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- PDB-4mdm: Nido-Carborane Carbonic Anhydrase Inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mdm
タイトルNido-Carborane Carbonic Anhydrase Inhibitor
要素Carbonic anhydrase 2
キーワードLYASE/LYASE INHIBITOR / carbonic anhydrase inhibitor complex / LYASE-LYASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase activity / cyanamide hydratase / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / morphogenesis of an epithelium ...positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase activity / cyanamide hydratase / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / morphogenesis of an epithelium / angiotensin-activated signaling pathway / regulation of intracellular pH / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / carbon dioxide transport / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / neuron cellular homeostasis / apical part of cell / myelin sheath / extracellular exosome / zinc ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Carbonic Anhydrase II / Alpha carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase, alpha-class, conserved site / Alpha-carbonic anhydrases signature. / Carbonic anhydrase, alpha-class / Alpha carbonic anhydrase domain / Alpha carbonic anhydrase domain superfamily / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Alpha-carbonic anhydrases profile. / Eukaryotic-type carbonic anhydrase ...Carbonic Anhydrase II / Alpha carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase, alpha-class, conserved site / Alpha-carbonic anhydrases signature. / Carbonic anhydrase, alpha-class / Alpha carbonic anhydrase domain / Alpha carbonic anhydrase domain superfamily / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Alpha-carbonic anhydrases profile. / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-26E / Carbonic anhydrase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Brynda, J. / Mader, P. / Rezacova, P. / Cigler, P. / Gruner, B.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2013
タイトル: Carborane-based carbonic anhydrase inhibitors.
著者: Brynda, J. / Mader, P. / Sicha, V. / Fabry, M. / Poncova, K. / Bakardiev, M. / Gruner, B. / Cigler, P. / Rezacova, P.
履歴
登録2013年8月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月18日Group: Structure summary
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbonic anhydrase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3673
ポリマ－29,0711
非ポリマー2962
水3,207178
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.010, 41.300, 72.060
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.170, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II


分子量: 29070.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-26E / 7-(sulfamoylamino)methyl-7,8-dicarba-nido-undecaborane


分子量: 230.448 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5B9N2O2S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 41 %

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91573 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91573 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→26.672 Å / Num. all: 34903 / Num. obs: 34903 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 2.9 % / Rsym value: 0.072 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.55-1.592.30.4451.7577425050.44597.2
1.59-1.632.80.3742711025150.374100
1.63-1.682.90.3232.4697124370.32399.9
1.68-1.732.90.2543683223650.254100
1.73-1.792.90.2163.5660022890.216100
1.79-1.852.90.1724.4643422230.17299.9
1.85-1.922.90.1395.4619621480.139100
1.92-22.90.1116.8599820690.11199.8
2-2.092.90.0918.2579319920.09199.9
2.09-2.192.90.089.1552719030.0899.9
2.19-2.312.90.06511.2522217890.065100
2.31-2.452.90.0612.1500317220.06100
2.45-2.622.90.05613469316110.056100
2.62-2.832.90.05312.7435615020.05399.9
2.83-3.12.90.05612407213840.05699.7
3.1-3.472.90.05910.3370112680.05999.8
3.47-42.90.05510.5317710920.05599.6
4-4.92.90.0441427509460.04499.3
4.9-6.932.90.03716.521487390.03798.5
6.93-26.6722.80.03318.811294040.03396.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.16データスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.55→26.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / WRfactor Rfree: 0.2036 / WRfactor Rwork: 0.1691 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.8837 / SU B: 2.88 / SU ML: 0.058 / SU R Cruickshank DPI: 0.0821 / SU Rfree: 0.0838 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.082 / ESU R Free: 0.084 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2011 1758 5 %RANDOM
Rwork0.1672 ---
obs0.169 34889 99.55 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 50.43 Å2 / Biso mean: 19.5592 Å2 / Biso min: 8.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.19 Å20 Å20.11 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→26.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2051 0 18 178 2247
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.022214
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.021503
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6871.9813082
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.22133683
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4655277
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.00524.579107
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.14815364
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.497159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2321
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0212466
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02447
LS精密化 シェル解像度: 1.55→1.59 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.307 117 -
Rwork0.238 2299 -
all-2416 -
obs--96.87 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4712-0.1787-0.22840.9172-0.12570.4143-0.0222-0.06430.0815-0.06770.0531-0.02690.02290.0167-0.03090.0086-0.0032-0.00710.03360.00550.0264-7.2561.12118.082
20.19090.0388-0.25130.47270.00920.3762-0.0231-0.01360.024-0.08660.06050.01620.0238-0.0135-0.03740.0375-0.0112-0.01130.0510.00840.0293-10.404-3.18215.086
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 80
2X-RAY DIFFRACTION2A81 - 261

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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