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万見
- PDB-4mer: Crystal structure of the novel protein and virulence factor sHIP ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mer
タイトルCrystal structure of the novel protein and virulence factor sHIP (Q99XU0) from Streptococcus pyogenes
要素streptococcal Histidine-rich glycoprotein Interacting Protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / helix / tetramer
機能・相同性Protein of unknown function DUF4298 / Domain of unknown function (DUF4298) / identical protein binding / DUF4298 domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.41 Å
データ登録者Wisniewska, M. / Happonen, L. / Frick, M.-I. / Bjorck, L. / Streicher, W. / Malmstrom, J. / Wikstrom, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Functional and Structural Properties of a Novel Protein and Virulence Factor (Protein sHIP) in Streptococcus pyogenes.
著者: Wisniewska, M. / Happonen, L. / Kahn, F. / Varjosalo, M. / Malmstrom, L. / Rosenberger, G. / Karlsson, C. / Cazzamali, G. / Pozdnyakova, I. / Frick, I.M. / Bjorck, L. / Streicher, W. / ...著者: Wisniewska, M. / Happonen, L. / Kahn, F. / Varjosalo, M. / Malmstrom, L. / Rosenberger, G. / Karlsson, C. / Cazzamali, G. / Pozdnyakova, I. / Frick, I.M. / Bjorck, L. / Streicher, W. / Malmstrom, J. / Wikstrom, M.
履歴
登録2013年8月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年5月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年6月25日Group: Database references
改定 1.22014年7月16日Group: Database references
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: streptococcal Histidine-rich glycoprotein Interacting Protein
B: streptococcal Histidine-rich glycoprotein Interacting Protein
C: streptococcal Histidine-rich glycoprotein Interacting Protein
D: streptococcal Histidine-rich glycoprotein Interacting Protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,1724
ポリマ－46,1724
非ポリマー00
水99155
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12720 Å2
ΔGint-144 kcal/mol
Surface area21250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.547, 111.222, 51.136
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.02, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / End auth comp-ID: MET / End label comp-ID: MET / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERAA1 - 981 - 98
21SERSERBB1 - 981 - 98
12LYSLYSAA3 - 983 - 98
22LYSLYSCC3 - 983 - 98
13SERSERAA1 - 981 - 98
23SERSERDD1 - 981 - 98
14LYSLYSBB3 - 983 - 98
24LYSLYSCC3 - 983 - 98
15SERSERBB1 - 981 - 98
25SERSERDD1 - 981 - 98
16LYSLYSCC3 - 983 - 98
26LYSLYSDD3 - 983 - 98

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
streptococcal Histidine-rich glycoprotein Interacting Protein / sHIP


分子量: 11543.016 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
株: AP1 / 遺伝子: M5005_Spy1730, SPy_2034 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99XU0
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.61 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% PEG3350, 0.2 M sodium malonate, 0.1 M Bis-Tris propane, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月8日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.41→50 Å / Num. all: 20497 / Num. obs: 20249 / % possible obs: 98 %
反射 シェル解像度: 2.41→2.5 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
autoSHARP位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.41→48.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / SU B: 8.514 / SU ML: 0.195 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.387 / ESU R Free: 0.268 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26917 1013 5 %RANDOM
Rwork0.22876 ---
obs0.23077 19235 98.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 52.296 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.1 Å2-0 Å23.12 Å2
2---1.44 Å20 Å2
3----1.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.41→48.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3093 0 0 55 3148
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0193160
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.022926
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6541.9714270
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.46636760
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6445368
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.63525.74169
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.04315562
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.169158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2459
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0213547
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.02705
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A46200.17
12B46200.17
21A42800.16
22C42800.16
31A45940.18
32D45940.18
41B42690.17
42C42690.17
51B46120.16
52D46120.16
61C41720.18
62D41720.18
LS精密化 シェル解像度: 2.41→2.47 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.369 74 -
Rwork0.306 1399 -
obs--95.34 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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