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- PDB-4mf5: Crystal structure of glutathione transferase BgramDRAFT_1843 from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mf5
タイトルCrystal structure of glutathione transferase BgramDRAFT_1843 from Burkholderia graminis, Target EFI-507289, with traces of one GSH bound
要素Glutathione S-transferase domain
キーワードTRANSFERASE / glutathione S-transferase / Enzyme Function Initiative / EFI / structural genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; 含硫化合物に対し酸化酵素として働く; ジスルフィドが電子受容体 / transferase activity / oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily ...Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / GLUTATHIONE / Disulfide-bond oxidoreductase YghU
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia graminis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.11 Å
データ登録者Patskovsky, Y. / Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Stead, M. / Washington, E. ...Patskovsky, Y. / Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Stead, M. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hammonds, J. / Hillerich, B. / Love, J. / Seidel, R.D. / Imker, H.J. / Gerlt, J.A. / Armstrong, R.N. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of glutathione transferase BgramDRAFT_1843 from Burkholderia graminis, Target EFI-507289, with traces of one GSH bound
著者: Patskovsky, Y. / Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Stead, M. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, ...著者: Patskovsky, Y. / Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Stead, M. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hammonds, J. / Hillerich, B. / Love, J. / Seidel, R.D. / Imker, H.J. / Gerlt, J.A. / Armstrong, R.N. / Almo, S.C.
履歴
登録2013年8月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年9月11日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutathione S-transferase domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2284
ポリマ－28,8291
非ポリマー3993
水6,431357
1
A: Glutathione S-transferase domain
ヘテロ分子

A: Glutathione S-transferase domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,4568
ポリマ－57,6582
非ポリマー7996
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_554-y,-x,-z-1/21
Buried area5580 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area19410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.088, 84.088, 78.017
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Glutathione S-transferase domain


分子量: 28828.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia graminis (バクテリア)
株: C4D1M / 遺伝子: BgramDRAFT_1843 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B1FXZ2, glutathione transferase
#2: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#3: 化合物 ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン


分子量: 307.323 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N3O6S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 357 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.58 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: protein in 10 mM HEPES, pH 7.5, 150 mM sodium chloride, 5% glycerol, reservoir: 3.5 M sodium formate, pH 7.0, cryoprotectant: 20% glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月16日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.11→50 Å / Num. obs: 109376 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -5 / 冗長度: 13.9 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rsym value: 0.091 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル解像度: 1.11→1.13 Å / 冗長度: 11.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 81.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0049精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4IKH

4ikh


解像度: 1.11→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.984 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.983 / SU B: 0.656 / SU ML: 0.014 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.021 / ESU R Free: 0.021 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.12736 3274 3 %RANDOM
Rwork0.11326 ---
obs0.11369 105992 99.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.564 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.07 Å2-0 Å20 Å2
2---0.07 Å2-0 Å2
3---0.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.11→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1888 0 20 357 2265
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0191992
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.021925
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5171.9832711
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.85234398
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4865247
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.13523.8394
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.40415322
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.2831514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2285
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0212283
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.02467
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.151.231961
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.1491.232962
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.961.8481202
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.0511.8541203
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.461.551031
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.4611.551029
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.892.1961504
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.4856.4722741
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.4846.4732742
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr10.633917
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free52.39363
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded11.68534161
LS精密化 シェル解像度: 1.11→1.142 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.239 213 -
Rwork0.22 7695 -
obs--99.53 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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