PDB-4m9d: The Crystal structure of an adenylosuccinate synthetase from Baci...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4m9d

タイトル

The Crystal structure of an adenylosuccinate synthetase from Bacillus anthracis str. Ames Ancestor in complex with AMP.

要素

Adenylosuccinate synthetase

キーワード

LIGASE / structural genomics / The Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases

機能・相同性

機能・相同性情報

adenylosuccinate synthase / adenylosuccinate synthase activity / IMP metabolic process / 'de novo' AMP biosynthetic process / GTP binding / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus anthracis (炭疽菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.821 Å

データ登録者

Tan, K. / Zhou, M. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The Crystal structure of an adenylosuccinate synthetase from Bacillus anthracis str. Ames Ancestor in complex with AMP.
著者: Tan, K. / Zhou, M. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2013年8月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年8月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.2	2023年12月6日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4m9d.cif.gz	352.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4m9d.ent.gz	287 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4m9d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m9/4m9d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m9/4m9d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4m0gS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1lon-1 1iwe-d 1juy-1 1mez-1 4cts-d 1kjx-1 3hid-1 4nzs-d 2bwn-2 1cg4-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP01765

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #24 - 2001年12月グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase) 類似性 (1) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (1) #16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#24 - 2001年12月
グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase)
類似性 (1)
#55 - 2004年7月
DNAリガーゼ (DNA Ligase)
類似性 (1)
#16 - 2001年4月
アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Adenylosuccinate synthetase

B: Adenylosuccinate synthetase

ヘテロ分子

97.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	128.045, 255.947, 61.131
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-793- HOH
2	1	B-683- HOH

詳細

The chains A and B form a dimer.

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Adenylosuccinate synthetase / AMPSase / AdSS / IMP--aspartate ligase 分子量: 47977.211 Da / 分子数: 2 / 変異: Y370C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: Ames Ancestor / 遺伝子: BAS5320, BA_5716, GBAA_5716, purA / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 参照: UniProt: Q81JI9, adenylosuccinate synthase

#1: タンパク質

Adenylosuccinate synthetase / AMPSase / AdSS / IMP--aspartate ligase

分子量: 47977.211 Da / 分子数: 2 / 変異: Y370C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: Ames Ancestor / 遺伝子: BAS5320, BA_5716, GBAA_5716, purA / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 参照: UniProt: Q81JI9, adenylosuccinate synthase

-
非ポリマー , 6種, 580分子

#2: 化合物	ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP 分子量: 347.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₅O₇P / コメント: AMP*YM
#3: 化合物	ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト分子量: 102.046 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₂O₄
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#6: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 565 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.87 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: 0.1M Sodium Malonate, 12% (w/v) PEG 3350, 15mM AMP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9786 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月3日 / 詳細: mirror
放射	モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.82→36 Å / Num. all: 90138 / Num. obs: 90138 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -5 / 冗長度: 6.2 % / R_merge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 25.2
反射シェル	解像度: 1.82→1.85 Å / 冗長度: 6.2 % / R_merge(I) obs: 0.687 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 4510 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
MOLREP		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4M0G

4m0g

解像度: 1.821→35.5 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.48 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1817	4516	5.01 %	Random
R_work	0.1532	-	-	-
all	0.1546	90104	-	-
obs	0.1546	90104	99.85 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.821→35.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6566	0	105	565	7236

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	6826
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.071	9251
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.021	2508
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.072	1044
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1205

