PDB-4map: Crystal structure of Ara h 8 purified with heating

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4map

タイトル

Crystal structure of Ara h 8 purified with heating

要素

Ara h 8 allergen

キーワード

PLANT PROTEIN / Bet v 1 like / small molecule carrier

機能・相同性

機能・相同性情報

abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / defense response / signaling receptor activity / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Arachis hypogaea (トウジンマメ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Offermann, L.R. / Hurlburt, B.K. / Majorek, K.A. / McBride, J.K. / Maleki, S.J. / Chruszcz, M.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Structure and Function of the Peanut Panallergen Ara h 8.
著者: Hurlburt, B.K. / Offermann, L.R. / McBride, J.K. / Majorek, K.A. / Maleki, S.J. / Chruszcz, M.

履歴

登録	2013年8月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年11月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年1月15日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4map.cif.gz	135.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4map.ent.gz	106.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4map.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ma/4map ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ma/4map	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4m9bSC 4m9wC 4ma6C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ma6-2 6aww-2 4m9b-1 6v8s-6 4m9b-2 6awt-2 3odk-d 6awy-1 1rda-d 6aww-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Ara h 8 allergen

B: Ara h 8 allergen

ヘテロ分子

34 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ara h 8 allergen

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
17 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Ara h 8 allergen

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
17 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.922, 87.113, 42.863
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.74, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: TYR / End label comp-ID: TYR / Refine code: _ / Auth seq-ID: 2 - 157 / Label seq-ID: 2 - 157

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	Ara h 8 allergen 分子量: 16973.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arachis hypogaea (トウジンマメ) プラスミド: pET-A8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6VT83
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 209 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.97 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.1 M Tris (8.0), 0.2 M Lithium sulfate, 34% (w/v) PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月9日
放射	モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 23735 / Num. obs: 23735 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.1 % / B_iso Wilson estimate: 27.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.048 / R_sym value: 0.048 / Net I/σ(I): 29.4
反射シェル	解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 2.75 / Num. unique all: 1192 / R_sym value: 0.36 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データ収集
HKL-3000		位相決定
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.7.0029	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: PDB entry 4M9B

4m9b

解像度: 1.9→30.46 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / SU B: 9.396 / SU ML: 0.139 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.177 / ESU R Free: 0.166 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25226	1200	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19719	-	-	-
all	0.20001	22291	-	-
obs	0.20001	22291	99.61 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.999 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.14 Å²	-0 Å²	-3.47 Å²
2-	-	-2.07 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.33 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→30.46 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2363	0	1	209	2573

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.019	2407
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.006	0.02	2330
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.891	1.994	3259
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.179	3	5428
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.088	5	310
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.923	26.522	92
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.914	15	425
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.822	15	2
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.106	0.2	372
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	2688
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	450

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 7677 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.21 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	B

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.394	81	-
R_work	0.3	1695	-
obs	-	-	99.89 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5652	0.0659	0.8338	1.2364	-0.367	1.4067	0.0401	0.1008	-0.0754	0.033	0.0576	-0.0254	0.0574	0.1349	-0.0978	0.0282	0.0134	0.0383	0.152	-0.0122	0.0916	12.0347	38.2263	27.0201
2	7.4724	0.5798	-3.5957	1.0052	-1.3834	3.0143	0.0961	-0.2085	-0.0353	-0.0891	0.0392	0.1366	0.066	0.0924	-0.1353	0.0333	-0.0149	0.034	0.1989	0.0106	0.1258	3.1793	45.2027	17.3124
3	0.8587	-0.4495	0.6758	1.0925	-0.9661	0.9729	0.0342	0.1205	0.0696	0.1478	-0.1	-0.0271	-0.0896	0.1389	0.0659	0.0361	0.0046	0.0214	0.2317	-0.0148	0.1013	10.6717	46.7249	21.451
4	4.098	-5.0628	1.7362	6.7792	-1.4001	1.8467	-0.1679	0.1502	0.107	0.2093	-0.0603	-0.0429	-0.0833	0.1468	0.2282	0.0094	0.0008	0.0029	0.1946	-0.0219	0.1135	16.7864	45.7189	30.0767
5	1.1367	0.8097	-0.5904	1.3874	-0.4209	3.249	-0.1915	0.0052	0.043	0.1892	-0.1252	0.079	-0.3059	-0.0175	0.3167	0.2256	-0.0208	-0.0239	0.1439	-0.0133	0.0794	9.4415	56.5716	34.113
6	0.273	1.0614	0.8826	4.6223	3.8325	3.1821	0.077	0.0542	0.0231	0.2319	0.0229	-0.0992	0.1923	0.0429	-0.0999	0.0609	0.0221	0.0517	0.158	-0.0038	0.1574	10.7062	32.1321	28.5602
7	0.1261	0.2323	0.2891	1.4831	0.1707	0.7907	-0.0172	0.0223	-0.0052	0.0683	0.0403	-0.0189	-0.0918	0.0477	-0.0231	0.0584	0.0039	0.0576	0.1444	0.0129	0.0738	1.977	23.0058	37.7899
8	0.3877	-0.026	-1.2758	1.5982	0.3973	4.4083	0.0451	-0.02	-0.0093	-0.1026	0.0261	0.1425	-0.1906	0.0343	-0.0712	0.0279	-0.0045	0.0298	0.1583	0.0194	0.1429	-5.832	13.9149	30.0429
9	0.0811	0.5047	0.4272	4.3878	3.3901	2.7922	0.0354	0.0291	-0.0517	0.3266	0.0819	0.0162	0.1354	0.035	-0.1173	0.1316	0.0369	0.0566	0.1487	-0.0052	0.1473	1.0625	13.9119	40.585
10	0.1038	-0.5405	0.0024	4.3001	-1.2454	1.1068	-0.2461	-0.1078	0.1042	1.1192	0.3179	-0.5821	0.0809	0.1989	-0.0718	0.5131	0.2467	-0.2662	0.1628	-0.1151	0.1971	9.5198	12.9233	43.3969
11	0.4991	-0.3731	0.202	4.3675	-0.6041	0.1329	-0.0875	0.2743	-0.0566	0.178	0.0683	-0.304	-0.0544	0.0767	0.0192	0.0679	-0.0043	0.0404	0.1993	-0.0243	0.1224	9.2663	21.0239	35.9736
12	17.8999	3.0442	-0.0858	5.9573	2.7377	1.394	0.0651	-0.4253	0.5015	-0.2559	-0.1887	0.3479	-0.1486	-0.0591	0.1236	0.1828	0.0521	0.0366	0.0291	0.0036	0.0596	-1.528	37.3543	36.4327

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 40
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	41 - 62
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	63 - 89
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	90 - 117
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	118 - 137
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	138 - 157
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	2 - 41
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	42 - 72
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	73 - 104
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	105 - 130
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	131 - 152
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	153 - 157

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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