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- PDB-4mdh: REFINED CRYSTAL STRUCTURE OF CYTOPLASMIC MALATE DEHYDROGENASE AT ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mdh
タイトルREFINED CRYSTAL STRUCTURE OF CYTOPLASMIC MALATE DEHYDROGENASE AT 2.5-ANGSTROMS RESOLUTION
要素CYTOPLASMIC MALATE DEHYDROGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE(NAD(A)-CHOH(D))
機能・相同性
機能・相同性情報


diiodophenylpyruvate reductase / (2R)-hydroxyphenylpyruvate reductase [NAD(P)H] activity / Malate-aspartate shuttle / malate dehydrogenase / L-malate dehydrogenase (NAD+) activity / malate metabolic process / oxaloacetate metabolic process / : / tricarboxylic acid cycle / NAD binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Malate dehydrogenase, NAD-dependent, cytosolic / Malate dehydrogenase, type 2 / Malate dehydrogenase, active site / Malate dehydrogenase active site signature. / L-2-Hydroxyisocaproate Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / L-lactate/malate dehydrogenase / Lactate/malate dehydrogenase, N-terminal / Lactate/malate dehydrogenase, C-terminal / lactate/malate dehydrogenase, NAD binding domain ...Malate dehydrogenase, NAD-dependent, cytosolic / Malate dehydrogenase, type 2 / Malate dehydrogenase, active site / Malate dehydrogenase active site signature. / L-2-Hydroxyisocaproate Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / L-lactate/malate dehydrogenase / Lactate/malate dehydrogenase, N-terminal / Lactate/malate dehydrogenase, C-terminal / lactate/malate dehydrogenase, NAD binding domain / lactate/malate dehydrogenase, alpha/beta C-terminal domain / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Malate dehydrogenase, cytoplasmic
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Birktoft, J.J. / Banaszak, L.J.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1989
タイトル: Refined crystal structure of cytoplasmic malate dehydrogenase at 2.5-A resolution.
著者: Birktoft, J.J. / Rhodes, G. / Banaszak, L.J.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: Comparison of the Molecular Structures of Cytoplasmic and Mitochondrial Malate Dehydrogenase
著者: Birktoft, J.J. / Fu, Z. / Carnahan, G.E. / Rhodes, G. / Roderick, S.L. / Banaszak, L.J.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1987
タイトル: Structure of Porcine Heart Cytoplasmic Malate Dehydrogenase. Combining X-Ray Diffraction and Chemical Sequence Data in Structural Studies
著者: Birktoft, J.J. / Bradshaw, R.A. / Banaszak, L.J.
#3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1983
タイトル: The Presence of a Histidine-Aspartic Acid Pair in the Active Site of 2-Hydroxyacid Dehydrogenases. X-Ray Refinement of Cytoplasmic Malate Dehydrogenase
著者: Birktoft, J.J. / Banaszak, L.J.
#4: ジャーナル: Molecular Structure and Biological Activity
年: 1982
タイトル: The Interactions of Nad/Nadh with 2-Hydroxy Acid Dehydrogenases
著者: Birktoft, J.J. / Fernley, R.T. / Bradshaw, R.A. / Banaszak, L.J.
#5: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1982
タイトル: Amino Acid Sequence Homology Among the 2-Hydroxy Acid Dehydrogenases. Mitochondrial and Cytoplasmic Malate Dehydrogenases Form a Homologous System with Lactate Dehydrogenase
著者: Birktoft, J.J. / Fernley, R.T. / Bradshaw, R.A. / Banaszak, L.J.
#6: ジャーナル: STRUCTURE AND CONFORMATION OF NUCLEIC ACIDS AND PROTEIN-NUCLEIC ACID INTERACTIONS : PROCEEDINGS OF THE FOURTH ANNUAL HARRY STEENBOCK SYMPOSIUM, JUNE 16-19, 1974, MADISON, WISCONSIN
年: 1975
タイトル: Nicotinamide Adenine Dinucleotide and the Active Site of Cytoplasmic Malate Dehydrogenase
著者: Banaszak, L.J. / Webb, L.E.
#7: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1973
タイトル: Conformation of Nicotinamide Adenine Dinucleotide Bound to Cytoplasmic Malate Dehydrogenase
著者: Webb, L.E. / Hill, E.J. / Banaszak, L.J.
#8: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1972
タイトル: Polypeptide Conformation of Cytoplasmic Malate Dehydrogenase from an Electron Density Map at 3.0 Angstroms Resolution
著者: Hill, E. / Tsernoglou, D. / Webb, L. / Banaszak, L.J.
#9: ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 1972
タイトル: The Identification of an Asymmetric Complex of Nicotinamide Adenine Dinucleotide and Pig Heart Cytoplasmic Malate Dehydrogenase
著者: Glatthaar, B.E. / Banaszak, L.J. / Bradshaw, R.A.
#10: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1972
タイトル: Cytoplasmic Malate Dehydrogenase-Heavy Atom Derivatives and Low Resolution Structure
著者: Tsernoglou, D. / Hill, E. / Banaszak, L.J.
#11: ジャーナル: Cold Spring Harbor Symp.Quant.Biol. / 年: 1972
タイトル: Structural Studies on Heart Muscle Malate Dehydrogenases
著者: Tsernoglou, D. / Hill, E. / Banaszak, L.J.
履歴
登録1989年4月12日処理サイト: BNL
置き換え1989年4月19日ID: 2MDH
改定 1.01989年4月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700SHEET IN SHEET S2 THE REGULAR HYDROGEN BONDING PATTERN IS DISRUPTED BY A THREE RESIDUE BULGE ...SHEET IN SHEET S2 THE REGULAR HYDROGEN BONDING PATTERN IS DISRUPTED BY A THREE RESIDUE BULGE (RESIDUES 194 -196) IN STRAND 2. IN SHEET S1 A BETA BULGE IS FOUND IN STRAND 1 AT RESIDUE 64.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYTOPLASMIC MALATE DEHYDROGENASE
B: CYTOPLASMIC MALATE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,3076
ポリマ－72,7882
非ポリマー1,5194
水8,485471
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6500 Å2
ΔGint-87 kcal/mol
Surface area26610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)139.200, 86.600, 58.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Atom site foot note1: RESIDUES PRO A 131 AND PRO B 131 ARE CIS PROLINES. / 2: SEE REMARK 5.
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.86554, 0.46781, -0.17888), (0.49979, 0.82988, -0.24802), (0.03242, -0.30407, -0.9521)
ベクター: 55.214, -1.799, 89.133)

