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- PDB-4mgu: Crystal structure of Acheta domesticus Densovirus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mgu
タイトルCrystal structure of Acheta domesticus Densovirus
要素
  • DNA (5'-D(P*TP*TP*T)-3')
  • Structural protein VP2
キーワードVIRUS/DNA / Virus / Jelly-Roll / DNV / VIRUS-DNA complex
機能・相同性Capsid protein VP4 / Capsid protein VP4 / Capsid/spike protein, ssDNA virus / structural molecule activity / DNA / Structural protein VP2
機能・相同性情報
生物種Acheta domestica densovirus (ウイルス)
Acheta domesticus (昆虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Meng, G. / Rossmann, M.G.
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2013
タイトル: The structure and host entry of an invertebrate parvovirus.
著者: Geng Meng / Xinzheng Zhang / Pavel Plevka / Qian Yu / Peter Tijssen / Michael G Rossmann /
要旨: The 3.5-Å resolution X-ray crystal structure of mature cricket parvovirus (Acheta domesticus densovirus [AdDNV]) has been determined. Structural comparisons show that vertebrate and invertebrate ...The 3.5-Å resolution X-ray crystal structure of mature cricket parvovirus (Acheta domesticus densovirus [AdDNV]) has been determined. Structural comparisons show that vertebrate and invertebrate parvoviruses have evolved independently, although there are common structural features among all parvovirus capsid proteins. It was shown that raising the temperature of the AdDNV particles caused a loss of their genomes. The structure of these emptied particles was determined by cryo-electron microscopy to 5.5-Å resolution, and the capsid structure was found to be the same as that for the full, mature virus except for the absence of the three ordered nucleotides observed in the crystal structure. The viral protein 1 (VP1) amino termini could be externalized without significant damage to the capsid. In vitro, this externalization of the VP1 amino termini is accompanied by the release of the viral genome.
履歴
登録2013年8月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月27日Group: Database references
改定 1.22013年12月18日Group: Refinement description
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Structural protein VP2
C: DNA (5'-D(P*TP*TP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7152
ポリマ－47,7152
非ポリマー00
水00
1
A: Structural protein VP2
C: DNA (5'-D(P*TP*TP*T)-3')
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,862,908120
ポリマ－2,862,908120
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Structural protein VP2
C: DNA (5'-D(P*TP*TP*T)-3')
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 239 kDa, 10 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)238,57610
ポリマ－238,57610
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: Structural protein VP2
C: DNA (5'-D(P*TP*TP*T)-3')
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 286 kDa, 12 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)286,29112
ポリマ－286,29112
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
A: Structural protein VP2
C: DNA (5'-D(P*TP*TP*T)-3')
x 30


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 1.43 MDa, 60 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,431,45460
ポリマ－1,431,45460
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation29
単位格子
Length a, b, c (Å)415.469, 415.469, 281.930
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
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52generate(-0.970722, 0.135063, -0.198493), (0.135063, -0.376318, -0.916583), (-0.198493, -0.916583, 0.34704)156.1157, 419.9058, 308.72
53generate(-0.955838, 0.173973, 0.236747), (0.173973, -0.314188, 0.933273), (0.236747, 0.933273, 0.270027)142.3593, 396.4136, -317.8333
54generate(-0.313873, 0.174207, 0.933335), (0.174207, -0.95574, 0.236973), (0.933336, 0.236973, 0.269613)77.5723, 598.4697, -168.728
55generate(0.223341, -0.565803, -0.79368), (-0.565803, -0.738296, 0.367105), (-0.79368, 0.367105, -0.485045)256.5111, 604.5747, -35.6258
56generate(-0.7373, -0.566808, 0.367556), (-0.566808, 0.223034, -0.79305), (0.367556, -0.79305, -0.485734)353.665, 301.8705, 212.7481
57generate(-0.76146, -0.551707, -0.340265), (-0.551707, 0.276091, 0.786979), (-0.340265, 0.786979, -0.51463)351.3439, 283.6362, -213.5872
58generate(0.277315, -0.551328, 0.786814), (-0.551328, -0.762016, -0.339634), (0.786814, -0.339634, -0.515299)246.5108, 610.587, 27.665
59generate(0.000687, -1, -0.000297), (-1, -0.000687, 0.000297), (-0.000297, 0.000297, -1)415.7216, 416.0073, -0.0635
60generate(-0.999417, 0.000573, 0.034125), (0.000573, -0.999437, 0.033555), (0.034125, 0.033555, 0.998854)201.3708, 629.7368, -14.0094

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要素

#1: タンパク質 Structural protein VP2


分子量: 46847.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Acheta domestica densovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: F2Y986
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*TP*T)-3')


分子量: 867.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: DNV / 由来: (天然) Acheta domesticus (昆虫)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 10

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% PEG 200, 200mM MgCl2, 100mM Tris, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→40 Å / Num. all: 167669 / Num. obs: 306064 / % possible obs: 45 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2

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解析

ソフトウェア
名称分類
MAR345dtbデータ収集
GLRF位相決定
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.5→40 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.29 13228 Random
Rwork0.29 --
all0.29 421816 -
obs0.29 236217 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2946 59 0 0 3005

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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