+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4mac | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of CIDE-N domain of FSP27 | ||||||
![]() | Cell death activator CIDE-3 | ||||||
![]() | APOPTOSIS / roll fold / Protein interaction / Perilipin1 | ||||||
機能・相同性 | ![]() lipid droplet fusion / Lipid particle organization / lipid transfer activity / negative regulation of triglyceride metabolic process / lipid storage / phosphatidic acid binding / lipid droplet organization / execution phase of apoptosis / phosphatidylserine binding / negative regulation of lipid catabolic process ...lipid droplet fusion / Lipid particle organization / lipid transfer activity / negative regulation of triglyceride metabolic process / lipid storage / phosphatidic acid binding / lipid droplet organization / execution phase of apoptosis / phosphatidylserine binding / negative regulation of lipid catabolic process / lipid droplet / phosphatidylinositol binding / molecular condensate scaffold activity / regulation of apoptotic process / apoptotic process / endoplasmic reticulum / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Park, H.H. / Lee, S.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Molecular basis for homo-dimerization of the CIDE domain revealed by the crystal structure of the CIDE-N domain of FSP27 著者: Lee, S.M. / Jang, T.H. / Park, H.H. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 45.3 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 32.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 441.7 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 446.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 12.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
3 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11274.087 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 32-120 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.35 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 28% PEG1500, MMT buffer/NaOH, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月8日 |
放射 | モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→31.68 Å / Num. all: 11299 / Num. obs: 57364 / % possible obs: 40 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.1 Å / % possible all: 94 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]()
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.918 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20
|