J.S. / Kim, K. / Kim, N. / Cho, H.S. / Ha, N.C.
履歴
登録2013年9月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年7月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein
B: Putative uncharacterized protein
C: Putative uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9413
ポリマ－31,9413
非ポリマー00
水2,360131
1
A: Putative uncharacterized protein

A: Putative uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,2942
ポリマ－21,2942
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_565x,x-y+1,-z+1/61
Buried area3120 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area10120 Å2
手法PISA
2
B: Putative uncharacterized protein
C: Putative uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,2942
ポリマ－21,2942
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2820 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area10290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.395, 58.395, 364.763
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-253-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Putative uncharacterized protein


分子量: 10646.972 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 27-121 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Brucella abortus bv. 1 (ウシ流産菌)
株: 9-941 / 遺伝子: BruAb1_0462 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q57ES7
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 131 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.23 %
結晶化温度: 287.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.1M sodium acetate, 2.0M ammonium sulfate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 287.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月5日
放射モノクロメーター: double mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→20 Å / Num. all: 15664 / Num. obs: 15422 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル
解像度 (Å)Diffraction-ID% possible all
2.4-2.44197.5
2.44-2.49198
2.49-2.53198.7
2.53-2.58198.6
2.58-2.64198.2
2.64-2.7198.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
DENZOデータ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→19.752 Å / SU ML: 0.35 / σ(F): 1.52 / 位相誤差: 22.73 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2703 764 4.96 %RANDOM
Rwork0.2072 ---
obs0.2103 15406 99.04 %-
all-15555 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→19.752 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2203 0 0 131 2334
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082242
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1553041
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.226809
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073359
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005377
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.4-2.5850.33871420.2566280999
2.585-2.84440.29261640.2396280799
2.8444-3.25440.31661550.224289099
3.2544-4.09420.25631560.1915291999
4.0942-19.7530.2311470.1883217100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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