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- PDB-4mca: Crystal Structure of Glycerol Dehydrogenase from Serratia to 1.9A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mca
タイトルCrystal Structure of Glycerol Dehydrogenase from Serratia to 1.9A
要素Glycerol dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Glycerol metabolism
機能・相同性Dehydroquinate synthase-like, alpha domain / Dehydroquinate synthase-like - alpha domain / Rossmann fold - #1970 / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta / :
機能・相同性情報
生物種Serratia plymuthica A30 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Musille, P.M. / Ortlund, E.A.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2014
タイトル: Structure of glycerol dehydrogenase from Serratia
著者: Musille, P.M. / Ortlund, E.A.
履歴
登録2013年8月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycerol dehydrogenase
B: Glycerol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,28112
ポリマ－77,6052
非ポリマー67610
水6,575365
1
A: Glycerol dehydrogenase
B: Glycerol dehydrogenase
ヘテロ分子
x 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)626,25096
ポリマ－620,84216
非ポリマー5,40880
水28816
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
crystal symmetry operation5_556-x,y,-z+11
crystal symmetry operation6_556x,-y,-z+11
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
crystal symmetry operation8_556-y,-x,-z+11
Buried area58910 Å2
ΔGint-1084 kcal/mol
Surface area190240 Å2
手法PISA
2
A: Glycerol dehydrogenase
B: Glycerol dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Glycerol dehydrogenase
B: Glycerol dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Glycerol dehydrogenase
B: Glycerol dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Glycerol dehydrogenase
B: Glycerol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)313,12548
ポリマ－310,4218
非ポリマー2,70440
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
Buried area27400 Å2
ΔGint-535 kcal/mol
Surface area97170 Å2
手法PISA
3
A: Glycerol dehydrogenase
ヘテロ分子

B: Glycerol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,28112
ポリマ－77,6052
非ポリマー67610
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
Buried area4420 Å2
ΔGint-120 kcal/mol
Surface area26720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.507, 117.507, 259.863
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number97
Space group name H-MI422

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要素

#1: タンパク質 Glycerol dehydrogenase


分子量: 38802.645 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Serratia plymuthica A30 (バクテリア) / 参照: UniProt: L0VUH7, glycerol dehydrogenase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 365 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.44 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 5-10% PEG 3350, 0.2M Calcium Acetate, 4% 2,2,2 trifluoroethanol, 4% glycerol, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月24日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 71425 / Num. obs: 65891 / % possible obs: 91.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.7 % / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 20.2
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.46 / Num. unique all: 3706 / % possible all: 52.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.5.3位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
SERGUIデータ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→39.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / WRfactor Rfree: 0.2009 / WRfactor Rwork: 0.1647 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.15 / FOM work R set: 0.8584 / SU B: 3.037 / SU ML: 0.087 / SU R Cruickshank DPI: 0.1353 / SU Rfree: 0.1304 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.135 / ESU R Free: 0.13 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2153 3341 5.1 %RANDOM
Rwork0.1771 ---
obs0.179 65855 91.53 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 101.78 Å2 / Biso mean: 30.0239 Å2 / Biso min: 11.41 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.65 Å20 Å20 Å2
2--1.65 Å20 Å2
3----3.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→39.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5397 0 30 365 5792
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0195515
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025395
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8631.9617478
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.913312380
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1195729
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.73424.593209
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.88615896
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.0391520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1250.2887
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.026290
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021200
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.652.672919
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.6432.6692918
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.6883.9853644
LS精密化 シェル解像度: 1.898→1.948 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.298 110 -
Rwork0.258 2473 -
all-2583 -
obs--49.33 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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