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- PDB-4m8i: 1.43 Angstrom resolution crystal structure of cell division prote... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4m8i
タイトル1.43 Angstrom resolution crystal structure of cell division protein FtsZ (ftsZ) from Staphylococcus epidermidis RP62A in complex with GDP
要素Cell division protein FtsZ
キーワードCELL CYCLE / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases
機能・相同性
機能・相同性情報


division septum assembly / FtsZ-dependent cytokinesis / cell division site / protein polymerization / GTPase activity / GTP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cell division protein FtsZ / Cell division protein FtsZ, conserved site / Cell division protein FtsZ, C-terminal / FtsZ family, C-terminal domain / FtsZ protein signature 1. / FtsZ protein signature 2. / Tubulin-like protein FtsZ/CetZ / Tubulin/FtsZ, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; ...Cell division protein FtsZ / Cell division protein FtsZ, conserved site / Cell division protein FtsZ, C-terminal / FtsZ family, C-terminal domain / FtsZ protein signature 1. / FtsZ protein signature 2. / Tubulin-like protein FtsZ/CetZ / Tubulin/FtsZ, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Cell division protein FtsZ
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus epidermidis (表皮ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.43 Å
データ登録者Halavaty, A.S. / Minasov, G. / Winsor, J. / Dubrovska, I. / Filippova, E.V. / Olsen, D.B. / Therien, A. / Shuvalova, L. / Young, K. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: 1.43 Angstrom resolution crystal structure of cell division protein FtsZ (ftsZ) from Staphylococcus epidermidis RP62A in complex with GDP
著者: Halavaty, A.S. / Minasov, G. / Winsor, J. / Dubrovska, I. / Filippova, E.V. / Olsen, D.B. / Therien, A. / Shuvalova, L. / Young, K. / Anderson, W.F.
履歴
登録2013年8月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年9月18日Group: Advisory
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cell division protein FtsZ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,8233
ポリマ－42,2841
非ポリマー5392
水5,999333
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.335, 52.063, 87.005
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.64, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Cell division protein FtsZ


分子量: 42284.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus epidermidis (表皮ブドウ球菌)
株: ATCC 35984 / RP62A / 遺伝子: ftsZ, SERP0751 / プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Magic / 参照: UniProt: Q5HQ06
#2: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 333 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.64 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 6.7 mg/mL protein in 10 mM Tris-HCl, pH 8.3, 0.25 M sodium chloride, 5 mM BME, crystallization conditions: Classics II G5 (#77): 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Tris, pH 8.5, 25% w/v PEG3350, ...詳細: 6.7 mg/mL protein in 10 mM Tris-HCl, pH 8.3, 0.25 M sodium chloride, 5 mM BME, crystallization conditions: Classics II G5 (#77): 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Tris, pH 8.5, 25% w/v PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97929 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月17日 / 詳細: K-B mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97929 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.43→30 Å / Num. all: 53059 / Num. obs: 53059 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 22.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 23.42
反射 シェル解像度: 1.43→1.45 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.548 / Mean I/σ(I) obs: 2.45 / Num. unique all: 2485 / % possible all: 91.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceMaxデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3VO8

3vo8


解像度: 1.43→27.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU B: 2.603 / SU ML: 0.052 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.067 / ESU R Free: 0.072 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20616 2693 5.1 %RANDOM
Rwork0.16872 ---
obs0.17061 50365 95.76 %-
all-50365 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.411 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.65 Å20 Å2-2.77 Å2
2--1.41 Å20 Å2
3---0.98 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.43→27.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2244 0 33 333 2610
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0192533
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022450
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8331.9863458
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.81435678
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.3935360
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.84626.832101
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.12315456
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg8.1181511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2401
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.023046
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02509
LS精密化 シェル解像度: 1.43→1.469 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.41 187 -
Rwork0.328 3530 -
obs-3530 91.69 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.88870.50980.18970.41520.37360.8227-0.090.00210.3013-0.0278-0.00640.0572-0.0535-0.08570.09640.0901-0.00410.01830.03170.00090.1212-14.90824.381515.5945
22.79190.74320.75021.92790.29170.3107-0.0690.09520.239-0.17920.01230.171-0.0687-0.0290.05670.0856-0.00580.00630.05160.02170.0657-22.54650.068.8243
30.95320.4442-0.10430.8261-0.03050.0673-0.08810.17750.0038-0.08950.0489-0.05140.01630.00870.03920.0838-0.03790.04110.06380.0140.0495-13.5677-6.10275.3268
40.47290.0324-0.08790.1378-0.15720.4504-0.0492-0.0249-0.0239-0.00510.0023-0.016-0.01980.0190.04690.0635-0.0170.04120.0214-0.00080.0441-11.2465-9.989321.9474
51.52281.34020.23471.29450.10520.1399-0.09410.03650.1633-0.12340.08640.14210.0126-0.03330.00770.0614-0.02410.04280.033-0.0050.0884-3.6749.632621.4479
60.39250.06190.21640.59320.0740.1427-0.0293-0.0360.0461-0.0341-0.00910.04850.0105-0.03370.03840.0705-0.02470.04510.0374-0.00780.06543.26685.399720.9741
70.54230.39190.31510.31310.2570.22310.0489-0.0834-0.01460.028-0.0398-0.01110.0227-0.0407-0.00910.0595-0.01760.05310.0365-0.00180.05557.22585.821729.5533
80.2340.0860.24982.86511.25221.02640.0576-0.0684-0.0322-0.0052-0.10620.08490.0305-0.11830.04860.0648-0.02520.0410.0316-0.00350.07065.48514.318525.9165
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A11 - 34
2X-RAY DIFFRACTION2A35 - 67
3X-RAY DIFFRACTION3A68 - 123
4X-RAY DIFFRACTION4A124 - 184
5X-RAY DIFFRACTION5A185 - 208
6X-RAY DIFFRACTION6A209 - 235
7X-RAY DIFFRACTION7A236 - 300
8X-RAY DIFFRACTION8A301 - 321

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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