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要素

#1: タンパク質 CYTOPLASMIC MALATE DEHYDROGENASE


分子量: 36393.980 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P11708, malate dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 471 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細THREE DIFFERENT COMPOUNDS CONTAINING HEAVY ATOMS WERE FOUND TO BIND TO CMDH. EACH ASYMMETRIC UNIT ...THREE DIFFERENT COMPOUNDS CONTAINING HEAVY ATOMS WERE FOUND TO BIND TO CMDH. EACH ASYMMETRIC UNIT CONTAINING A DIMERIC CMDH MOLECULE BINDS P-HYDROXYMERCURIPHENYL SULFONIC ACID (PMS) AT THREE SITES, PLATINUM ETHYLENEDIAMINE DICHLORIDE (PED) AT EIGHT SITES AND URANOYL DIOXYGENATE (UO2) AT SEVEN SITES. THE COORDINATES OF THESE HEAVY ATOM SITES ARE AS FOLLOWS - PMS G 1 22.274 14.896 47.569 PMS G 2 36.054 9.960 41.219 PMS G 3 31.451 15.151 36.570 PED G 11 8.142 37.151 32.750 PED G 12 58.882 28.231 51.570 PED G 13 26.172 38.361 33.750 PED G 14 34.941 31.350 2.350 PED G 15 31.601 25.631 23.460 PED G 16 43.712 35.851 47.390 PED G 17 52.202 36.631 39.400 PED G 18 21.850 43.390 47.300 UO2 G 21 2.371 18.101 27.750 UO2 G 22 47.470 5.890 7.060 UO2 G 23 64.870 7.790 6.640 UO2 G 24 3.901 29.971 21.110 UO2 G 25 59.440 8.750 9.880 UO2 G 26 46.490 1.300 2.410 UO2 G 27 .003 43.302 .235 NOTE THAT THESE HEAVY-ATOM COORDINATES ARE NOT IDENTICAL TO THOSE PRESENTED IN TABLE 1 OF REFERENCE 10 ABOVE WHICH WERE DESCRIBED IN A LEFT-HANDED COORDINATE FRAME.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.46 %

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データ収集

反射
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 6 Å / Num. all: 23373 / Num. obs: 22910

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解析

ソフトウェア名称: TNT / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.5→6 Å / Rfactor obs: 0.167
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.22 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5106 0 98 471 5675
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.57
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_it
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 22910 / Rfactor obs: 0.167
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_d2.57
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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