PDB-4mi2: Crystal structure of putative Enoyl-CoA hydratase/isomerase from ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4mi2

タイトル

Crystal structure of putative Enoyl-CoA hydratase/isomerase from Mycobacterium abscessus

要素

Putative enoyl-CoA hydratase/isomerase

キーワード

ISOMERASE / SSGCID / NIH / NIAID / SBRI / EMERALD BIO / PHENYLACETATE DEGRADATION / PHENYLETHYLAMINE DEGRADATION / Structural Genomics / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

Lyase 2-enoyl-coa Hydratase, Chain A, domain 2 / Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2 / Enoyl-CoA hydratase, C-terminal / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Mycobacterium abscessus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of putative Enoyl-CoA hydratase/isomerase from Mycobacterium abscessus
著者: Davies, D.R. / Lukacs, C. / Lorimer, D. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2013年8月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年9月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4mi2.cif.gz	279.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4mi2.ent.gz	229.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4mi2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mi/4mi2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mi/4mi2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4zdc-d 2ppy-2 3m6n-d 3myb-d 3oc7-1 2fw2-3 3kqf-1 3hin-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-MyabA.00305.c

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative enoyl-CoA hydratase/isomerase

B: Putative enoyl-CoA hydratase/isomerase

C: Putative enoyl-CoA hydratase/isomerase

82.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	94.920, 94.920, 195.370
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

詳細

THE ASYMMETRIC UNIT IS THE SAME AS THE BIOLOGICAL ASSEMBLY

#1: タンパク質	Putative enoyl-CoA hydratase/isomerase 分子量: 27367.086 Da / 分子数: 3 / 断片: PUTATIVE ENOYL-COA HYDRATASE/ISOMERASE / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium abscessus (バクテリア) 株: ATCC 19977 / 遺伝子: MAB_0905 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: B1MJ43, 2-(1,2-epoxy-1,2-dihydrophenyl)acetyl-CoA isomerase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 301 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Putative enoyl-CoA hydratase/isomerase

分子量: 27367.086 Da / 分子数: 3 / 断片: PUTATIVE ENOYL-COA HYDRATASE/ISOMERASE / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Mycobacterium abscessus (バクテリア)
株: ATCC 19977 / 遺伝子: MAB_0905 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: B1MJ43, 2-(1,2-epoxy-1,2-dihydrophenyl)acetyl-CoA isomerase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 301 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.1 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: EBS INTERNAL TRACKING NUMBER 500 MM NACL, 2 MM DTT, 0.025% SODIUM AZIDE, 5% GLYCEROL, 0.4 UL X 0.4 UL DROP WITH MORPHEUS SCREEN CONDITION E12: 0.12 M DI -ETHYLENEGLYCOL; TRI-ETHYLENEGLYCOL, ...詳細: EBS INTERNAL TRACKING NUMBER 500 MM NACL, 2 MM DTT, 0.025% SODIUM AZIDE, 5% GLYCEROL, 0.4 UL X 0.4 UL DROP WITH MORPHEUS SCREEN CONDITION E12: 0.12 M DI -ETHYLENEGLYCOL; TRI-ETHYLENEGLYCOL, TETRA-ETHYLENEGLYCOL AND PENTA-ETHYLENEGLYCOL, 0.1 M BUFFER SYSTEM 3 (TRIS BASE, BICINE, PH 8.5), 37.5% MPD/PEG 1000/ PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 289K

結晶

マシュー密度: 2.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.1 %

結晶化

温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: EBS INTERNAL TRACKING NUMBER 500 MM NACL, 2 MM DTT, 0.025% SODIUM AZIDE, 5% GLYCEROL, 0.4 UL X 0.4 UL DROP WITH MORPHEUS SCREEN CONDITION E12: 0.12 M DI -ETHYLENEGLYCOL; TRI-ETHYLENEGLYCOL, ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97625, 0.9774

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月1日

放射

モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97625	1
2	0.9774	1

反射

最高解像度: 2.3 Å / Num. obs: 40335 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 29.93 Å² / R_merge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 15.31

反射シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / R_merge(I) obs: 0.465 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER		位相決定
REFMAC	5.7.0032	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.3→47.51 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.924 / SU B: 10.107 / SU ML: 0.126 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.262 / ESU R Free: 0.195 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.213	2019	5 %	RANDOM
R_work	0.179	-	-	-
obs	0.181	40335	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.79 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.26 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.26 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.53 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→47.51 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5515	0	0	301	5816

