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登録情報
データベース: PDB / ID: 4mds
タイトルDiscovery of N-(benzo[1,2,3]triazol-1-yl)-N-(benzyl)acetamido)phenyl) carboxamides as severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS-CoV) 3CLpro inhibitors: identification of ML300 and non-covalent nanomolar inhibitors with an induced-fit binding
要素3C-like proteinase
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / chymotrypsin-like / protease / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Assembly of the SARS-CoV-1 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / Transcription of SARS-CoV-1 sgRNAs / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / K48-linked deubiquitinase activity / Replication of the SARS-CoV-1 genome / K63-linked deubiquitinase activity / host cell endoplasmic reticulum / SARS-CoV-1 modulates host translation machinery / viral genome replication ...Assembly of the SARS-CoV-1 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / Transcription of SARS-CoV-1 sgRNAs / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / K48-linked deubiquitinase activity / Replication of the SARS-CoV-1 genome / K63-linked deubiquitinase activity / host cell endoplasmic reticulum / SARS-CoV-1 modulates host translation machinery / viral genome replication / methyltransferase activity / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / double membrane vesicle viral factory outer membrane / SARS coronavirus main proteinase / host cell endosome / symbiont-mediated degradation of host mRNA / mRNA guanylyltransferase / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / G-quadruplex RNA binding / omega peptidase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / host cell Golgi apparatus / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / endonuclease activity / ubiquitinyl hydrolase 1 / methylation / cysteine-type deubiquitinase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / host cell perinuclear region of cytoplasm / single-stranded RNA binding / viral protein processing / lyase activity / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / induction by virus of host autophagy / viral translational frameshifting / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / proteolysis / zinc ion binding / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Non-structural protein 3, SUD-N macrodomain, SARS-CoV / main proteinase (3clpro) structure, domain 3 / main proteinase (3clpro) structure, domain 3 / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain, betacoronavirus / Sarbecovirus Nsp3c-N domain profile. / Non-structural protein NSP3, N-terminal, betacoronavirus / Polyprotein cleavage domain PL2pro superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus SUD-C domain / Betacoronavirus replicase NSP3, N-terminal ...Non-structural protein 3, SUD-N macrodomain, SARS-CoV / main proteinase (3clpro) structure, domain 3 / main proteinase (3clpro) structure, domain 3 / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain, betacoronavirus / Sarbecovirus Nsp3c-N domain profile. / Non-structural protein NSP3, N-terminal, betacoronavirus / Polyprotein cleavage domain PL2pro superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus SUD-C domain / Betacoronavirus replicase NSP3, N-terminal / NSP1 globular domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 2, SARS-CoV-like / Trypsin-like serine proteases / Betacoronavirus Nsp3c-M domain profile. / NSP1, globular domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus replicase NSP1 / Betacoronavirus single-stranded poly(A) binding domain / NSP1, C-terminal domain, betacoronavirus / : / Betacoronavirus (BetaCoV) Nsp1 C-terminal domain profile. / Betacoronavirus Nsp3e group 2-specific marker (G2M) domain profile. / Betacoronavirus Nsp3c-C domain profile. / Betacoronavirus Nsp3e nucleic acid-binding (NAB) domain profile. / DPUP/SUD, C-terminal, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3A domain-like superfamily / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 6, betacoronavirus / Betacoronavirus nucleic acid-binding (NAB) / Papain-like viral