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- PDB-4mb2: Crystal structure of TON1374 in complex with ATP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mb2
タイトルCrystal structure of TON1374 in complex with ATP
要素Phosphopantothenate synthetase
キーワードLIGASE / ATP binding
機能・相同性
機能・相同性情報


4-phosphopantoate-beta-alanine ligase / acid-amino acid ligase activity / coenzyme A biosynthetic process / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Phosphopantoate/pantothenate synthetase / Phosphopantoate/pantothenate synthetase / Phosphopantoate/pantothenate synthetase superfamily / Phosphopantothenate/pantothenate synthetase / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / 4-phosphopantoate--beta-alanine ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermococcus onnurineus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.19 Å
データ登録者Kim, M.-K. / An, Y.J. / Cha, S.-S.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2013
タイトル: The crystal structure of a novel phosphopantothenate synthetase from the hyperthermophilic archaea, Thermococcus onnurineus NA1
著者: Kim, M.-K. / An, Y.J. / Cha, S.-S.
履歴
登録2013年8月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年8月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphopantothenate synthetase
B: Phosphopantothenate synthetase
C: Phosphopantothenate synthetase
D: Phosphopantothenate synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,9839
ポリマ－118,9304
非ポリマー2,0535
水3,225179
1
A: Phosphopantothenate synthetase
B: Phosphopantothenate synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,5045
ポリマ－59,4652
非ポリマー1,0393
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6050 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area20960 Å2
手法PISA
2
C: Phosphopantothenate synthetase
D: Phosphopantothenate synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,4794
ポリマ－59,4652
非ポリマー1,0142
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5970 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area20880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)266.428, 60.909, 75.241
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.38, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Phosphopantothenate synthetase / Putative uncharacterized protein


分子量: 29732.498 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermococcus onnurineus (古細菌) / 株: NA1 / 遺伝子: TON_1374 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B6YXQ1, EC: 6.3.2.26
#2: 化合物
ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 179 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.04 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5
詳細: 0.08M Tris-HCl, 24%(w/v) polyethylene glycol 4000, 4mM ATP, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月26日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.19→50 Å / Num. all: 60918 / Num. obs: 60918 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): 4.8
反射 シェル解像度: 2.19→2.23 Å / % possible all: 92.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIXモデル構築
REFMAC5.7.0032精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.19→37.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 7.318 / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.264 / ESU R Free: 0.222 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2604 3084 5.1 %RANDOM
Rwork0.2013 ---
obs0.2043 57833 97.73 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 171.19 Å2 / Biso mean: 48.6026 Å2 / Biso min: 11.24 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.36 Å2-0 Å22.67 Å2
2--0.59 Å20 Å2
3----1.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.19→37.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8021 0 125 179 8325
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0198270
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.028245
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0832.00711184
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.567318918
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.93951003
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.18623.154371
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.922151549
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.8051592
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.21264
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.0219054
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021766
LS精密化 シェル解像度: 2.192→2.249 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.372 219 -
Rwork0.33 4073 -
all-4292 -
obs--93.49 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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