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.019	5623
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	5450
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.098	1.964	7682
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.77	3	12420
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.853	5	787
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.464	23.412	211
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.815	15	793
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.814	15	45
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.06	0.2	930
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	6631
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1220
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.501	1.254	3136
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.501	1.254	3135
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.906	1.877	3918
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.287	141	-
R_work	0.216	2803	-
obs	-	-	99.83 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5568	0.1441	0.5605	0.2575	-0.1011	1.5085	0.0202	-0.1026	0.0878	0.0618	-0.0547	0.0354	-0.2514	-0.1987	0.0345	0.1464	0.0074	0.0468	0.0595	-0.0281	0.1321	0.4177	29.5027	53.4307
2	0.6344	0.0408	0.7687	0.2405	-0.2154	3.616	0.0873	-0.0709	0.0473	0.0743	-0.0478	0.1142	-0.0469	-0.3048	-0.0395	0.1333	-0.0308	0.0625	0.0736	-0.009	0.1167	0.9004	19.4484	56.5496
3	0.3224	-0.0282	0.2033	0.187	-0.2122	1.3477	0.1191	-0.0526	0.048	0.0199	-0.0484	0.0721	-0.0355	0.0834	-0.0707	0.1303	-0.0412	0.0277	0.0928	-0.0042	0.1243	14.5112	20.3261	50.5323
4	0.2239	0.1754	0.211	0.3389	0.2875	0.8448	0.0134	0.0024	-0.0029	-0.0623	-0.0098	0.009	-0.0602	-0.0091	-0.0036	0.0849	0.0143	0.0173	0.0909	0.0281	0.1308	1.8199	17.2973	32.8027
5	1.0408	-0.6067	-0.7954	1.0365	0.1215	0.7919	-0.0734	0.1389	-0.0476	-0.0592	0.0437	0.0089	0.0757	-0.1463	0.0296	0.1632	-0.0226	0.0117	0.1451	-0.0317	0.0654	10.6094	-3.9901	12.2721
6	0.6241	-0.4076	-0.0832	0.3534	0.1656	0.4757	0.0053	0.0262	0.0128	-0.0654	0.0277	-0.016	0.0375	-0.0069	-0.033	0.1173	-0.0089	0.0189	0.1073	0.0063	0.1081	7.3511	2.6276	22.7031
7	0.2097	-0.2657	0.2796	0.6471	-0.2536	1.0688	-0.0265	-0.0357	0.026	-0.0215	0.1139	-0.0409	0.0443	0.1258	-0.0874	0.0704	0.0254	0.0428	0.1168	-0.0154	0.114	20.9853	-0.9576	31.0343
8	5.265	-1.6385	2.0982	0.5189	-0.7205	1.3471	0.2608	-0.2583	-0.072	-0.1415	0.0031	0.0515	0.5174	0.2796	-0.2638	0.3605	0.3014	-0.1333	0.3064	-0.1344	0.1276	33.2517	-18.6365	33.6484
9	0.0481	-0.0593	0.0308	1.434	0.6415	1.4494	-0.0241	-0.05	-0.0217	0.1465	-0.0266	-0.0652	0.1767	0.4327	0.0507	0.0494	0.0957	-0.0122	0.3198	0.0388	0.0967	36.6586	-7.487	55.0303
10	0.151	-0.0294	-0.3788	0.5676	0.3019	1.2318	0.0133	-0.0348	-0.0143	0.0159	-0.0895	-0.0591	-0.0185	0.1586	0.0762	0.0496	0.0511	-0.0088	0.1656	0.0024	0.1248	29.1257	-0.9143	46.8805
11	0.8566	-0.1395	-0.2263	1.1991	0.9498	2.546	0.0245	-0.0036	0.1412	-0.0859	0.0939	-0.1287	-0.109	0.3327	-0.1183	0.0488	-0.0176	-0.0306	0.1546	0.0135	0.0779	32.3928	10.448	48.7542
12	1.3141	0.2328	0.5542	1.1183	0.4774	0.8621	-0.0096	-0.1112	-0.0064	0.1236	-0.0045	0.0731	0.1271	0.0483	0.0141	0.1057	-0.0397	0.0063	0.1077	-0.0118	0.0725	14.2472	14.5101	63.9345

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	8 - 79
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	80 - 110
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	111 - 171
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	172 - 267
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	8 - 37
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	38 - 171
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	172 - 238
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	239 - 267
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	8 - 90
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	91 - 169
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	170 - 215
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	216 - 267

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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