protease, palm and finger domains, coronavirus / Papain-like protease, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Coronavirus replicase NSP2, N-terminal / : / Coronavirus replicase NSP2, C-terminal / NSP1, globular domain, alpha/betacoronavirus / Coronavirus (CoV) Nsp2 middle domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp1 globular domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 N-terminal domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 C-terminal domain profile. / Nonstructural protein 2, N-terminal domain, coronavirus / Non-structural protein 2, C-terminal domain, coronavirus / : / Coronavirus 3Ecto domain profile. / NSP3, second ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Coronavirus Nsp3a Ubl domain profile. / Coronavirus Nsp3d Ubl domain profile. / : / NSP3, first ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Coronavirus (CoV) Nsp3 Y domain profile. / Coronavirus replicase NSP7 / Peptidase family C16 domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp7 cofactor domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp8 cofactor domain profile. / Coronavirus Nsp9 single-stranded RNA (ssRNA)-binding domain profile. / Coronavirus (CoV) ExoN/MTase coactivator domain profile. / Coronavirus Nsp4 C-terminal (Nsp4C) domain profile. / Peptidase C30, coronavirus / Peptidase C16, coronavirus / Non-structural protein NSP9, coronavirus / Non-structural protein NSP7, coronavirus / Non-structural protein NSP8, coronavirus / RNA synthesis protein NSP10, coronavirus / Non-structural protein NSP4, C-terminal, coronavirus / RNA synthesis protein NSP10 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP9 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP7 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP8 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP4, C-terminal superfamily, coronavirus / Papain-like protease, thumb domain superfamily, coronavirus / Peptidase C30, domain 3, coronavirus / Non-structural protein 6, coronavirus / Coronavirus replicase NSP3, C-terminal / Non-structural protein NSP4, N-terminal, coronavirus / Coronavirus endopeptidase C30 / Coronavirus papain-like peptidase / Coronavirus replicase NSP8 / Coronavirus RNA synthesis protein NSP10 / Coronavirus replicase NSP4, C-terminal / Coronavirus replicase NSP6 / Coronavirus replicase NSP4, N-terminal / Coronavirus replicase NSP3, C-terminal / Coronavirus main protease (M-pro) domain profile. / Coronavirus replicase NSP9 / Thrombin, subunit H / Non-structural protein 3, X-domain-like / Macro domain / Appr-1"-p processing enzyme / Macro domain / Macro domain profile. / Macro domain-like / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-23H / Replicase polyprotein 1a
類似検索 - 構成要素
生物種SARS coronavirus (SARS コロナウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.598 Å
データ登録者Mesecar, A.D. / Grum-Tokars, V.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2013
タイトル: Discovery of N-(benzo[1,2,3]triazol-1-yl)-N-(benzyl)acetamido)phenyl) carboxamides as severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS-CoV) 3CLpro inhibitors: Identification of ML300 ...タイトル: Discovery of N-(benzo[1,2,3]triazol-1-yl)-N-(benzyl)acetamido)phenyl) carboxamides as severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS-CoV) 3CLpro inhibitors: Identification of ML300 and noncovalent nanomolar inhibitors with an induced-fit binding.
著者: Turlington, M. / Chun, A. / Tomar, S. / Eggler, A. / Grum-Tokars, V. / Jacobs, J. / Daniels, J.S. / Dawson, E. / Saldanha, A. / Chase, P. / Baez-Santos, Y.M. / Lindsley, C.W. / Hodder, P. / ...著者: Turlington, M. / Chun, A. / Tomar, S. / Eggler, A. / Grum-Tokars, V. / Jacobs, J. / Daniels, J.S. / Dawson, E. / Saldanha, A. / Chase, P. / Baez-Santos, Y.M. / Lindsley, C.W. / Hodder, P. / Mesecar, A.D. / Stauffer, S.R.
履歴
登録2013年8月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月16日Group: Database references
改定 1.22013年11月6日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3C-like proteinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,1444
ポリマ－33,4721
非ポリマー6723
水7,963442
1
A: 3C-like proteinase
ヘテロ分子

