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- PDB-4mch: Crystal structure of uridine phosphorylase from vibrio fischeri e... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mch
タイトルCrystal structure of uridine phosphorylase from vibrio fischeri es114 complexed with 6-hydroxy-1-naphthoic acid, NYSGRC Target 029520.
要素Uridine phosphorylase
キーワードTRANSFERASE / STRUCTURAL GENOMICS / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / NYSGRC / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium
機能・相同性
機能・相同性情報


uridine phosphorylase / uridine catabolic process / uridine phosphorylase activity / purine-nucleoside phosphorylase activity / purine nucleoside catabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nucleoside phosphorylase domain / Nucleoside phosphorylase domain / Phosphorylase superfamily / Nucleoside phosphorylase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
6-hydroxynaphthalene-1-carboxylic acid / Uridine phosphorylase
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio fischeri (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.73 Å
データ登録者Malashkevich, V.N. / Bhosle, R. / Toro, R. / Hillerich, B. / Gizzi, A. / Garforth, S. / Kar, A. / Chan, M.K. / Lafluer, J. / Patel, H. ...Malashkevich, V.N. / Bhosle, R. / Toro, R. / Hillerich, B. / Gizzi, A. / Garforth, S. / Kar, A. / Chan, M.K. / Lafluer, J. / Patel, H. / Matikainen, B. / Chamala, S. / Lim, S. / Celikgil, A. / Villegas, G. / Evans, B. / Love, J. / Fiser, A. / Khafizov, K. / Seidel, R. / Bonanno, J.B. / Almo, S.C. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of uridine phosphorylase from vibrio fischeri es114 complexed with 6-hydroxy-1-naphthoic acid, NYSGRC Target 029520.
著者: Malashkevich, V.N. / Bhosle, R. / Toro, R. / Hillerich, B. / Gizzi, A. / Garforth, S. / Kar, A. / Chan, M.K. / Lafluer, J. / Patel, H. / Matikainen, B. / Chamala, S. / Lim, S. / Celikgil, A. ...著者: Malashkevich, V.N. / Bhosle, R. / Toro, R. / Hillerich, B. / Gizzi, A. / Garforth, S. / Kar, A. / Chan, M.K. / Lafluer, J. / Patel, H. / Matikainen, B. / Chamala, S. / Lim, S. / Celikgil, A. / Villegas, G. / Evans, B. / Love, J. / Fiser, A. / Khafizov, K. / Seidel, R. / Bonanno, J.B. / Almo, S.C.
履歴
登録2013年8月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uridine phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,20817
ポリマ－29,8291
非ポリマー1,37816
水2,810156
1
A: Uridine phosphorylase
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)187,245102
ポリマ－178,9776
非ポリマー8,26996
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_556y,x,-z+11
crystal symmetry operation5_556x-y,-y,-z+11
crystal symmetry operation6_556-x,-x+y,-z+11
Buried area33690 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area52950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)163.975, 163.975, 58.355
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-610-

HOH

21A-614-

HOH

31A-664-

HOH

41A-686-

HOH

詳細hexameric

-
要素

#1: タンパク質 Uridine phosphorylase


分子量: 29829.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio fischeri (バクテリア) / 株: ES114 / 遺伝子: 3280420, VF_A0530 / プラスミド: BC-PSGX3(BC) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)CODON+RIL / 参照: UniProt: Q5E046, uridine phosphorylase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-61N / 6-hydroxynaphthalene-1-carboxylic acid / 6-HYDROXY-1-NAPHTHOIC ACID / 6-ヒドロキシ-1-ナフトエ酸


分子量: 188.179 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H8O3
#4: 化合物
ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.4 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M HEPES:NAOH, PH 8.5, 25% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月13日
放射プロトコル: SAD / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.73→19.753 Å / Num. obs: 31147 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rsym value: 0.103 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル

Rmerge(I) obs: 0.015 / Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.73-1.827.10.53216645581.502100
1.82-1.937.10.83033442970.878100
1.93-2.077.11.62842840210.466100
2.07-2.237.22.72698637730.276100
2.23-2.457.33.92518434650.184100
2.45-2.747.44.92335631460.134100
2.74-3.167.44.92063127770.121100
3.16-3.877.46.11765023750.094100
3.87-5.477.412.21336218170.04899.1
5.47-19.7537.11865229180.03688.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.2.5データスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4LNH

4lnh


解像度: 1.73→19.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / WRfactor Rfree: 0.2157 / WRfactor Rwork: 0.1871 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.9078 / SU B: 3.152 / SU ML: 0.047 / SU R Cruickshank DPI: 0.0204 / SU Rfree: 0.0196 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.02 / ESU R Free: 0.02 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1962 1570 5 %RANDOM
Rwork0.1729 ---
obs0.1741 31134 99.56 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 111.25 Å2 / Biso mean: 34.5311 Å2 / Biso min: 19.47 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.21 Å2-0 Å2-0 Å2
2---9.21 Å2-0 Å2
3---18.42 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.73→19.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1886 0 75 156 2117
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0191977
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1961.9942660
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9425241
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.09624.88990
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.90215310
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.0721510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2309
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021457
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5374.302970
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.46657.8091209
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.495.1511006
LS精密化 シェル解像度: 1.73→1.775 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.315 111 -
Rwork0.305 2166 -
all-2277 -
obs--99.48 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 1.4853 Å / Origin y: 29.7345 Å / Origin z: 27.326 Å
111213212223313233
T0.0609 Å20.0065 Å20.0024 Å2-0.0177 Å20.0047 Å2--0.006 Å2
L0.3796 °20.1254 °20.0466 °2-0.7518 °20.0381 °2--0.4037 °2
S0.0102 Å °0.0063 Å °0.0115 Å °-0.0039 Å °0.004 Å °0.06 Å °-0.1178 Å °-0.0494 Å °-0.0143 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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