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8207-1.8414	0.2554	166	0.2153	2711	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8414-1.8631	0.2278	150	0.1947	2855	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8631-1.8858	0.2268	159	0.1973	2760	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8858-1.9096	0.2308	157	0.1916	2856	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9096-1.9348	0.2465	147	0.1869	2791	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9348-1.9613	0.2341	174	0.185	2814	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9613-1.9893	0.2309	162	0.1781	2829	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9893-2.019	0.1988	132	0.1674	2830	X-RAY DIFFRACTION	100
2.019-2.0505	0.2175	162	0.163	2817	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0505-2.0841	0.2085	141	0.155	2825	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0841-2.1201	0.1936	155	0.1548	2823	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1201-2.1586	0.1909	147	0.1525	2881	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1586-2.2001	0.1875	164	0.1521	2809	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2001-2.245	0.1835	136	0.1498	2834	X-RAY DIFFRACTION	100
2.245-2.2938	0.1775	121	0.1469	2862	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2938-2.3472	0.1795	157	0.1503	2858	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3472-2.4059	0.1929	132	0.1543	2836	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4059-2.4709	0.209	135	0.1515	2874	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4709-2.5436	0.1885	153	0.153	2858	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5436-2.6257	0.1916	131	0.1563	2865	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6257-2.7195	0.1892	141	0.155	2865	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7195-2.8283	0.213	139	0.1605	2863	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8283-2.957	0.2041	149	0.1663	2865	X-RAY DIFFRACTION	100
2.957-3.1128	0.2153	156	0.1629	2877	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1128-3.3077	0.1925	154	0.1655	2878	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3077-3.5629	0.1662	159	0.1571	2868	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5629-3.921	0.1423	156	0.1305	2886	X-RAY DIFFRACTION	100
3.921-4.4874	0.1437	155	0.1228	2910	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4874-5.65	0.1381	162	0.1366	2939	X-RAY DIFFRACTION	100
5.65-35.5063	0.1802	164	0.1569	3049	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6137	-0.1298	0.1254	1.2568	-0.6089	1.4777	0.0655	-0.1282	0.2354	0.3125	-0.089	-0.0355	-0.4026	0.1033	0.0193	0.2521	-0.0475	0.0244	0.1785	-0.0348	0.1973	41.2896	104.8062	36.9614
2	0.9953	-0.0725	-0.1107	1.1441	-0.1777	1.0501	0.0298	-0.1503	-0.0211	0.1038	-0.0169	-0.0551	0.0157	0.1237	-0.0067	0.1582	-0.0281	-0.0079	0.1851	-0.0113	0.1611	43.8228	89.5236	32.1066
3	1.2594	0.2458	-0.2523	2.8661	0.548	0.9605	-0.0231	0.1257	0.1755	-0.3418	0.0896	-0.17	-0.2111	0.0016	-0.0692	0.2453	-0.0184	0.0511	0.1572	0.0069	0.2057	44.7934	114.626	13.9872
4	1.3225	0.1336	0.0226	0.5895	0.2413	1.4861	-0.0667	0.1313	0.0075	-0.0691	0.0178	0.1527	-0.0354	-0.2064	0.0392	0.1523	0.001	-0.0024	0.1676	-0.0008	0.1701	21.2294	83.0319	10.6549
5	1.1343	-0.1762	-0.1424	1.0081	0.1325	0.9655	-0.0289	0.0726	-0.036	-0.1014	0.0238	-0.0809	0.0471	0.1026	0.0099	0.1469	-0.0139	0.0117	0.1531	-0.015	0.1557	38.7193	80.4258	13.334
6	1.005	0.5675	-0.2443	1.239	-0.7445	0.7929	0.0039	-0.0092	-0.0334	-0.0237	0.0586	0.0955	0.0177	-0.0584	-0.07	0.1424	0.0037	0.0111	0.1644	-0.0092	0.1513	18.6201	78.5359	29.6162
7	2.6792	0.4804	1.0827	0.7052	0.0873	1.3086	0.0461	-0.184	0.0168	0.0672	-0.0328	0.0644	-0.1232	-0.1697	-0.0121	0.175	0.0198	0.0418	0.1919	0.0021	0.18	9.2311	81.0259	34.5782

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 106 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 107 through 259 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 260 through 423 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid -2 through 106 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 107 through 230 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 231 through 338 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 339 through 428 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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万見 (Yorodumi)