A: 3C-like proteinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,2888
ポリマ－66,9442
非ポリマー1,3446
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_554-x,y,-z-11
Buried area2960 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area26510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.824, 56.244, 53.140
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.13, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-803-

HOH

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要素

#1: タンパク質 3C-like proteinase / 3CL protease / 3CL-PRO / 3CLp / nsp5


分子量: 33472.184 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 3241-3542 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SARS coronavirus (SARS コロナウイルス)
遺伝子: 1a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P0C6U8, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ
#2: 化合物 ChemComp-23H / N-[4-(acetylamino)phenyl]-2-(1H-benzotriazol-1-yl)-N-[(1R)-2-[(2-methylbutan-2-yl)amino]-1-(1-methyl-1H-pyrrol-2-yl)-2-oxoethyl]acetamide


分子量: 515.607 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H33N7O3
#3: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 442 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.29 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 1:1 ratio of enzyme (incubated on ice with 1 mM inhibitor) to crystallization solution (14.5% PEG20000, 50 mM MES, pH 6.0, 50 mM potassium chloride, 1% MPD), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double-crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.598→55.419 Å / Num. all: 43365 / Num. obs: 41370 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル最高解像度: 1.598 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.598→55.419 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 3.579 / SU ML: 0.064 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.09 / ESU R Free: 0.095 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21227 2081 5 %RANDOM
Rwork0.1699 ---
obs0.172 39272 95.26 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.507 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.78 Å20 Å21.15 Å2
2---0.69 Å20 Å2
3---2.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.598→55.419 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2341 0 46 442 2829
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0222487
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4021.9693391
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0615318
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.2624.299107
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.11815400
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.4331512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.2380
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021906
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2020.21104
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3090.21722
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.3060.2299
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X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
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X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
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X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.598→1.64 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 105 -
Rwork0.227 2185 -
obs--71.52 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.70233.9999-0.75973.5986-0.62520.21590.0505-0.0883-0.2543-0.0299-0.0033-0.156-0.08190.0986-0.04720.0718-0.00130.01830.09550.00420.11918.84319.4193-21.7807
24.2818-0.42030.07892.67370.37430.5790.1090.0382-0.3632-0.0295-0.06290.23710.0718-0.0997-0.04610.0593-0.0239-0.01690.03490.01870.1051-11.48811.3916-20.7093
35.3806-2.3380.018611.2476-7.73812.90560.1089-0.3373-0.21120.07110.26421.13070.1745-0.9549-0.37310.0629-0.070.0180.1787-0.0040.2837-24.98116.6365-16.4553
415.28632.53310.97863.5401-0.7080.72680.04930.02920.2519-0.14860.07890.27350.2612-0.13-0.12820.0981-0.0275-0.0440.04240.00010.224-16.4654-5.5176-23.0992
51.6546-1.1154-0.0039.064.06983.06840.2145-0.1202-0.35080.04010.0097-0.09390.1359-0.0098-0.22420.086-0.0433-0.01390.08540.04540.2113-11.744-4.0177-17.1733
63.392-1.4888-0.25695.15680.89730.85920.179-0.1327-0.46760.260.0047-0.39980.10370.0178-0.18370.1002-0.0311-0.03880.0590.11080.1487-0.4874-2.3435-13.5913
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122.74181.56610.59663.52590.46120.90340.0428-0.2550.23410.1756-0.14810.4161-0.0441-0.12790.10530.0767-0.01630.04120.1092-0.01250.0424-11.777817.533-12.5577
139.4886-1.3238-1.08852.61091.02981.3477-0.07930.50070.3712-0.10040.0585-0.2978-0.11830.23480.02080.1205-0.07210.01090.13730.03530.030115.012428.3533-12.0559
1421.82155.7434-8.733720.2379-1.79895.0420.0115-0.4711.05960.18560.1985-0.6361-0.6420.9937-0.210.2901-0.14090.00590.2290.07860.340522.466637.9692-12.5495
157.2119-3.07696.4376.8367-0.702814.4281-0.2723-0.21540.71730.67410.1583-0.3087-0.74190.31650.1140.4305-0.0584-0.07760.1030.00580.19538.017140.0486-3.4218
166.0849-2.53296.32054.2259-3.40016.7518-0.1297-0.41880.13220.19050.07860.1981-0.1-0.22130.05120.2271-0.01690.02720.16630.02110.04037.295329.5825-1.7065
174.3492-2.19911.57315.3688-0.76335.1738-0.18610.03690.55750.23460.0019-0.5278-0.31070.59860.18420.161-0.0929-0.03820.18920.00840.126818.303531.5133-5.1853
186.2829-2.9679-2.46698.60411.71773.26440.02750.51750.5627-1.05460.0972-0.4789-0.6326-0.105-0.12470.4681-0.08670.02510.22160.11120.225414.370238.3066-19.3396
1914.0064-3.04943.02853.9492-1.07176.0043-0.07370.6174-0.3144-0.06950.0207-0.07560.09930.35390.0530.1011-0.08540.02920.1395-0.02720.004611.824222.6963-13.2421
2025.52483.3384-0.943214.58240.728341.96410.639-1.0277-1.0420.1721-0.0823-1.70731.54494.1401-0.55660.22250.15030.02150.6195-0.04240.283321.41316.147-14.0695
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 19
2X-RAY DIFFRACTION2A20 - 46
3X-RAY DIFFRACTION3A47 - 59
4X-RAY DIFFRACTION4A60 - 71
5X-RAY DIFFRACTION5A72 - 88
6X-RAY DIFFRACTION6A89 - 106
7X-RAY DIFFRACTION7A107 - 118
8X-RAY DIFFRACTION8A119 - 133
9X-RAY DIFFRACTION9A134 - 142
10X-RAY DIFFRACTION10A143 - 155
11X-RAY DIFFRACTION11A156 - 173
12X-RAY DIFFRACTION12A174 - 198
13X-RAY DIFFRACTION13A199 - 215
14X-RAY DIFFRACTION14A216 - 222
15X-RAY DIFFRACTION15A223 - 238
16X-RAY DIFFRACTION16A239 - 247
17X-RAY DIFFRACTION17A248 - 271
18X-RAY DIFFRACTION18A272 - 286
19X-RAY DIFFRACTION19A287 - 297
20X-RAY DIFFRACTION20A298 - 303

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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