PDB-4mct: P. vulgaris HIGBA structure, crystal form 1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4mct

タイトル

P. vulgaris HIGBA structure, crystal form 1

要素

Antidote protein
Killer protein

キーワード

TOXIN / bacterial toxins / biofilms / cell metabolism / energy metabolism / helix-turn-helix transcription factors / microbial pathogenesis / stress response / stringent response / transcription repressor / translation control

機能・相同性

機能・相同性情報

toxin sequestering activity / plasmid maintenance / RNA catabolic process / translation repressor activity / RNA endonuclease activity / negative regulation of cell growth / ribosome binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / negative regulation of translation / transcription cis-regulatory region binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Proteus vulgaris (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Schureck, M.A. / Maehigashi, T. / Dunham, C.M.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Structure of the Proteus vulgaris HigB-(HigA)2-HigB Toxin-Antitoxin Complex.
著者: Schureck, M.A. / Maehigashi, T. / Miles, S.J. / Marquez, J. / Cho, S.E. / Erdman, R. / Dunham, C.M.

履歴

登録	2013年8月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年12月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年1月29日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4mct.cif.gz	82.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4mct.ent.gz	66.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4mct.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mc/4mct ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mc/4mct	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4mcxC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ihu-2 6v4b-d 4jfg-1 2aha-d 4dul-d 4ihu-1 4gup-2 4jfg-4 6ogc-d 2gtw-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (1) #112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Antidote protein

B: Killer protein

C: Antidote protein

D: Killer protein

50 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	94.860, 94.860, 126.814
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-203- HOH

#1: タンパク質	Antidote protein / Host inhibition of growth A 分子量: 14019.115 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Proteus vulgaris (バクテリア) / 株: UR-75 / 遺伝子: higA / プラスミド: pET21c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7A224
#2: タンパク質	Killer protein / Host inhibition of growth B 分子量: 10983.193 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Proteus vulgaris (バクテリア) / 株: UR-75 / 遺伝子: higB / プラスミド: pET21c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7A225
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.46 %
結晶化	温度: 293.15 K / pH: 7.5 詳細: 3-10 % PEG 3350, 0.2 M L-proline, 0.1 M HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97922

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月8日 / 詳細: MIRRORS

放射

モノクロメーター: KOHZU DIAMOND MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97922 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 6.6 % / 数: 125944 / R_merge(I) obs: 0.163 / Χ²: 1.81 / D res high: 2.7 Å / D res low: 40 Å / Num. obs: 18970 / % possible obs: 100

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
7.31	40	100	1	0.077	4.957	6.3
5.81	7.31	100	1	0.112	2.74	6.5
5.08	5.81	100	1	0.13	2.737	6.7
4.62	5.08	100	1	0.125	2.863	6.8
4.28	4.62	100	1	0.13	2.929	6.9
4.03	4.28	100	1	0.143	2.558	6.9
3.83	4.03	100	1	0.153	2.142	7
3.66	3.83	100	1	0.209	1.732	7
3.52	3.66	100	1	0.238	2.536	7
3.4	3.52	100	1	0.255	1.464	7.1
3.3	3.4	100	1	0.298	1.258	7.1
3.2	3.3	100	1	0.36	1.113	7.1
3.12	3.2	100	1	0.409	0.997	7.1
3.04	3.12	100	1	0.512	0.913	7
2.97	3.04	100	1	0.621	0.781	6.9
2.91	2.97	100	1	0.625	0.779	6.6
2.85	2.91	100	1	0.767	0.666	6.3
2.8	2.85	100	1	0.926	0.636	5.9
2.75	2.8	99.9	1		0.664	5.5
2.7	2.75	99.1	1	0.896	0.654	4.9

反射

解像度: 2.8→40 Å / Num. obs: 35400 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.8 % / B_iso Wilson estimate: 63.46 Å² / R_merge(I) obs: 0.155 / Net I/σ(I): 13.8

反射シェル

解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 6.2 % / R_merge(I) obs: 0.752 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 97.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.8.4_1496	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
AutoSol	1.7.2	位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.8→41.08 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.39 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.95 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.238	3139	10.02 %
R_work	0.197	-	-
obs	0.201	31336	99.7 %
all	-	35400	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.74 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→41.08 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2943	0	0	40	2983

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	2999
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.319	4047
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.933	1119
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	447
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	520

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8002-2.8439	0.3392	141	0.2805	1282	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8439-2.8905	0.3112	140	0.2778	1310	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8905-2.9404	0.3587	162	0.2652	1274	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9404-2.9938	0.3363	146	0.2661	1257	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9938-3.0514	0.3186	138	0.2501	1317	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0514-3.1136	0.2677	142	0.2386	1220	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1136-3.1813	0.3173	138	0.2368	1315	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1813-3.2553	0.2453	150	0.2203	1295	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2553-3.3367	0.3284	138	0.2317	1235	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3367-3.4268	0.2792	146	0.2052	1327	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4268-3.5276	0.2703	155	0.207	1259	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5276-3.6414	0.2411	142	0.21	1305	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6414-3.7715	0.2483	142	0.2028	1270	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7715-3.9224	0.2862	148	0.2	1285	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9224-4.1007	0.2276	134	0.1905	1284	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1007-4.3167	0.2345	144	0.1715	1293	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3167-4.5868	0.2086	136	0.1544	1250	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5868-4.9404	0.1701	146	0.1599	1315	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9404-5.4366	0.1747	129	0.1735	1286	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4366-6.221	0.2299	150	0.1886	1270	X-RAY DIFFRACTION	100
6.221-7.8289	0.2472	137	0.2002	1295	X-RAY DIFFRACTION	100
7.8289-41.0802	0.1819	135	0.1761	1253	X-RAY DIFFRACTION	97

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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